Reference sequence (1): Target
Identities normalised by aligned length.
Colored by: consensus/70%

                                                                     cov    pid  1 [        .         .         .         .         :         .         .         .         .         1         .         .         .         .         :         .         .         .         .         2         .         .         .         .         :         .         .         .         .         3         .         .         .         .         :         .         .         .         .         4         .         .         .         .         :         .         .         .         .         5         .         .         .         .         :         .         .         .         .         6         .         .         .         .         :         .         .         .         .         7         .         .         .         .         :         .         .         .         .         8         .         .         .         .         :         .         .         .         .         9         .         .         .         .         :         .         .         .         .         0         .         .         .         .         :         .         .         .         .         1         .         .         .         .         :         .         .         .         .         2         .         .         .         .         :         .         .         .         .         3         .         .         .         .         :         .         .         .         .         4         .         .         .         .         :         .         .         .         .         5         .         .         .         .         :         .         .         .         .         6         .         .         .         .         :         .         .         .         .         7         .         .         .         .         :         .         .         .         .         8         .         .         .         .         :         .         .         .         .         9         .         .         .         .         :         .         .         .         .         0         .         .         .         .         :         ] 2060
 1 Target                                                         100.0% 100.0%    ---------------CTCGGCGGGCACGTAGTGTAGCTAGTCAATCCA---------------------T----CATTGCCTACACTATGTCACTTGGTGCAGAAAATTCAGTTGCTTACTCTAATAACTCTATTGCCATACCCACAAATTTTACTATTAGTGTTACCACAGAAATTCTACCAGTGTCTATGACCAAGACATCAGTAGATTGTACAATGTACATTTGTGGTGATTCAACTGAATGCAGCAATCTTTTGTTGCAATATGGCAGTTTTTGTACACAATTAAACCGTGCTTTAACTGGAATAGCTGTTGAACAAGACAAAAACACCCAAGAAGTTTTTGCACAAGTCAAACA------AATTTACAAAAC------------ACCACCAATTAAAGATTTTGG-----------------TGGTTTTAATTTTTCACA-AATATTACCAGATCCATC------------A------------AAACCAAGCAAGAGGTCATTTATTGAAGATCTACTTTTCAACAAAGTGACACTTGCAGATGCTGGCTTCATCA---------AACAATATGGTGATTGC---------CTTGGTGATATTGCTGCTAGAGACCTCATTTGTGCACAAAAGTTTAACGGCCTTACTGTTTTGCCACCTTTGCTCACAGATGAAATGATTGCTCAATACACTTCTGCACTGTTAGCGGGTACAATCACTTCTGGTTGGACCTTTGGTGCAGGTGCTGCATTACAAATACCATTTGCTATGCAAATGGCTTATAGGTTTAATGGTATTGGAGTTACACAGAATGTTCTCTATGAGAACCAAAAATTGATTGCCAACCAATTTAATAGTGCTATTGGCAAAATTCA------------------------------------------AGACTCACTTTCTTCCACAGCAAGTGCACTTGGAAAACTTCAAGATGTGGTCAACCAAAATGCACAAGCTTTAAACACGCTTGTTAAACAACTTAGCTCCAATTTTGGTGCAATTTCAAGTGTTTTAAATGATATCCTTTCACGTCTTGACAAAGTTGAGGCTGAAGTGCAAATTGATAGGTTGATCACAGGCAGACTTCAAAGTTTGCAGACATATGTGACTCAACAATTAATTAGAGCTGCAGAAATCAGAGCTTCTGCTAATCTTGCTGCTACTAAAATGTCAGAGTGTGTACTTGGACAATCAAAAAGAGTTGATTTTTGTGGAAAGGGCTATCATCTTATGTCCTTCCCTCAGTCAGCACCTCATGGTGTAGTCTTCTTGCATGTGACTTATGTCCCTGCACAAGAAAAGAACTTCACAACTGCTCCTGCCATTTGTCATGATGGAAAAGCACACTTTCCTCGTGA---AGGTGTCTTTGTTTCAAATGGCACACAC------------------------------TG------GTTTGTAACACAAAGGAATTTTTATGAACCACAAATCATTACTACAGACAACACATTTGTGTCTGGTAACTGTGATGTTGTAATAGGAATTGTCAACAACACAGTT---TATGATCCTTTGC---AACCTGAATTAGACTCATTCAAGGAGGAGTTAGATAAATATTTTAAGAATC---------------A-TACATCAC-----------------------------------CAGATGTTGATTTAGGTGACATCTCTGGCATTAATGCTTCAGTTGTAAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTTGCCAAGAATTTAAATGAATCTCTCATCGATCTCCAAGAACTTGGAAAGTATGAGCAGTATATAAAATGGCCATGGTACATTTGGCTAGGTTTTATAGCTGGCTTGATTGCCATAGTAATGGTGACAATTATGCTTTGCTGTATGACCAGTTGCTGTAGTTGTCTCAAGGGCTGTTGTTCTTGTGGATCCTGCTGCAAATTTGATGAAGACGACTCTGAGCCAGTGCTCAAAGGAGTCAAATTACATTACACATAAACGAACTTATGGATTT-------     
 2 BtRs-BetaCoV/HuB2013-NC_028873.1-23395_25165                   100.0%  80.9%    --------------GCTTCAGTCTTACGCAGTACAGGCCAGAAATCAA---------------------T----TGTGGCTTATACTATGTCTTTGGGTGCTGAGAACTCAATTGCTTATGCTAATAATTCAATTGCCATACCTACAAATTTTTCAATCAGTGTCACTACTGAAGTGATGCCTGTTTCAATGACTAAAACATCCGTGGATTGTACGATGTACATCTGCGGTGATTCATTGGAGTGCAGTAATCTACTCTTGCAGTATGGAAGCTTCTGCACACAATTAAATCGTGCCCTTACAGGCATAGCAATAGAACAGGACAAAAACACACAAGAGGTCTTTGCCCAAGTTAAACA------AATGTACAAGAC------------ACCAGCCATAAAAGATTTTGG-----------------CGGTTTCAATTTTTCACA-AATATTGCCTGATCCTTC------------A------------AAGCCAACAAAGAGGTCATTCATTGAGGACCTGCTCTTCAACAAAGTGACTCTCGCTGATGCTGGCTTTATGA---------AACAATATGGCGAATGC---------CTAGGCGATATTAGTGCTAGAGACCTCATTTGTGCTCAAAAATTCAATGGATTGACTGTTCTACCACCATTGCTCACAGATGAAATGATTGCTGCCTACACGGCTGCACTAGTTAGCGGTACTGCTACTGCTGGCTGGACATTTGGTGCAGGTGCTGCCCTTCAAATCCCCTTTGCTATGCAAATGGCATATAGGTTCAATGGCATTGGAGTTACCCAAAATGTTCTCTATGAGAACCAAAAACAGATCGCCAACCAATTCAATAAGGCGATCAGTCAAATTCA------------------------------------------AGAATCACTCACAACAACATCAACAGCATTGGGCAAGCTGCAAGACGTTGTCAACCAGAATGCTCAAGCATTGAATACACTTGTTAAACAACTTAGCTCCAATTTTGGTGCTATTTCGAGTGTTCTAAACGACATTCTTTCACGACTCGACAAAGTCGAGGCAGAAGTACAAATTGATAGGTTGATTACAGGCAGATTACAGAGCCTCCAAACCTATGTAACACAACAACTAATCAGAGCTGCTGAAATCAGGGCCTCTGCTAACCTTGCTGCTACTAAAATGTCTGAGTGTGTTCTTGGACAATCAAAAAGAGTTGACTTCTGTGGAAAAGGCTATCATTTAATGTCTTTCCCCCAAGCGGCTCCGCATGGTGTTGTCTTCCTACATGTCACTTATGTGCCATCACAGGAAAGAAACTTCACTACTGCCCCAGCAATTTGTCATGAAGGCAAAGCATACTTCCCTCGCGA---AGGTGTTTTTGTATCTAATGGCACTTCT------------------------------TG------GTTCATTACACAGAGGAATTTTTACTCACCACAGATAATTACAACAGACAATACATTTGTCGCAGGAAATTGTGACGTCGTAATTGGCATCATCAATAACACAGTT---TATGATCCTCTGC---AACCTGAGCTTGACTCATTCAAAGAAGAGCTGGACAAGTACTTCAAAAATC---------------A-TACATCAC-----------------------------------CAGATGTTGATCTCGGCGACATTTCAGGTATTAATGCTTCTGTCGTCAACATTCAAAAAGAAATTGACCGCCTCAATGAGGTCGCCAAAAATCTAAATGAATCACTCATTGACCTCCAAGAACTTGGAAAATATGAGCAATACATCAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTCGGCTTCATCGCTGGACTAATTGCCATCGTCATGGTTACAATCTTGCTTTGTTGCATGACCAGCTGTTGCAGTTGCCTCAGGGGTGCATGCTCTTGCGGTTCTTGCTGCAAATTTGATGAGGACGACTCTGAGCCAGTGCTCAAAGGAGTCAAATTACACTACACATAAACGAACTTAATGGATTT------     
 3 Bat_coronavirus-NC_014470.1-23416_25186                        100.0%  76.1%    --------------TCTAGCACACTTGTGCGCTCCGGTGGACACTCCA---------------------T----ACTAGCTTACACCATGTCTCTTGGTGACAATCAAGACATTGTTTATTCTAACAACACCATTGCTATTCCAATGAATTTTAGTATTAGTGTCACTACTGAGGTCTTGCCTGTTTCAATGACTAAGACTTCAGTAGATTGTAACATGTATATTTGCGGTGACTCCACTGAATGCAGTAATTTGCTGCTACAGTATGGTAGTTTCTGCACGCAGTTAAACAGAGCTCTTGCCGGTATAGCTGTGGAACAAGACAGAAATACTCGAGATGTCTTTGCACAAACTAAGGC------CATGTACAAGAC------------TCCTTCTTTGAAGGATTTTGG-----------------TGGTTTTAATTTTTCACA-GATTTTGCCAGACCCCGC------------T------------AAACCGTCTAGTAGATCTTTTATTGAGGACTTGCTTTACAACAAAGTCACACTTGCTGACCCAGGTTTTATGA---------AGCAGTATGGTGATTGT---------TTAGGTGGTGTTAATGCTCGTGACCTCATTTGTGCACAAAAGTTCAATGGGCTCACAGTACTCCCACCCCTACTCACTGATGAAATGATTGCGGCATACACGGCAGCACTAATAAGTGGAACGGCTACGGCAGGTTTTACTTTTGGTGCAGGTGCTGCGCTTCAGATACCTTTTGCGATGCAAATGGCTTACAGATTTAATGGCATTGGTGTCACTCAAAATGTTTTGTATGAGAACCAGAAACAAATTGCTAATCAGTTCAATAAGGCTATCTCACAAATTCA------------------------------------------GGATTCCTTAAGTACTACTACTACAGCACTTGGCAAATTACAGGATGTGATTAACCAAAATGCCATAGCCCTTAACACACTAGTTAAACAGCTTAGCTCCAATTTTGGTGCTATTTCTAGTGTACTGAATGATATTCTGTCTCGACTTGACAAAGTAGAGGCCGAAGTTCAAATTGACAGGCTTATAACAGGACGTTTACAGAGCTTGCAGACTTATGTTACACAGCAACTTATCAGAGCCGCAGAAATTAGAGCCTCTGCTAATCTTGCTGCTACAAAAATGTCCGAGTGTGTACTTGGCCAGTCTAAGAGAGTAGACTTTTGTGGAAAAGGATATCATTTGATGTCCTTCCCTCAGGCTGCTCCTCATGGTGTAGTTTTCTTACATGTTACTTATGTACCATCGCAGGAACAAAACTTCACTACTGCACCTGCTATTTGTCATGAAGGTAAAGCACACTTTCCTCGTGA---AGGCGTCTTCGTCACAAATGGCACACAC------------------------------TG------GTTTATCACTCAGCGAAATTTTTATTCGCCTCAGCCTATTACTACAGACAATACATTTGTGTCAGGCAATTGTGATGTTGTCATTGGCATTGTTAATAACACTGTC---TACGACCCACTAC---AGCCTGAACTAGACTCATTTAAAGAAGAACTTGACAAGTATTTTAAAAACC---------------A-TACTTCAC-----------------------------------AGAATGTTAGTCTTGATGGTCTTAACAACATAAATGCTTCAGTTGTGGACATTAAAAAGGAAATTGAACATCTCAATGAGATTGCCAAAAGCCTAAATGAATCACTCATCGACCTACAAGAACTAGGCAAGTATGAGCAGTACATTAAATGGCCGTGGTATGTGTGGCTTGGCTTTATTGCCGGTCTCATTGCCATCGTCATGGCTACAATTATGTTGTGTTGCATGACCAGCTGTTGTAGTTGTCTTAAAGGTGTTTGCTCATGTGCTTCATGTTGCAAATTCGATGAAGACCACTCCGAACCAGTGCTTACTGGAGTGAAGTTACATTACACATAAACGAACTTATGGATTT-------     
 4 Bat_Hp-betacoronavirus/Zhejiang2013-NC_025217.1-26389_27456     97.8%  55.2%    -------------CTCGTGCTGCCGATAGAGCCCTAACATTTAATTAC---------------------ATGTATTTTGCACAAGAACTCCCGTCTCAGTCTGAACAGTCTGTGGCATTTGATAACTCAACACTACAGATACCTATTAACTTTACTATTGGCATTGAGTATGAAACCATACCCGTGACCATGCCTAAAGTTACTGTTGACTGTGCACAATATGTTTGTGGAGACAATTCAGAATGCAGAACCTTACTAGTACAGTATGGCACATTTTGTGAAACTATTAATGATGCTTTGCGCGGTGTTGCACTGCAGCAAGACGTGAACCAAAAAGATGTCTTTTCGTCGGTTCGTAG------GCTTGCTAAAGT------------ATCAAGTCCAATGAATTTGGG--------CAACCTTAATGGTTTCAACTTTTCTAG-CATCCTAAATCAGGAAGC------------TATTAATGGCAACAACTTTCAGGCACGTTCTGCTATCGAAGACTTGTTCTTTGATAAAATTGAGACTGCCGATGTTGGTTTCCAAA---------AGAAGTACGATGAGTGC---------ACTGGAGGTTCTGTTGTCAAGGACCTTGGTTGTGCTCAAAGTTTTAACGGTTTAATGGTGTTACCACCACAAATGACTGATGCACATGTAGCTGCTTACACTACA---------------------------------TCTGCAGCCCTTGGGAGTTTCTTCTCAATTCCTAATACAATGCAAATGGCATACCGCTTCAATGGTATCGCAGTCACCCAAAAGGTGCTTGTCGATAACCAGAAGCAAATTGCCAACAAATTTAACCAGGCTATGATGTCAGTACA------------------------------------------AACAGGTTTTAAAGCTACCAGCAGTGCCCTTGAAAAACTTCAAAAGGTTGTCAATGACAATGCACAGGCACTTAACAACCTCGTAGCCCAACTTACTAACAACTTTGGAGCTATTTCATCAGCTATCAATGACATTACTCAGCGGCTCGATAAACTTGAGGCTGACGCCCAAATCGACCGACTTATCAATGGCAGACTGCAAGTGCTTCAAACATTTGTAACTCAGCAACTCATTCGTGCTTCTGAAATACGTGCATCAGCTAAATTAGCAGCACAGAAGATGTCAGAGTGTGTGCAAGGACAGTCGCAGAGACTTGATTTCTGTGGCAGAGGTATGCACCTCATGTCCTTTCCACAAGCAGCTCCATATGGCATGGTGTTTTTACACGTGCTATATAAGCCCACAGATTACATCAATGTCACTACAGTGCCGGCAATTTGCAGTAATGATGTGGCATACTTCCCTGTAGA---TGGTGTCTTTGTGTATTATAACAACTCA------------------------------CT------AATGTTTACCAAGCGTAACTACTTTGAGCCAGAAATAATCACCATTGACAACATACGGTCTGCAGGATCTTGTAATGTTGACGTCACTTACGTCAATCACACTATT---TACAATCCAGAAA---TGCCTGAGCTTGAAGATTTCAAACAGGAGCTGGAAGAAATTCGTAAAAACTTTTCCACAGGACTGCC-TAATAGAC-----------------------------------CTAATTTTACTCTTCCTGGATTGGAAGGTATAAATGCATCTATGGTAGACCTAAGTGAGGAAGTTAAAATCTTAAATGACGTAGTCAAAGAGCTTAACGCATCATTGATCAACCTCCAAGAGCTTGGAGTTAACTCTCAATATATCAAATGGCCATGGTACATATGGCTCGGATTTATTGCTGGTTTAATAGCAATTGTCATGGCTACAATCATGCTTTGTTGCATGACTAGCTGTTGCAGTTGCTTTAAAGGTCTATGTGCTTGTAAGCGCTGTTGCGACTCTTTTGACGAGCCAGACGAACCTATTAAATATCACTATCC-TTAGGTTGCAATGGATTTCTTTTCA-------------     
 5 Tylonycteris_bat-NC_009019.1-25398_25508                        96.2%  49.5%    ------------------------------------------------------------------------------------------TCTCCTATTGTTGTTACTCCTATTAATTCCAGTGGTTTTACCGCTGCAATTCCAACTAATTTTTCTTTTTCAGTTACACAGGAGTACATTGAAACATCCATTCAGAAGGTTACTGTAGATTGTAAACAGTATGTCTGTAATGGTTTTACTAGGTGTGAAAAGCTATTGGTTGAATATGGGCAATTTTGTTCCAAAATTAATCAAGCTTTACATGGTGCTAATCTTAGACAAGATGAGTCTGTTTATAGTCTTTATAGTAACATTAAAACCACCTCTACCCA------------------AACTCTTGAGTATGGTTT--------------AAATGGTGATTTTAATCTTACATT-ATTACAAGTACCACAAAT---------------TGGAGGTTCTTCCTCTAGTTATCGTAGTGCTATTGAAGACTTATTATTTGATAAGGTAACTATTGCAGATCCCGGTTATATGCAGGGCTATGATG---ATTGCATGAAA---------CAAGGACCCCAGTCTGCTAGAGATCTTATTTGTGCTCAATATGTGTCTGGTTACAAAGTTTTACCACCACTTTATGACCCTAATATGGAAGCTGCTTACACATCTTCACTATTAGGTAGTATAGCAGGTGCTGGATGGACAGCTGGTCTTTCATCCTTTGCCGCTATACCTTTTGCACAAAGTATGTTTTATAGGTTGAATGGCGTTGGTATTACTCAACAAGTTCTCTCTGAGAACCAAAAGTTGATTGCTAACAAGTTTAACCAAGCCTTAGGTGCTATGCA------------------------------------------AACTGGCTTTACAACATCTAACCTAGCTTTTAGCAAGGTTCAAGATGCTGTAAATGCCAATGCACAAGCACTTTCTAAGTTAGCATCAGAGTTGTCTAATACTTTTGGTGCTATTTCTTCATCTATTAGTGACATCCTTGCTAGGCTTGACACTGTTGAACAGGATGCGCAAATTGATCGTTTGATCAATGGTCGCTTAATTTCTCTTAACGCATTTGTTTCACAACAACTTGTGCGTTCTGAAACTGCTGCTAGATCTGCTCAGTTGGCTAGTGACAAAGTCAACGAGTGTGTAAAATCACAATCCAAGAGAAATGGGTTCTGTGGGTCTGGCACTCATATAGTATCATTTGTTGTTAATGCTCCAAATGGTTTTTATTTCTTTCATGTTGGTTATGTTCCAACAAATTATACTAATGTTACAGCTGCTTATGGTCTCTGTAACAATAACAACCCTCCTTTGTGCATTGC---ACCAATTGACGGGTATTTCATTACTAATCAGACTACCACTTATA------GTGTTGATACCGAATGGTATTACACTGGTAGTTCTTTTTATAAACCTGAACCTATAACTCAGGCTAATTCACGTTATGTTTCTAGTGATGT---GAAATTTGACAAACTTGAGAATAACTTACCACCTCCACTCCTTGAGAATTCTACTGATGTGGATTTTAAGGATGAATTGGAAGAATTTTTCAAGAATGTTA------------C-CTCGCATG-----------------------------------GTCCTAACTT---TGCAGAGATATCTAAGATTAACACTACACTGCTTGACCTTTCAGATGAGATGGCAATGTTGCAGGAAGTTGTTAAACAATTAAATGATTCCTACATTGATCTTAAAGAATTGGGAAATTATACTTATTATAACAAGTGGCCTTGGTACGTATGGCTAGGTTTTATTGCAGGCCTTGTTGCCTTATTATTGTGTGTCTTTTTCCTTCTATGCTGTACTGGTTGTGGTACTAGCTGCTTGGGAAAAATGAAGTGTAAGAATTGTTGTGATTCTTATGAAGAATATGATGTCGAAAAGATTCATGTTCATTAAGATTTTAACGAACTTTTATTAGCAGTATGGT-------     
 6 Betacoronavirus_England-NC_038294.1-25283_25385                 96.5%  46.4%    ------------------------------------------------------------------------------------TTTAATCATCCTATTCAGGTTGATCAACTTAATAGTAGTTATTTTAAATTAAGTATACCCACTAATTTTTCCTTTGGTGTGACTCAGGAGTACATTCAGACAACCATTCAGAAAGTTACTGTTGATTGTAAACAGTACGTTTGCAATGGTTTCCAGAAGTGTGAGCAATTACTGCGCGAGTATGGCCAGTTTTGTTCCAAAATAAACCAGGCTCTCCATGGTGCCAATTTACGCCAGGATGATTCTGTACGTAATTTGTTTGCGAGCGTGAAAAGCTCTCAATCATC------------------TCCTATCATACCAGGTTT--------------TGGAGGTGACTTTAATTTGACACT-TCTAGAACCTGTTTCTAT---------------ATCTACTGGCAGTCGTAGTGCACGTAGTGCTATTGAGGATTTGCTATTTGACAAAGTCACTATAGCTGATCCTGGTTATATGCAAGGTTACGATG---ATTGCATGCAG---------CAAGGTCCAGCATCAGCTCGTGATCTTATTTGTGCTCAATATGTGGCTGGTTACAAAGTATTACCTCCTCTTATGGATGTTAATATGGAAGCCGCGTATACCTCATCTTTGCTTGGCAGCATAGCAGGTGTTGGCTGGACTGCTGGCTTATCCTCCTTTGCTGCTATTCCATTTGCACAGAGTATCTTTTATAGGTTAAACGGTGTTGGCATTACTCAACAGGTTCTTTCAGAGAACCAAAAGCTTATTGCCAATAAGTTTAATCAGGCTCTGGGAGCTATGCA------------------------------------------AACAGGCTTCACTACAACTAATGAAGCTTTTCACAAGGTTCAGGATGCTGTGAACAACAATGCACAGGCTCTATCCAAATTAGCTAGCGAGCTATCTAATACTTTTGGTGCTATTTCCGCCTCTATTGGAGACATCATACAACGTCTTGATGTTCTCGAACAGGACGCCCAAATAGACAGACTTATTAATGGCCGTTTGACAACACTAAATGCTTTTGTTGCACAGCAGCTTGTTCGTTCCGAATCAGCTGCTCTTTCGGCTCAATTGGCTAAAGATAAAGTCAATGAGTGTGTCAAGGCACAATCCAAGCGTTCTGGATTTTGCGGTCAAGGCACACATATAGTGTCCTTTGTTGTAAATGCCCCTAATGGCCTTTACTTCATGCATGTTGGTTATTACCCTAGCAACCACATTGAGGTTGTTTCTGCTTATGGTCTTTGCGATGCAGCTAACCCTACTAATTGTATAGC---CCCTGTTAATGGCTACTTTATTAAAACTAATAACACTAG------------GATTGTTGATGAGTGGTCATATACTGGCTCGTCCTTCTATGCACCTGAGCCCATCACCTCTCTTAATACTAAGTATGTTGCACCACAGGT---GACATACCAAAACATTTCTACTAACCTCCCTCCTCCTCTTCTCGGCAATTCCACCGGGATTGACTTCCAAGATGAGTTGGATGAGTTTTTCAAAAATGTTA------------G-CACCAGTA-----------------------------------TACCTAATTT---TGGTTCTCTAACACAGATTAATACTACATTACTCGATCTTACCTACGAGATGTTGTCTCTTCAACAAGTTGTTAAAGCCCTTAATGAGTCTTACATAGACCTTAAAGAGCTTGGCAATTATACTTATTACAACAAATGGCCGTGGTACATTTGGCTTGGTTTCATTGCTGGGCTTGTTGCCTTAGCTCTATGCGTCTTCTTCATACTGTGCTGCACTGGTTGTGGCACAAACTGTATGGGAAAACTTAAGTGTAATCGTTGTTGTGATAGATACGAGGAATACGACCTCGAGCCGCATAAGGTTCATGTTCACTAATTAACGAACTATCAATGAGAGTTCA-------     
 7 Rat_coronavirus-NC_012936.1-27725_27807                         95.9%  45.2%    ------------------------------------------------------------------------CCATTTA---CAGTCAGCATTGTCAATGATAGTGTTGAGTCTGTAGGTGGATTATATGAGATGCAAATACCTACCAATTTTACTATAGCTAGCCAGCAGGAGTTTATTCAAACGAGGTCTCCGAAGGTTACTATAGATTGTGCTGCATTTGTCTGTGGCGATTATACAGTGTGTAGACAACAGTTGGTTGATTATGGCTCTTTTTGTGATAATATTAATGCCATTCTTGGCGAGGTGAATAACCTCATAGATACTATGCAACTACAAGTTGCTAGTGCTCTGATCCAAGGTGTCACGCTAAATTC------------ACGCTTGGCAGATGGCATCTC-----AGGTCAGATTGATGATATTAATTTTAGCCC-TCTTCTAGGTTGCCTTGGCTCATATTGCAGCGAAGGCACCATGGCAGTGCAAGGGCGATCTGCTATAGAGGATGTATTATTTGATAAGGTCAAACTCTCTGATGTTGGCTTTGTCGAAGCATATAATA---ATTGCACTGGA---------------GGTCAAGAAGTTAGAGACCTACTTTGTGTGCAATCTTTCAATGGCATTAAAGTGCTACCGCCTGTATTATCCGAGAGTCAAATCTCTGGTTATACA------------GCGGGAGCTACTGCATCTGCTATGTTCCCTCCATGGTCTGCAGCTGCAGGTGTGCCATTTGCTTTAAGTGTTCAATATAGAATTAATGGTCTTGGTGTCACTATGAATGTTCTTAGTGAAAACCAGAAAATGATAGCTAGTTCATTTAACAACGCGATAGGTGCTATACA------------------------------------------GGAAGGGTTCGATGCTACCAATTCTGCTTTAGCGAAAATTCAGTCCGTTGTCAATTCAAATGCAGAAGCACTCAATAACCTTTTGAATCAGCTTTCCAATAGGTTTGGTGCAATTAGTGCTTCTTTACAGGAAATTCTATCCCGCCTTGATGCTCTTGAAGCGCAGGCTCAGATAGACCGTCTTATTAATGGCAGATTAACTGCACTTAATGCATATGTATCTAAGCATCTGAGCGACATGACCCTTATTAAGGTGAGTGCTGCCCAGGCTATAGAGAAAGTTAATGAGTGTGTTAAAAGCCAATCACCTAGGATAAATTTCTGTGGCAATGGCAATCATATATTGTCATTAGTCCAGAATGCGCCTTACGGTTTATATTTTATTCATTTCAGCTATGTGCCCACATCCTTTACAACGGTAAATGTGAGTCCTGGACTATGCATTTCTGGTGATAG------AGGATTAGC---ACCTAAAGCTGGATATTTTGTTCAAGAT---------------------------CATGGAGAATGGAAGTTCACAGGTAGCAATTATTACTACCCTGAATCCATTACAGATAAAAACAGTGTCGTGATGAGTAGTTGCGCAGTAAACTACACAAAGGCACCTGAAGTT------TTCTTGAACACTTCAATAACTAATCTACCCGACTTTAAGGAGGAGTTAGATAAATGGTTTAAGAATCAGA------------C-GTCTATTG-----------------------------------TGCCTGATTTATCTTTCGATATCGGGAAATTAAATGTTACATTCCTTGACCTGTCCTATGAGATGAACAGGATTCAGGATGCAATTAAGAATTTAAATGAGAGTTACATCAACCTCAAGGAAATTGGCACATATGAGATGTATGTGAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTGCTAATTGGATTAGCTGGTGTAGCTGTTTGTGTTTTGTTATTTTTTATATGTTGCTGCACAGGTTGTGGCTCTTGTTGTTTTAAGAAATGTGGAAATTGT------TGTGATGAGTATGGAGGACGTCAGGCAGGTATTGTGATACATAATATTTCCTCTCATGAGGATTGATTTTCACAGCCGCTCCTGG-     
 8 BtTp-BetaCoV/GX2012-NC_028918.1-24464_24539                     95.9%  49.4%    ------------------------AGCCAATT---------TCAACTT---------------------GCTGTGCTTA---ATTACACTTCTCCTATTGTTCTTACTCCTATTAATTCCAGTGGTTTTACCGCTGCAATTCCAACTAATTTTTCTTTTTCTGTTACACAGGAGTACATTGAAACATCCATTCAGAAGGTTACTGTTGATTGCAAACAGTATGTCTGTAATGGTTTTACTAGGTGTGAGAAATTACTGGTTGAATATGGGCAATTTTGCTCTAAAATTAACCAGGCCCTACATGGTGCAAATCTTAGACAAGATGAGTCTGTCTATAGTCTTTATAGTAATATTAAAACCACATCCACCCA------------------AACTCTTGAGTATGGTTT--------------AAATGGTGATTTTAATCTTACGTT-ACTACAAGTGCCACAAAT---------------TGGAGGTTCTCCCTCCGGTTATCGTAGTGCTATTGAAGACTTATTATTTGATAAAGTAACTATTGCAGATCCCGGTTATATGCAGGGATATGATG---ATTGCATGAAA---------CAAGGTCCCCAGTCTGCTAGAGACCTTATTTGTGCTCAATATGTGTCTGGTTATAAAGTATTACCACCACTTTATGATCCTAATATGGAAGCTGCTTACACGTCTTCACTATTAGGTAGTATAGCGGGCGCTGGATGGACAGCTGGTCTTTCATCTTTTGCAGCTATACCTTTTGCACAAAGTATGTTTTATAGGTTGAATGGTGTTGGTATAACACAACAAGTTCTCTCTGAGAACCAAAAGTTGATTGCTAACAAGTTCAATCAGGCTCTAGGCGCTATGCA------------------------------------------AACTGGTTTTACAACATCTAACCAAGCCTTTAGCAAGGTTCAGGATGCTGTAAATGCCAATGCACAAGCCCTCTCAAAGTTAGCATCAGAATTGTCTAACACTTTTGGTGCTATTTCATCATCTATCAGTGACATCCTTGCTAGGCTTGACACTGCTGAACAGGATGCACAAATTGATCGTTTGATCAATGGCCGCTTAACTTCTCTTAATGCATTTGTTTCACAACAACTTGTGCGCTCTGAAACTGCTGCTAGATCTGCTCAGTTGGCTAGTGATAAAGTCAACGAGTGTGTGAAATCACAATCCAAAAGAAATGGATTTTGCGGGTCTGGCACTCATATAGTATCATTTGTTGTTAATGCTCCAAATGGTTTTTATTTCTTTCACGTTGGCTATGTTCCAACAAATTATACTAATGTTACAGCAGCTTATGGTCTCTGTAACAATAATAACCCTCCTTTGTGTATTGC---ACCAATTGATGGGTATTTTATCACTAATCAAACTACCACTTATA------GTGTTGATACCGAATGGTACTACACTGGTAGTTCTTTTTTCAAACCTGAACCCATAACCCAGGCTAATTCACGTTATGTTTCTAGTGATGT---GAAATTTGAAAAACTTGAGAATAACTTACCACCTCCTCTCCTTGAGAATTCTACAGATGTAGATTTCAAGGATGAGTTGGAAGAATTTTTCAAGAACGTTA------------C-CTCGCATG-----------------------------------GTCCTAACTT---TGCAGAGATATCTAAGATTAACACTACACTGCTTGACCTCTCAGATGAGATGGCAATATTACAGGAAGTTGTTAAACAATTAAATGATTCCTACATTGATCTTAAAGAATTGGGGAATTATACTTATTATAACAAGTGGCCATGGTATATATGGCTAGGTTTTATTGCAGGCCTTGTTGCCTTATTACTATGTGTCTTTTTCCTATTATGCTGTACTGGTTGTGGTACTAGTTGCCTGGGAAAAATGAAGTGTAAGAATTGTTGTGATTCTTATGAAGAATATGATGTCGAAAAGATTCATGTTCATT----------------------------------------     
 9 Rousettus_bat-NC_030886.1-23848_23951                           98.1%  49.5%    -----------------------------------------TTGTTAA---------------------G----CTTGGTTGTATACGACCCCACTGATGCGGGACTTAAAGTTCTAACACCGGTGTACTGGGTCAGTATACCCACCAACTTTACACTAGCTGCAACAACTGAGTACATTCAAACCACTGCACCCAAAGTCAATGTTGACTGTGTTAAGTACCTATGTGGCGACTCTGAGCGCTGCATAGATGTGCTGTCACAATATGGGGCTTTCTGTGAAGACGTCAACAAGGCTCTTGCCGACGTCAGTGCTATTATTGATTCATCTATGGTGACTATGGTTTCAGAGCTTACTGCCGGTGTGATGTGGAGTGA------------AACACCTCAAGCTAATGTCGG-----------------CTCATATAACTTTTCCGG-TCTTATGGGCTGTCTAGG------------TTCCAACTGTCAGGAGAAGCAGTATCGTTCTGCTATCTCAGACTTGTTGTATAATAAAGTTAAGGTAGCAGACCCAGGGTTTATGGGTGCTTACCAGAAATGTATTGATGAG---------CAGTGGGGTGGCAGTGTGAGAGACCTTATTTGCACTCAGACATTTAATGGCATCTCAGTGTTACCGCCCATTGTCTCTCCTGGCATGCAAGCCTTGTATACATCTTTATTAGTAGGTGCTGTTGCTTCATCTGGCTACACCTTTGGCATTACGTCCGTTGGTGTCATACCATTTGCCACACAGCTCCAATTTAGACTTAATGGCCTTGGTGTTACCACCAATGTGCTCATGGAAAACCAAAAACTCATTGCCAACGCATTCAACAATGCCCTCACAGGCATACA------------------------------------------GAAGGGTTTTGACGCTACCAACATGGCTTTAGCCAAAATGCAGAGTGTCATCAACCAGCATGCGCAGCAATTGAGTACTTTAGTTGACCAATTGGGCAACTCTTTTGGTGCTATCTCCTCATCCATCAATGAAATCTTTAGTCGGCTAGATGAATTAGAAGCCAATGCACAAGTAGATCGCCTTATCAATGGGCGTATGGTTGTCTTGAACACCTACGTCACTCAGCTGCTCATTAGAGCTTCTGAGGTTAAGGCACAAGCTGCGTTGGCTAGTCAAAAGATAAGTGAGTGTGTCAAAGCACAATCCCAGCGTAATGACTTTTGCGGTAATGGCACACATGTGTTGTCCATACCTCAAATGGCACCAAATGGTGTGTTGTTCTTGCACTACTCCTATCAACCTACAGCTTACAATTTAGTGCGTACTGCCGCTGGCCTTTGTTTTAATGACACTGGCTATGCACCTCTAGG---AGGTTTGTTTGTGTTGCCTAACAACACA------------------------------GACAGGTGGCTATTCACTAAAATGAGCTTTTACGATCCCGTAAACATCTCAGTTTCTAATACGCAGGTCCTTGCGGCTTGTGGTCTTAATTATTCTAGTGTCAACTACACCGTC---CTTGAGCCGGCGGTTGACACTAGCTCCTTTAATTTTACAGAAGAGTTTGAAAAGTGGTACGTCAACC---------------A-GAGTCATA-----------------------------------TTTTTAACAACACCTTTAACGCCAGCGCCTTTAACTTTTCCCTTGTGGACGTTAATGAGCAGCTTGCGATTCTTACAGATGTTGTCAACCAGTTAAACCAGTCTTACATAGACCTCAAGCAGTTGGGCACCTATGAGTACACGGTCAAATGGCCGTGGTACGTATGGCTGGGTATGATTGCAGGACTAGTAGGCCTTGTGCTAGCGGTAGTTCTGCTGCTTTGTATGACTAATTGCTGCTCGTGTGCTCGCGGTGTTTGCTCTTGCAAGTCGTGTGCTTATGAGGAGCATGAGGATGTGTATCCTGCTGTTCGTGTGCAT---------GGAAAACGAACGGCATGAATCTCTA-------     
10 BtPa-BetaCoV/GD2013-NC_028909.1-25549_25661                     95.8%  47.1%    ------------------------------------------------------------------------------------------------CTAACACTTGCACCAATAAATTCCACTGGATTTGTTGTTGCAGTGCCGACTAATTTTACATTTGGTGTCACTCAAGAATTCATTGAGACTACCATTCAAAAGATTACTGTTGATTGCAAGCAGTACGTTTGTAATGGTTTTAAGAAGTGCGAAGACTTGCTCAAAGAGTACGGCCAGTTTTGCTCTAAAATTAACCAGGCTCTTCATGGTGCAAACCTACGTCAAGATGAGTCTATTTCTAATCTATTCTCAAGTATTAAAACCCAGAATACCCA------------------GCCTCTTCAGGCGGGATT--------------GAATGGTGATTTTAACTTGACAAT-GCTTCAAATACCTCAAGT---------------TACTACTGGTGAACGTAAGTACAGGAGTGCTATTGAAGACCTTCTTTTCAATAAGGTTACTATTGCTGACCCTGGCTATATGCAAGGCTATGATG---AATGTATGCAG---------CAAGGTCCTCAGTCAGCTCGAGACTTGATCTGTGCACAATATGTCGCTGGCTACAAAGTGTTGCCACCTTTATATGACCCCTATATGGAAGCTGCTTACACTTCTTCCCTATTGGGTAGTATTGCTGGTGCTAGTTGGACAGCCGGTCTGTCATCTTTCGCTGCAATACCATTTGCACAAAGTATCTTTTATCGCTTGAATGGTGTTGGCATCACTCAGCAGGTTCTGTCTGAGAATCAGAAGATTATTGCCAACAAGTTCAACCAAGCTCTTGGCGCCATGCA------------------------------------------AACTGGCTTTACTACCACTAACCTCGCTTTCAATAAGGTTCAGGATGCAGTAAATGCTAATGCCATGGCTCTTTCTAAACTAGCAGCGGAATTGTCTAACACTTTCGGTGCTATTTCATCCTCAATCAGTGACATCCTTGCAAGGCTTGACACTGTTGAACAAGAGGCTCAAATTGATCGATTGATCAATGGCCGTCTTACATCCCTTAACGCATTCGTTGCGCAACAACTTGTGCGTACTGAAGCTGCTGCTCGTTCCGCCCAATTGGCTCAAGATAAGGTCAATGAGTGCGTGAAATCGCAATCCAAACGGAATGGATTTTGCGGAACTGGTACACATATTGTCTCATTTGCCATTAATGCTCCTAATGGCCTCTATTTCTTCCATGTTGGTTATCAACCAACATCCCATGTTAATGCAACTGCCGCCTACGGCCTTTGCAACACTGAAAACCCACCAAAGTGCATTGC---ACCCATTGATGGGTATTTTGTCTTAAATCAAACTATCAGCACTGTTGCAAACAGTGATCAACAATGGTATTATACTGGTAGTTCTTTCTTCTATCCGGAACCCATCACAGAAGCGAATTCTAAGTATGTGTCCATGGATGT---AAAATTCGAAAACCTCACTAATCGACTCCCTCCACCTCTCCTTAGTAACTCCACAGATCTGGATTTCAAGGAAGAGCTGGAAGAATTCTTCAAAAACGTCT------------C-CTCACAAG-----------------------------------GACCAAACTT---CCAGGAGATTTCTAAGATTAACACTACACTGCTCAACCTCAACACAGAGTTGATGGTGCTGAGTGAAGTTGTTAAACAATTAAATGAATCCTACATCGACTTGAAAGAGTTGGGGAATTATACTTTTTACCAGAAATGGCCATGGTACATATGGCTTGGATTTATTGCAGGGCTTGTCGCTCTTGCTCTTTGTGTGTTCTTCATTCTATGCTGTACCGGCTGTGGTACTAGCTGTTTGGGGAAACTAAAATGTAATCGTTGTTGTGACTCGTATGATGAGTATGAGGTCGAGAAGATCCATGTTCATTGAGCATTTTAACGAACTTATGATGCGTGTGCAAA------     
11 Duck_coronavirus-NC_048214.1-22145_22200                        91.1%  43.6%    ------------TGTATTTATGCTAATTCTTC---TGTGTTAAATCGT---------------------AC---ACTGCCGAGGGCAGGCGTAGATACCACTGTAGAACCATTATTGGATGTGACGGCCAATGTTTCCATACCCTATACCCTGACACTGGCGGTCACTACTGAATACTTACAAACATCTTACCAGAAAGTCACTATTGACTGTGCCCGGTATGTGTGTGGTGAGTCTCTTAAATGTCGTACTCTTTTGCAGCAGTATGGCAGTTTTTGTACCAGCGTTAATAATATATTAGCTGGTGTTAACGATAATGAGGATAACGGCATGCTTTCTTTTGTGGAGGCTATTAATACTGGTTATTCTCTTAACTT------------TTCTAGTTTTAACAGT-----------TCAAACCTTGGTGGGTTTAATCTGTCGTT-AGTCTTACCTA------------------------ATTCAGCAAAGCCCTCGGGACGTTCCTTTATTGAAGATTTACTCTTTGATAAAGTGGTTACTGTCGGTGTGGGTGAAGTTGATGCTAATTATGATAAGTGCATGGATTCAAGAGGCGGCAAGTTTACTAATGCTGCTGACTTGACATGTGCTCAGTTTTATAATGGTATCATGGTGCTTCCTGGAGTGGTGGACCCAGACCTTATGACACTTTATACAGGCTCACTTCTGGGTGG------------CATGTCTTTTGGTGGTCTTTCTTCTGCTGCCTCTATACCTTTTGCCACACAGGTGCAGGCCCGTATTAATTATTTGGCACTTACTCAGTCTGTGCTTTTGGATAATCAAAACCTTATTGCTAATTCATTTAATAATGCTCTTGAAAAAATACAGTCAGCACTTGATGTGGTGTCAGCTGGTTTTCAAGAGGTTGCAAAAGGCTTTGAGACTGTTTCTGTAGCACTTTCTAAGGTTCAGGATGTTGTTAATTCACATTCTGAGATTTTGAATAAACTTATGGCGCAGCTTAATGTTAATTTTGGCGCCATCTCTTCTTCTTTGTCTGATATCTATTCTCAACTTGACGAGCTTAATGCTAACGCTCAAGTTGATAGATTGATAACAGGTAGGTTGACAGCACTCTCTACATATGCAGCTTCTTTACAGTTGGCTGCATATAAAGCAGAAGAGTCGCGTAAATTGGCTTTGCAGAAAGTTGAAGAATGTGTTAAATCACAGTCTATGCGTTATGGGTTTTGTGGTAATGGCAGTCATGTTTTAACCATACCACAAACAGCACCTAATGGTATGTTTTTTATACACTATACCTATCCCCCTGCCTCATATATAACTGTTGAGGCGGTACCAGGGTTGTGTGTTACCACACGTACTGGTTCTTATGGTGTTATGCCTAAAACTGGTAGTGGTATTATATTT---------------------AGGGCTAACGGCACGTTCTTTGTAACTGCCCGTACTCTTTATCAGCCCAAATTGCTTTCTTATTCAGACGTCGTTAATTTAACGTCGTGTGAAGCTAATTATTATAATGTTAGCCAAGAT---------GAAACACCGTTTCAGCCTGAGCTACCTAGTTTTGATGATGAGTTCGATAATATATATACCGAACTCAACACTTCTAAAGACCTCATAGACTCAATCTATAAGGATTTTAATTATACCATCCCTATTCTTAATTTAGAGGATGATATATGTAGGTTGAACTCTTCTATTAATGCGCTGTGGAATTACAGCTCTATTATAGATGAGATCAATGCTGCGCTCAATGACACTTACATTAACCTGGAACAACTTAATAAGGTTACCAGGTACATTAAGTGGCCTTGGTACGTTTGGCTTGCTATAGGTTTTGCATGCCTTATTTTTGTGTTAATCCTATGCTGGATTTTCTTTATGA-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
12 Bat_coronavirus-NC_034440.1-25087_25124                         96.5%  47.6%    ------------------------------------------------------------------------------------TACAACAGTCCATTGCGTGTTGATGCACTTAACTCCTCTGAGTTTAAGGTCTCCTTGCCTCTCAATTTTACATTTGGTGTTACTCAGGAATATATTGAAACTAGCATACAGAAGATTACAGTTGACTGTAAACAGTACGTGTGCAATGGTTTTGCTAAGTGTGAAAAGCTGCTCGAACAATACGGTCAGTTTTGCTCTAAAATTAACCAGGCTCTCCATGGCGCGAATCTTCGCCAGGATGACTTTGTTCGTAATCTGTTTGAGAGTGTTAAAACACCACAGACAGT------------------TCCTCTTACTACAGGTTT--------------TGGAGGGGAGTTTAATCTTACTCT-TCTAGAGCCGCTTTCTGT---------------TTCTACAGGTTCTTCTAATGCGCGTAGTGCTTTGGAAGAGCTTTTGTTTGACAAAGTCACTATAGCTGATCCTGGCTACATGCAAGGTTATGATG---ACTGCATGCAA---------CAGGGCCCTGCCTCAGCTCGTGATCTTATCTGTGCTCAATATGTTGCTGGCTACAAAGTGTTACCACCCCTTATGGATGTTAACATGGAAGCTGCATACACCTCTTCTTTGCTTGGTAGCATAGCTGGTGCTGGCTGGACTGCTGGTTTATCATCATTTGCTGCCATTCCATTTGCACAGAGTATATTTTACAGGTTAAATGGTGTTGGTATAACACAACAGGTTCTATCTGAGAATCAAAAGATTATTGCTAACAAGTTTAACCAAGCTCTTGGTGCCATGCA------------------------------------------AACTGGTTTCACAACAACTAATGAAGCTTTTCAGAAAGTTCAAGATGCTGTGAACACTAATGCACAGGCTCTAGCTAAGTTGGCTAGTGAACTATCCAATACTTTTGGTGCTATTTCTTCTTCCATTGGTGACATCATTCAACGTCTTGATGTGCTTGAACAGGAAGTCCAAATAGACAGACTTATTAATGGCCGTCTGACTACACTCAACGCCTTTGTTGCTCAGCAGCTTGTTCGTTCTGAATCTGCTGCTCGTTCTGCACAATTGGCTAAGGATAAAGTCAATGAGTGTGTTAAATCACAATCCACTAGATCTGGATTTTGTGGTCAAGGCACTCATATAGTGTCCTTTGTTATTAACGCCCCTAATGGCCTCTACTTTATGCATGTTGGTTACCACCCTAGCCAACATATTGAGGTTGTTGCTGCCTATGGTCTTTGTGACGCGGCCAACCCCACTAATTGTATAGC---CCCAGTTAATGGCTACTTTATTAAAAATCAAACTACTAG------------GGGTGTTGATGATTGGTCATATACAGGTTCTTCCTTTTATGCTCCAGAACCCATCACCACTCTTAATACTAGGTATGTCGCACCTCAAGT---GACATTCCAAAACATTTCTACTAACCTTCCTCCTCCTCTGTTGGGCAATTCCACTGGAACTGACTTCAAAGATGAGTTGGATGAATTTTTCAAGAATGTTA------------G-CACCAGTA-----------------------------------TACCAAATTT---TGGTGCTCTAACACAAATTAATACTACTTTATTGGATCTTTCCGATGAAATGCTAGCTTTACAGCAAGTTGTCAAAGCGCTTAATGAGTCATATATTGACCTTAAAGAGCTCGGCAACTATACTTATTACAACAAATGGCCTTGGTACATTTGGTTGGGTTTCATTGCTGGACTTCTAGCCCTAGCCCTTTGTGTTTTCTTTATTCTTTGCTGCACTGGTTGCGGCACAAGTTGTTTAGGAAAACTTAAATGTAATCGTTGTTGTGACAAATATGAAGAATACGACCTTGAGCCGCATAAAATTCATATTCACTAATTAACGAACTTGTGATGAGAGTACA-------     
13 Betacoronavirus_Erinaceus/VMC/DEU/2012-NC_039207.1-24461_24533  96.6%  46.8%    ------------------------AACACATT---------TGCTTTA---------------------GTGCATATGT---TGTTCCAAAATCCATTAAAAGTTAGTGTTCTCAATTCAACTGAGTTTCAGGTTTCAATACCTCAGAATTTTAGTTTTGGTATTACTGAAGAATTTATAGAAACATCCATACAAAAGGTTACTGTTGATTGTAAGCAGTATGTTTGTAATGGATTTGAGCGTTGTGAACAATTGTTGGTGCAGTATGGCCAATTTTGTTCAAAAATTAATCAAGCATTACATGGTGTTAATTTGCGCCAAGATGATGCTACTAAGAGTCTTTTTGAGGACATTAAAGTACCCCAATCAGT------------------ACCCTTAATGACAAGCCT--------------CACTGGTGATTATAATTTATCATT-ATTCGAGGCACCTAATAT---------------TGGCAGTGGTAATAATAACTACCGCAGTGCTTTAGAAGATCTGCTTTTTGATAAGGTTACATTATCAGATCCAGGTTATATGAAAGGATATGACG---AGTGCATGAAA---------AAAGGACCACCTAGTGCTAGGGACCTAATTTGTGCACAATATGTATCTGGTTATAAAGTTTTACCGCCTTTGTATGATGCTAATATGGAGGCTATGTATACTGCTTCTTTAACTGGTAGTATAGCAGGTTCTTTTTGGACAGGAGGACTATCGTCTGCTGCTGCACTACCATTTGCACAGTCAATGTTTTATCGTATGAATGGTATTGGCATCACTCAAAATGTTCTTATGAAGAACCAGAGGGAGATAGCCAATAAGTTCAACCAGGCATTAGGTGCTATGCA------------------------------------------AACAGGATTCACAGCTACCAATCAAGCTTTTCAGAAGGTTCAAGATGTTGTGAATGCCAATGCACAAGCATTATCTAAATTAGCTAGTGAATTAGCTAACACATTCGGTGCTATTTCCTCTTCTATAGGCGACATCTTAAAACGCTTGGATGTTTTAGAACAGGAAGTGCAAATAGACCGCCTTATTAACGGACGTCTCACATCGTTGAATGCGTTTGTAAGTCAGCAACTGGTGAGAAGCGAAGCTGCTGCCCGCTCATCTCAGTTAGCTAAAGAGAAAATTAATGAATGTGTCAAAGCTCAATCCACACGTAGTGGGTTTTGCGGACAAGGCACTCATATAGTGTCATTTGTTATTAATGCTCCTAATGGGTTCTATTTTATACATGTGGGTTATCACCCGCAGGATTATGTGAATCAAACAGCTGCATATGGTCTGTGTGATTCTTCTTCTTCT---AAATGCATAGC---CGCCAAGAACGGCTATTTTGTTAAAAATGATT------------------CTGATAGTGATAGTTGGTCTTATACAGGCAGTAGTTTTTATCAACCTGAACCTATCACTAGTTTTAACTCGCGCTTTGTTCAGCCTGAGTT---TACATTTCAAAATCTAACTAATAACCTTCCACCTCCACTCCTAAGTAATAATAGTGATGTTACTTTTGAGGATGAGCTGGAAGAGTTTTATAAAAATATTA------------C-GTCTGAGA-----------------------------------TACCTAATTT---TGGTTCTATCAGCCAGATCAATACCACTATGCTTAACTTGAGTCGAGAAATGAGCATTTTACAACAAGTGGTAAAAGATTTAAACAACTCTTATATAGAGCTTAAAGAATTAGGTAACTACACATACTATCAAAAATCGCCGTGGTATGTGTGGTTAGGTTTCATTGCTGGTCTTGTTGCACTAGCACTATGCTTATTTTTCATACTGTGTTGCACAGGATGTGGCACTAGCTGCCTTGGAAAAATAAATTGTACTCGTTGTTGTGATAAGTATGATGATTTTGACATGCCAGAGAAAATTCACATACATTAAAATAACGAAG-------------------------     
14 Betacoronavirus_HKU24-NC_026011.1-27482_27516                   96.7%  45.2%    ---------------------TATCGGCTTAC---------TAATTTT---------------------GAACCTTTCG---TTCCTACTCTTGTGAACGATAGTGTTGAATCTGTTGGTGGTCTCTATGAGATCCAAATTCCGACAGAATTTACTATAGGTAACCTAGAGGAATTTGTACAAACAACTTCCCCCAAGGTAACCATTGATTGTGCTGCGTTTGTCTGTGGTGACTATGCGGCTTGTAGAGAACAATTAGTAGAGTATGGTAGTTTCTGTGATAACATTAACACCATACTAAATGAAGTTAATAGCATGATTGATACATCCCAGTATCAATTAGCTAGTACATTAATGAATGGTGTCACACTAAGCAG------------CAGGCTTAAGGATGGCATCAG-----TTTCAATCAGGACGACATCAACTTTTCTTC-TGTGATGGGCTGTGTTGGTAGCAATTGCA------------------TATCACACCGCTCCGCAATAGAAGATATACTTTTTAACAAAGTAAAATTGTCTGATGTTGGTTTTGTGGACGCTTATAACA---ATTGCACTCAA---------------GGTTCTGAAATTAGAGATCTTGTTTGTGTGCAGAGTTTTAACGGTATTAAGGTACTACCACCTGTTCTATCAGAGTCTCAGATGTCTGGTTACGCT------------ACAGGTGTAGGACTATCCATGCTGTTTCCGCCATTTTCAGCGGCAGCAGGGGTCCCATTCACTATGAGTGTTCAATACAGGATTAATGGTCTTGGTGTCACTATGGATGTTTTGAACCAGAACCAGAAAATGATTGCTAATGCCTTCAACAACGCTCTGACAGCTATTCA------------------------------------------GAATGGGTTCGATGCAACCAATTCTGCGCTAGCTAAGATTCAGTCTGTTGTGAATGCAAATGCAGAAGCTTTAAATAACTTGTTGCAGCAGCTCTCTAATAGATTTGGTGCAATTAGTTCATCTTTACAGGAAATTCTATCTAGGCTGGATGCCCTTGAGGCACAAGTCCAAATAGATAGATTAATTAATGGCAGGCTTACTGCCCTCAATGCCTATGTGTCGCAACAACTTAGCGACATAACGCTTGTTAAGTTCAGTGCTTCTCAGGCCATTGAGAAGGTTAATGAATGTGTTAAAAGTCAGTCAACGCGCGTAAATTTCTGTGGCAACGGAAATCATATATTGTCTCTTGTCCAGAACGCGCCATATGGATTATATTTTATTCACTTCAGCTACCAACCAACTAAATACACCACTGCTTACGTGAGCCCTGGCTTATGTTTGGCTGGTGATGT------TGGAGTAGC---ACCTAAAAGTGGGTACTTTATCAAAGTT---------------------------AATGATAAATGGATGTTCACTGGTAGTGCTTACTACCATCCTGAACCCATTACTAATGATAATGTTATAATGATGAATAATTGCGCTGTGAATTTTACAAAAGCGCCTGATGTA------GTCTTGAACACATCAATACCTAATCTCCCCGACTTCAAGGAGGAGTTGGATAAATGGTTTAAAAATCAAA------------G-TTCAGTGG-----------------------------------CACCTGACTTGTCGCTGGATCTTGAAAGAATTAATGTTACCTTCCTGGATCTCCAAGAAGAGATGGATAGGATTCAGGATGCAATTAAAAAGTTAAATGACAGTTACATCAACCTAAAGGAGATTGGTACGTACGAGATGTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTATGGCTCTTAATTGGCCTTGCAGGTGTAGCTGTCTTAGTACTCCTATTCTTTGTATGCTGTTGTACAGGATGTGGATCTAGTTGTTTTAAGAAGTGTGGAAGTTGC------TGTGATGATTATGGTGGTCATCAAGATATTGTGGTTAAAACCAGTCATGATGATTAACCCCGATATCAGACCCC-ATAAATCA---     
15 Canada_goose-NC_046965.1-22292_22345                            95.0%  41.7%    ---------------------TATTGTCTTTTTCCTGACGGTACTTAT---------------------AAATATATACAATCTGCAACATTTGACACACTCTTTGAGCCTCTGTTGAATGTTACTGAAAATATTCTTATTCCTGATAGTTTTAATCTTACTGTTACTGAAGAGTTTATTCAAACTCAGATGCAGCAGATTCAATTAAACTGTCTTCAATATGTTTGTGGTGCTTCAGTTCAGTGCCGTAATTTATTCAAGCAGTATGGTAGTGTTTGTGATAACATTGTTTCTATTTTGAATGGTGTTGCGCAATCTGAGAGCCAACAGCTCATATCAATGTATTCTAGTACATTGCCTGGACAGGACTT------------------CAATCCTGTGTACGCTA---A-----TATGTCTACTGGTGGCTTTAATCTTTCTGT-GTT------------------------------ATTGCCAACCACACCTCAATCTCGGTCTTTTATTGAAGACCTTTTGTTTGATAAGGTTGAGTCCGTAGGTTTGCCCACTGACCAGGCATACCTTG---ATTGTATGCGT---------------GGATGGACAGCTAGGGACCTTATTTGTGCACAGTACTATAATGGTATTATGGTATTGCCACCTATTATAACGCCTGCTATGCAAGTTATGTATACAGGTAGTTTTATTGC------------ATCTATGGCATGGGGTGGTCTTACTGCTGCTGGTGCCATCCCGTTTGCAACTCAGATTCAAGCACGCATCAATCATTTGGGTATAACACAGACCCTTTTGATAGATAATCAAAAGATGCTTGCTGAATCTTTTAATAATGCTGTTAAATATATGCA------------------------------------------GCAGGGTTTTGAAGCAACATCCTCTGCATTGCAACAAATTCAAGATGTTGTCAACCAGCAGGGTGCTGTTCTGCAGGAAGTTTTAAATTCTCTTAATAAAAACTTCGGTGCAGTTTCTTCTGTTATTCAGGATATTTATAAGTCTCTTGATGAGCTTTCTGCAAATGCGCAGATGGATAGGTTGATTACTGGCCGTTTATCAGCGCTTTCTGTCTTAGCTTCTTCCAAGCAGGCTGACCAGTTGCGTGTTCAACAGCAACGCCAGCTTGCCCAGGACAAACTTAATGAGTGTGTTCTTTCTCAATCCACTCGTAATTCTTTTTGTGGTAGTGGTAAGCATGTCATGACCATACCACAAACAGCACCTAATGGAATTCTTTTTGTCCATTTTACATACACGCCGCAAACATTTAAAAATGTTACTGCGGTAGTGGGCTTTTGTGTCCGTGGTAACACCACTGACTCATCTTA---CGAGTATG------CTCTCGTTCCAGTTAATGGAAGAGGCGTATTTATTGAAATTAATGGTACATACTATATCACTTCTCGTGATATGTATATGCCACGTAATATTACTGCTGGTGATGTTGTTACATTAACATCATGCCAAGCTAATTATGTTTATGTTAATAGAACT---GTTGTCACTACTTTTGTAGACGACAGTGATTTTGATTTTGATGCAGAATTTGATAAATGGTGGAATGAGACTC------------A-GCATGACT-----------------------------------TTCCACA------GCTTGATGAGTTCAACTATACCATTCCTCTGCTTAACATCACTCAACAAATACAGGATATACAGGATGCCATTCAAGGTTTGAATGACTCCTATGTAGACCTGCATGAGTTGTCTAAACTTACCACTTATATTAAGTGGCCATGGTATATTTGGTTGGCTATTGCCTTCCTTACTATTATTTTCTTCCTTATTTTAGGTTGGATTTTCTTTATGACTGGTTGTTGTGGTGGTTGCTGTGGCTGCTGTGGCCTAATTC--------------------CATTAGCACAGCGTTGCAGTAAGAAATCATCATA---CTACCAGACATTTGATGATGATGTAGTAGGCG--     
16 Bovine_respiratory-NC_012948.1-26597_26675                      96.4%  46.0%    ------------------------CGGTTTAC---------TAATTTT---------------------GAGCCATTTA---CTGTTAATTCAGTAAATGATAGTTTAGAACCTGTAGGTGGTTTGTATGAAATTCAAATACCTTCAGAGTTTACTATAGGTAATATGGAGGAGTTTATTCAAACAAGCTCTCCTAAAGTTACTATTGATTGTTCTGCTTTTGTCTGTGGTGATTATGCAGCATGTAAATCACAGTTGGTTGAATATGGTAGCTTCTGTGACAATATTAATGCTATACTCACAGAAGTAAATGAATTACTTGACACTACACAGTTGCAAGTAGCTAATAGTTTAATGAATGGTGTCACTCTTAGCAC------------TAAGCTTAAAGATGGCGTTAA-----TTTCAATGTAGACGACATCAATTTTTCCCC-TGTATTAGGTTGTTTAGGAAGCGATTGCA------------ATAAAGTTTCCAGTAGATCTGCTATAGAGGACTTACTTTTTTCTAAAGTAAAGTTATCTGATGTCGGTTTCGTTGAGGCTTATAATA---ATTGTACTGGA---------------GGTGCCGAAATTAGGGACCTCATTTGTGTGCAAAGTTATAATGGTATCAAGGTGTTGCCTCCACTGCTCTCAGAAAATCAGATCAGTGGATACACT------------TTGGCTGCCACCTCTGCTAGCCTGTTTCCTCCATGGTCAGCAGCAGCAGGTGTACCATTCTATTTAAATGTTCAGTATCGTATTAATGGTATTGGTGTTACCATGGATGTGCTAAGTCAAAATCAAAAGCTTATTGCTAATGCATTTAACAATGCTCTTGGTGCTATCCA------------------------------------------GGAAGGGTTTGATGCTACCAATTCTGCTTTAGTTAAAATTCAAGCTGTTGTTAATGCAAATGCTGAAGCTCTTAATAACTTATTGCAACAACTCTCTAATAGATTTGGTGCTATAAGTTCTTCTTTACAAGAAATTCTATCTAGACTGGATGCTCTTGAAGCGCAAGCTCAGATAGACAGACTTATTAATGGGCGTCTTACCGCTCTTAATGCTTATGTTTCTCAACAGCTTAGTGACTCTACACTAGTAAAGTTTAGTGCAGCACAAGCTATGGAGAAGGTTAATGAATGTGTCAAAAGCCAATCATCTAGGATAAATTTTTGTGGTAATGGTAATCATATTATATCATTAGTGCAGAATGCTCCATATGGTTTGTATTTTATCCACTTTAGCTATGTCCCTACTAAGTATGTCACAGCGAAGGTTAGTCCCGGTCTGTGCATTGCTGGTGGTAG------AGGTATAGC---CCCTAAGAGTGGTTATTTTGTTAATGTA---------------------------AATAACTCTTGGATGTTCACTGGTAGTGGTTATTACTACCCTGAACCTATAACTGGAAATAATGTTGTTGTTATGAGTACCTGTGCTGTTAATTATACTAAAGCGCCGGATGTA------ATGCTGAACATTTCAACACCCAACCTCCCTGATTTTAAGGAAGAGTTGGATCAATGGTTTAAAAACCAAA------------C-ATCAGTGG-----------------------------------CACCAGATTTGTCACTTGAT------TATATAAATGTTACATTCTTGGACCTACAAGATGAAATGAATAGGTTACAGGAGGCAATAAAAGTTTTAAATCAGAGCTACATCAATCTCAAGGACATTGGTACATATGAGTATTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTATGGCTTTTAATTGGCTTTGCTGGTGTAGCTATGCTTGTTTTACTATTCTTCATATGCTGTTGTACAGGATGTGGGACTAGTTGTTTTAAGAAATGTGGTGGTTGT------TGTGATGATTATACTGGACACCAGGAGTTAGTAATTAAAACATCACATGAAGACTAAGTTCGTCTTTGATTTAT-TGACTCCTGAC     
17 Common_moorhen-NC_016996.1-22520_22549                          91.8%  40.8%    ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTTGTTGGTAATATTAGTGTACCTACAAATTTTACTTTATCTGTTCAGAATGAATATTTTCAAATTCAGTCTGAGCAAGTTGTTATTGATTGTGGAAAGTACGTTTGCAATGGTAATTATCGTTGTTTACAGTTACTTTCTCAGTATACTTCAGCATGTTCTAACATTGAATCCACTCTTCATGGTGCTATTCAATTAGATAGTGTTGAAGTTTCTAATTTAATAACTACTTCAAAATCTGGCTTTAAT---------------------------------------------------------TTAGCTAATATTTCTAAT---TTTCAGTCAGATTTTAATTTTACTATGTTATTAGCTGATCAACC---TCGTACTTTTTCAGCTATAGAAGATTTACTTTTTAATAAAGTAGTAACTAATGGATTGGGTACAGTAGATCAAGATTATAAGAAATGTTCTA---------------AGGGTCTTGCTGTTGCAGACCTTGCCTGTGCCCAATATTATAATGGTATTATGGTTTTACCTGGTGTTGTTGATGCCCAGAAATTAGCCATGTATACTGCTTCACTTACAGGTGGCATGGTTTT---------TGGTGGTGTAACA---GCTGCTGCGGCCGTACCATTTTCTACAGCTGTTCAAGCTAGACTTAATTATGTGGCGCTACAAACAAATGTTTTGCAGGAGAATCAAAAGATCCTTGCAGAATCTTTTAATAGTGCTATATCTAATATTTCATTAGCATTAACTGGCATTACTAATGCTATTGAACAAACTTCTGAGTCTATTGTTACTATGGCTAATGCCATTAACAAAATTCAGACAGTTGTTAATGAACAAGGCGAGGCCCTTTCTCATTTAACAATTCAATTGTCTAATAATTTTCAAGCTATATCGAGTTCTATTCAAGATATTTATAATAGACTTAGTATAGTTGAAGCAGATCAACAAGTTGATAGACTTATTACTGGTCGATTGGCTGCTCTTAACGCTTATGTTACTCAGTTAATAAACCAGTTGTCTGTTATTAGGCAATCTCGTGAGCTTGCTAATCAGAAAATAAATGAGTGTGTTAAGTCACAGAGCCAGCGTTATGGTTTTTGTGGAAATGGTACACATTTATTTTCTATTACAACAGCTGCACCTAATGGTATTATGTTTATGCATGCAGTTTTAGTTCCTACTGCTTATCAAGAGGTTGAAGCTATAGCTGGTATTTGTGTAAATGGTACTAAAGCCTTTACTCTTCGTGAGCC------------TATGCTTGCTCTC------------------TATAAATATGGAGGTGAGTATAGAATTACATCTAGACGTATGTATGAGCCTAGGCTTCCTACAATGTCTGATTTTATACCTATACAATCTTGTATAGTTCAGTATATTAATGTTACGCAGGAAGAT------TTACCCAGCATAATCCCTGATTATGTTGATGTAAATTCTACAGTAGATAGCATTATTAATAGTATT---CCTAATGTTAC-TTATCCTGATTTAGATATTAGTATTTA-----TAACCAAACAATACTAAACTTAACTCAGGAAATAACTGATTTACAGGGTAAAGCTAATAATTTATCAGAAATTGCTAAAGAATTGCAGCAATATATTGATAATTTAAATAATACTCTAGTAGACCTTGAGTGGCTTAATAGAGTTGAGACATATATTAAGTGGCCATGGTATATTTGGCTACTTATATTTTTATCCCTAGCAACCTTTGTTTGTATAGTTGTTACTATATTTTTATGCACTGGTTGCTGTGGTGGATGTTTTGGTTGTTTTGGTGGCTGTTGTGGCTTATTTCGTAAACATAAGTTTTATGAAGAAGATACAAAACAGACACCAGTCTTTTTCAAAGTTAAGGAATGGTAGATAA-------     
18 White-eye_coronavirus-NC_016991.1-22715_22743                   91.7%  39.0%    ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------TTATACACTGGAGAAATTGAAATTCCTGCATCTTTCAAACTGTCTGTTCAGACTGAATATCTACAGGTTCAAACTGAGCAGGTGGTTATAGATTGTCCTAAGTATGTCTGTAATGGTAACCCTCGCTGCTTACAATTGCTAGCGCAGTATACCTCAGCATGCTCAAACATTGAGAGTGCACTTCACTCGTCAGCACAGCTTGACTCACGTGAAATCACTATGATGTTTCAAACTTCTAGTCAGTCTGTTGAG---------------------------------------------------------TTGGCAAACATCACCAAC---TTCCAGGGTGACTATAATTTTAGTATGATTTTACCTACACTACCGGGTAAAGACAGATCAGCCATTGAGGACCTCCTTTTTGATAAGGTGGTTACCAATGGTTTAGGTACTGTGGATCAGGATTATAAATCCTGTTCTA---------------AGGGTATAGCTGTCGCAGACTTAGTCTGTGCACAATACTATAATGGCATCATGGTGCTTCCTGGTGTTGTAGATGCTGAAAAAATGGCTATGTACACTGGATCTCTCACTGGCGCCATGGTGTT---------TGGTGGACTTACT---GCAGCTGCTGCTATACCTTTTTCAACAGCTGTACAAGCCCGTTTAAATTATGTGGCACTTCAAACAAATGTGCTACAAGAAAATCAGAAGATTCTTGCTGAATCTTTTAATCAAGCAGTGGGTAATATTTCTCTTGCCCTTAGCAATGTCAACACTGCTATACAGCAAACCTCTGAAGCCTTACTCACAGTCTCAAATGCTATTAACAAAATACAAACAGTTGTAAACCAGCAGGGTGAAGCCCTTGCACACCTTACTGCACAACTGTCACAAAATTTCCAGGCGATTTCGACGTCTATACAAGACATATATAATCGCCTTGACCAAATACAAGCAGATCAACAGGTAGATCGTCTTATTACCGGACGTCTGGCTGCTCTCAATGCTTATGTAACACAACTTCTTAATAAGCTTTCCCAGGTTAGACAATCTAGGATTTTAGCTGAACAGAAGATTAATGAGTGTGTAAAATCACAATCCTCTCGTTATGGGTTTTGTGGTAATGGCACACACTTATTCTCACTTACACAAGCAGCGCCTAATGGCATATTCTTTATGCATGCTGTTCTTGTACCCCAAACATTCCAGCCTGTTGTTGCATATGCTGGTATTTGTGTAGACGGTTATGGTTATTCATTGCA------ACC------------GCAATTAGTTCTG------------------TACAATCTTAATGATTCATACAGAATTACTCCCCGAAATATGTTTGAACCACGGACTCCTACTCAGTCCGTTTTCATTCCACTAACTACTTGCAGTGTTGACTTTGTAAATGTTACGGCCAACAAT------GTTTCCATTATTATACCAGACTATGTTGATGTTAATAAAACTGTGTCTGATATTATAAATGGTCTC---CCGAACTATTC-TTATCCAGAATTGTCGCTGGACCGTTT-----TAACCATACAATTCTAAATCTCTCCCAGGAGATTGAGGATTTACAAATACGATCACAAAATCTTAGTGCTACTGCGGAACTTCTGCAGCAGTACATTGACAATCTTAACAATACTCTAGTAGACCTTGAGTGGCTTAATAGAGTTGAAACATATTTAAAGTGGCCATGGTACATATGGCTTCTCATTTTCTTAGCAATAGCAGCATTTGCAACAATACTTGTCACTATCTTTTTGTGCACAGGATGTTGCGGAGGCTGTTTTGGGTGTTGTGGAGGCTGTTTTGGCCTGTTTTCTAAGAAACGTCGCCTTAGCA------GTGAACCGACACCAGTCTCATTTAAATTAAAGGAATGGTAGCGGATGACTG-     
19 Thrush_coronavirus-NC_011549.1-21560_21585                      91.8%  39.8%    ------------TTTTCCTCAATTGGCATTTGTCCTGATGGTTCTATT---------------------AT---GCAGGTCAACACTACTGTTGACACACTACCTGCAACAACAATTATTACCAGTGGTAATATTACAATACCACTGAATTTTACAATTTCAATTCAGGCTGAATACTTGCAAATACAAGCACAGCATACTGTTGTGGACTGTCAAACATATGTCTGCAATGGTAATGCAAAATGCTTGCAATTACTTCAGCAATATTCTACTGCCTGTTCAAACATTGAACAATCACTTACTATGTCTGCTCGACTTGACAATGCTGAAACGCTTGCCATGGTGCAGACTTCTACGCAAGGTTATCAT---------------------------------------------------------CTGTCAAAGATTGAACAG---CATGATAATCAATATAATTTAACTGCTATACTACCTAATAAACA---AGGTGGTAGATCAGCAATTGAAGATCTACTTTTTGACAAAGTAGTTACAAATGGACTTGGCACTGTTGACCAGGATTACAAGGAATGCACCA---------------AAGGTGTTTCACTTGCAGACCTGGCATGTGCTCAATATTATTCAGGTATTATGGTTCTTCCAGGCGTTGTTGACGCTGAAAAGATGGCCATGTACACTGCTTCACTTACAGGTGGTATGTTCTT---------TGGAGGACTTACC---GCTGCTTCTTCCATACCTTTTTCCGTAGCTGTTCAAGCACGTCTTAATTATGTTGCACTTCAGACTGATGTGCTGCAGAAAAACCAACAAATACTTGCCAATAGCTTTAATCAGGCCATGGGCAATATAACACTTGCATTTTCTTCTGTTAATGATGCTCTTCAGCAAACCTCTGAAGTAATCCAAACAGTTGCAAATGCACTCAATAAAATTCAGGATGTTGTGAACAAGCAAGGCTCTGCTTTGAACCACCTCACCCTGCAGTTACAAAACAATTTTGATGCTATTTCACATTCAATAGCAGACATTTACGCTAGACTTGATGAAGTAGAAGCAAATCAGCAAGTCGATCGCCTCATTACAGGCAGGCTTGCTGCATTAAATGCATACGTCACTCAAGTTCTAACACAAATTTCCCAGCTTAAAGCCCAAAGGCAATTAGCTCAGGAGAAAATAAACGAGTGTGTGAAATCACAATCTGACAGATTTGGATTCTGCGGAAATGGTTCACACTTATTTTCTATTACACAGGCTGCACCCAATGGCATCCTGTTTTTGCACACTGTTCTAACACCAACTGACAGAGTCCAGGTTAATGCTATTGCTGGCATTTGTGTCTCTGATTCAGCTTTT---GTGTTACGTGAACC------------TAACCTTGCTTTC------------------TTTCAACATGATGGCAAGTGGTTAATTTCACCCCGCAGATTGTTTCAACCAAGACCGGCCACTGTTGCTGACTTTGTGCAAATACAGTCCTGTGAGGTTACTTTCTACAATACAACCTATGATGAG------CTTCCACAATTAATCCCTGATTATGTGGATGTTAACCAGACGGTTTCTGACATATTAGCCAACAAA---AC---AGATCC-ATCTTTGGACCTTAAGTTGGACATTTA-----CAATCAAACTGTTTTAAACCTCTCTGCTGAAGTTGATGAACTTTTCCAGAGGGCTCAAAATCTTACTCTAATTTTCAAACAATTGGAGCAGTATATCAACAACATCAACAACACTCTAGTAGATTTAGAGTGGCTTAATAGAGTTGAAACCTACATTAAATGGCCTTGGTGGGTTTGGCTACTCATTGTGTTAGCCATAGCAGCCTTTGCCTGTATAGTTATTACCATCTTCCTTTGCACTGGTTGCTGTGGGGGATGTTTTGGTTGTTGTGGAGGCTGTTTTGGAT-------------------------------------------------------------------------------------     
20 Rodent_coronavirus-NC_046954.1-26736_27008                      96.8%  45.8%    ---------------------TATGGTTTGAC---------AAATTTT---------------------GAACCATTCA---CTGTTGCGTTAGTGAATGATAGTGTAAAACCTGTTGGTGGTCTGTATGAAATGCAGATTCCTTCAGATTTTACTATTGGTAACGTAGAGGAGTTTATTCAAACTAGCTCCCCTAAAGTTACTATAGATTGTGCTGCGTTTGTCTGCGGAGACTATGCGGCTTGTAGAGAACAATTGGTTGAGTATGGCACGTTTTGTGACAACATTAATGCCATACTTAGTGAAGTTAATAATTTGCTTGACACCTCACAGATGCAGGTGTCTAGTGCTTTGATGAATGGTGTCACCTTGAGTAC------------AAAACTTAAAGATGGCATAGA-----TTTTAATGTAGACGACATTAACTTTTCTTC-TGTACTAGGATGCATTGGCTCTGATTGTA---------------GTGCTAGTGGTAGGTCCGTTATAGAAGATTTACTTTTTAATAAAGTAAAATTAGCTGATGTCGGTTTTGTAGAGGCTTATAATA---ATTGCACAGGA---------------GGCAATGAGGTTCGTGATTTGATTTGTGTGCAATCCTTTAATGGAATCAAAGTATTACCACCTCTCTTATCTGAAAGTCAGATTGGAGGTTATACT------------ACTGCTGCAACCGCTGCTACATTGTTCCCACCATGGACATCAGCAGCTGGTATTCCATTTTATTTGAATGTTCAGTATAGAATTAATGGTCTTGGTGTAACTATGGATGTTCTTAGTGAGAACCAGAAAATGATTGCTAATGCATTTAACAACGCGCTTGGTGCCATACA------------------------------------------GGATGGATTTGATGCAACCAATTCTGCTTTGGTCAAAATACAGGCTGTTGTGAATGCAAATGCTGAAGCTTTGAATAACTTGTTGCAGCAGCTTTCTAATAGATTTGGTGCAATTAGTGCTTCTTTACAAGAAATCCTATCTCGACTTGATACCCTTGAGGCACAGGTCCAGATCGATCGTCTTATTAATGGGCGTTTAACTGCTCTTAATGCATATGTCTCTCAGCAATTGAGTGATATTACACTTGTAAAATTCAGTGCTTCTCAAGCTATTGAGAAAGTAAATGAATGTGTTAAGAGCCAGTCTCCTAGAGTTAATTTCTGTGGTAATGGTAACCACATTTTGTCATTGGTACAGAATGCTCCATACGGACTGTATTTTATCCACTTTAGTTATGTGCCTACCAAATATGTCACTGCCTATGTTAGTCCAGGACTTTGCATAGCTGGAGACAA------AGGAATTGC---ACCTAAGAGTGGTTATTTTGTCAGAGTT---------------------------AATGATAAGTGGATGTTCACTGGTAGTGGTTATTACTATCCTGAACCCATTACTGATAAGAATGTTGTTATGATGAGTACGTGTGCTGTTAATTATACAAAAGCACCGGATGTA------ATACTGAACAATACAATACCCACTCTTCCTGATTTTAAGGAAGAGTTGGATCAATGGTTTAAAAACCAAA------------C-ATCCACGG-----------------------------------CACCTGATTTGTCGTTGGATTTGGATTATATAAACATTACCTTCCTTGATCTGTCTAATGAAATTAGCCGGATTCAGGAAGCTATAAAAGTTTTAAATAATAGCTACATCAATCTCAAGGACATAGGTACATATGAGTATTATGTTAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTTCTCATTGGGTTAGCTGGTGTAGCTGTTTTGGTTCTATTGTTTTTCATATGTTGTTGTACAGGATGTGGAAGCAGTTGTTTTAAGAAATGTGGTGGTTGT------TGTGACGACTATGGTGGACATCAGGAGCTCGTAATCAAAACTTCGCATGACGACTAAAGAGTCGCGTTTTGTGC-TAGCT------     
21 Transmissible_gastroenteritis-NC_038861.1-23773_23826           90.0%  40.9%    ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ACGATACCTACAAACTTTACCATATCCGTGCAAGTCGAATATATTCAGGTTTACACTACACCAGTGTCAATAGACTGTTCAAGATATGTTTGTAATGGTAACCCTAGGTGTAACAAATTGTTAACACAATACGTTTCTGCATGTCAAACTATTGAGCAAGCACTTGCAATGGGTGCCAGACTTGAAAACATGGAGGTTGATTCCATGTTGTTTGTTTCTGAAAATGCCCTTAAATTGGCATCTGTTGAAGCATTCAATAGTTCAGAAACTTTAGACCCTATTTACAAAGAATGGCCTAATATAGGTGGTTCTTGGCTAGAAGGTCTAAAATACATACTTCCGTCCCATAATAGCAAACGTAAGTATCGTTCAGCTATAGAGGACTTGCTTTTTGATAAGGTTGTAACATCTGGTTTAGGTACAGTTGATGAAGATTATAAACGTTGTACAG---------------GTGGTTATGACATAGCTGACTTAGTATGTGCTCAATACTATAATGGCATCATGGTGCTACCTGGTGTGGCTAATGCTGACAAAATGACTATGTACACAGCATCCCTTGCAGGTGGTATAACATT---------AGGTGCACTTGGTGGAGGCGCCGTGGCTATACCTTTTGCAGTAGCAGTTCAGGCTAGACTTAATTATGTTGCTCTACAAACTGATGTATTGAACAAAAACCAGCAGATTCTGGCTAGTGCTTTCAATCAAGCTATTGGTAACATTACACAGTCATTTGGTAAGGTTAATGATGCTATACATCAAACATCACGAGGTCTTGCTACTGTTGCTAAAGCATTGGCAAAAGTGCAAGATGTTGTCAACATACAAGGGCAAGCTTTAAGCCACCTAACAGTACAATTGCAAAATAATTTCCAAGCCATTAGTAGTTCTATTAGTGACATTTATAATAGGCTTGACGAATTGAGTGCTGATGCACAAGTTGACAGGCTGATCACAGGAAGACTTACAGCACTTAATGCATTTGTGTCTCAGACTCTAACCAGACAAGCGGAGGTTAGGGCTAGTAGACAACTTGCCAAAGACAAGGTTAATGAATGCGTTAGGTCTCAGTCTCAGAGATTCGGATTCTGTGGTAATGGTACACATTTGTTTTCACTCGCAAATGCAGCACCAAATGGCATGATTTTCTTTCACACAGTGCTATTACCAACGGCTTATGAAACTGTGACTGCTTGGCCAGGTATTTGTGCTTCAGATGGTGATCGCACTTTTGGACTTGTCGTTAAAGATGTCCAGTTGACTTTGTTT------------------CGTAATCTAGATGACAAGTTCTATTTGACCCCCAGAACTATGTATCAGCCTAGAGTTGCAACTAGTTCTGACTTTGTTCAAATTGAAGGGTGCGATGTGCTGTTTGTTAATGCAACTGTAAGTGAT------TTGCCTAGTATTATACCTGATTATATTGATATTAATCAGACTGTTCAAGACATATTAGAAAATTTTAGACCAAATTGGAC-TGTACCTGAGTTGACATTTGACATTTT-----TAACGCAACCTATTTAAACCTGACTGGTGAAATTGATGACTTAGAATTTAGGTCAGAAAAGCTACATAACACCACTGTAGAACTTGCCATTCTCATTGACAACATTAACAATACATTAGTCAATCTTGAATGGCTCAATAGAATTGAAACCTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTGTGGCTACTAATAGGCTTAGTAGTAATATTTTGCATACCATTACTGCTATTTTGCTGTTGTAGTACAGGTTGCTGTGG---ATGCATAGGTTGTTTAGGAAGTTGTTGTCACTCTATATGTAGTAGAA----------------------------------------------------------------------     
22 Bovine_coronavirus-NC_003045.1-27513_27575                      96.4%  46.1%    ------------------------CGGTTTAC---------TAATTTT---------------------GAGCCATTTA---CTGTTAATTCAGTAAATGATAGTTTAGAACCTGTAGGTGGTTTGTATGAAATTCAAATACCTTCAGAGTTTACTATAGGTAATATGGAGGAGTTTATTCAAACAAGCTCTCCTAAAGTTACTATTGATTGTTCTGCTTTTGTCTGTGGTGATTATGCAGCATGTAAATCACAGTTGGTTGAATATGGTAGCTTCTGTGACAATATTAATGCTATACTCACAGAAGTAAATGAACTACTTGACACTACACAGTTGCAAGTAGCTAATAGTTTAATGAATGGTGTCACTCTTAGCAC------------TAAGCTTAAAGATGGCGTTAA-----TTTCAATGTAGACGACATCAATTTTTCCCC-TGTATTAGGTTGTTTAGGAAGCGATTGCA------------ATAAAGTTTCCAGTAGATCTGCTATAGAGGACTTACTTTTTTCTAAAGTAAAGTTATCTGATGTCGGTTTCGTTGAGGCTTATAATA---ATTGTACTGGA---------------GGTGCCGAAATTAGGGACCTCATTTGTGTGCAAAGTTATAATGGTATCAAGGTGTTGCCTCCACTGCTCTCGGAAAATCAGATCAGTGGATACACT------------TTGGCTGCCACTTCTGCTAGCCTGTTTCCTCCATGGTCAGCAGCAGCAGGTGTACCATTCTATTTAAACGTTCAGTATCGTATTAATGGTATTGGTGTTACCATGGATGTGTTAAGTCAAAATCAAAAGCTTATTGCTAATGCATTTAACAATGCTCTTGGTGCTATTCA------------------------------------------GGAAGGGTTTGATGCTACCAATTCTGCTTTAGTTAAAATTCAAGCTGTTGTTAATGCAAATGCTGAAGCTCTTAATAACTTATTGCAACAACTCTCTAATAGATTTGGTGCTATAAGTTCTTCTTTACAAGAAATTCTATCTAGACTGGATGCTCTTGAAGCGCAAGCTCAGATAGACAGACTTATTAATGGGCGTCTTACCGCTCTTAATGCTTATGTTTCTCAACAGCTTAGTGACTCTACACTAGTAAAGTTTAGTGCAGCACAAGCTATGGAGAAGGTTAATGAATGTGTCAAAAGCCAATCATCTAGGATAAATTTTTGTGGTAATGGTAATCATATTATATCATTAGTGCAGAATGCTCCATATGGTTTGTATTTTATCCACTTTAGCTATGTCCCTACTAAGTATGTCACTGCGAAGGTTAGTCCCGGCCTGTGCATTGCTGGTGATAG------AGGTATAGC---CCCTAAGAGTGGTTATTTTGTTAATGTA---------------------------AATAATACTTGGATGTTCACTGGTAGTGGTTATTACTACCCTGAACCTATAACTGGAAATAATGTTGTTGTTATGAGTACCTGTGCTGTTAATTATACTAAAGCGCCGGATGTA------ATGCTGAACATTTCAACACCCAACCTCCCTTATTTTAAGGAAGAGTTGGATCAATGGTTTAAAAACCAAA------------C-ATCAGTGG-----------------------------------CACCAGATTTGTCACTTGAT------TATATAAATGTTACATTCTTGGACCTACAAGATGAAATGAATAGGTTACAGGAGGCAATAAAAGTTTTAAATCAGAGCTACATCAATCTCAAGGACATTGGTACATATGAGTATTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTATGGCTTTTAATTGGCTTTGCTGGTGTAGCTATGCTTGTTTTACTATTCTTCATATGCTGTTGTACAGGATGTGGGACTAGTTGTTTTAAGAAATGTGGTGGTTGT------TGTGATGATTATACTGGACACCAGGAGTTAGTAATTAAAACATCACATGAAGACTAAGTTCGTCTTTGATTTAT-TGACTCCTGAC     
23 Lucheng_Rn-NC_032730.1-24628_24661                              93.7%  39.7%    ---------------------AATGGGTTCTGTGTTGATGTTAATGTTACTGGTCAACCAGTTGTTGGTAACATATTTATACAGACT---CATGACACTGACTATGCTAGGCCAATTCTTACTGCCCAGCAAATAGAACTGCCTATTGACCATTATGTTAGTGTCAAAGAGCAGTTTATTCAAACTAGTACACCCAAGTTTGATGTTGATTGTGAAAGGTATATCTGCGATGTTTCCAGCGATTGCCGCGAATTGCTTGTTAAGTATGGTGGCTATTGTTCCAAAATACTTGCAGATATTAAATCTTCCAGCATTCAGCTGGATTATCAGATTTT------------------------------------------------------GGGGCTTTACAAAACTTT--------------AGCTGTTGATTTTAAGGTTCC-T---GATATTGATTTTGGTGACTTTAATTTTAGTATGTATATGTCTGAGGCCAATGGTAGATCTTTTATTGAGGATCTACTTTTTGATAAGATAGTTACTACGGGTCCAGGGTTTTATCAAGATTATTATG---ATTGT---------------AAGAAGATGAAT---TTGCAAGATCTTACTTGCAAGCAGTATTATAATGGTATTATGGTTATACCACCTGTTATGGATGATACCTTGATCACGTTTTGGTCATCAGCCGTTGCTGGTTCCATGACTGCAGGCCTCT---------TTGGTGGTCAGGCAGGTATGGTTTCCTGGACTGTAGCACTTGCTGGCAGACTCAATGCGCTTGGCGTTATGCAGGATGCACTTGTTGAGGACGTTAATAAACTTGCTAATGGTTT------------------------------------------TAACAACCTCACACAGTATGTGTCAGATGGCTTTAAAACCACCAGTCAAGCTCTCTCAACCATTCAGGCTGTTGTTAATAATAATGCACAGCAAGTTTCCCAGCTAGTCCAAGGGTTAAGCGAGAACTTCGGTGCTATTAGTAACAATTTTGCTCTTATTGCTGAGCGCCTTGAAAGGATAGAAGCCGCTATGCAGATGGACCGTCTTATTAATGGCCGTATGAATATATTACAGAATTTTGTCACCAATTATAAGCTTTCCATATCTGAGCTTAAATCTCAGCAAGCTCTTGCCCAGAGTCTTATTAATGAATGCGTTTATGCACAGAGCAGTAGGAATGGCTTTTGTGGTGATGGTTTGCACTTATTCTCACTGATGCAGCGTGCACCGGACGGAATAATGTTCTTCCATTACACACTTAAACCAAATAACACCATCATAGTCGAAACCACACCAGGACTCTGTTTGAGTAATGATGTTTGTATAGCTCCTAAAGATGGTTTATTTGTTAGACTTTCTACTGCC------------------------AGAGACACTGATTGGCATTTTACGACTCGCAACCGCTATAGTCCAGAACCAATAACGGTTAAC---AACACTCTCACTATTAGTGGCGGTGTTAATTTTACTGTTGTTAATTCTACTATA------GATGGTATAGAGCCGCCAGCCAACCCATCTTTTGATGAGGAGTTTGCTGAGTTATATAAGAATGTTA------------C-AT-----------------------------------------TAGAGCTCGAACAGCTTAAAAATATTAGTTTTGACCCCGAGATGCTTAATCTGACCTATTATATTGATAGGCTAGATGAGCTAGCAACAAATGTGTCGCAGCTCCACGTAGATGTTTCAGAGTTTAATAAATTTGTTCAGTATATTAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTAGCAATATTCCTTGTGCTTGTACTGTTCAGCTTCCTTATGCTCTGGTGTTGTTGCGCCACAGGTTGTTGCGGATGTTGTGGTCTTTGCGGTGCCGCTTGTAATGGATGTTGTACTAAACCTC---AACCTATTGAATTTGAAAAGGTCCACGTAC---AATGATAGGTGGTCTCTTTTCTATAGGTTTTGA-     
24 BtMr-AlphaCoV/SAX2011-NC_028811.1-23525_23575                   91.8%  40.6%    ---------------------------------------------------------------------------AATAGTACGGCTAGGAGAGCTGCAGCAGACCCTGTTAGTCCTGTTATATCTGGTAATATTTCTGTACCTACCAACTTCACTTTTTCTGTGCAAGTTGAGTATATACAGTTGATGCTTAAACCTGTAACAGTCGACTGCAGTGTTTACGTTTGCAATGGAAACCCGCGTTGTCTTCAGCTACTGGCACAATATGCTAGTGCTTGTAGAACTATAGAACAAGCCTTGCAACTTAGTGCAAGACTTGAGTCTGTTGAAGTCAATAGTATGATTTCCATTTCGCAAGAGGCACTTGCG---------------------------------------------------------CTCGGTGTTATAGACAAC---TTTAAGCATGACTTTAATCTCACTAATGTACTTCCTGCCAGTGT---AGGTGCTAAGTCTGCAGTGGAGGATTTGCTTTTTGATAAAGTCGTTACTTCAGGTTTGGGAACTGTTGATGCAGATTATAAAGAGTGTGCTTCT---------CGCACGGCTAATACCGTAGCGGAAGTAGGTTGCGTGCAATACTATAATGGAATTATGGTACTGCCTGGTGTTGTAGACCAATCTTTGCTGGCTCAGTATTCCGCTGCTCTTACAGGTGCTATGGTATT---------TGGCGGTGTCACA---GCAGGTGCTGCCGTACCATTTTCCATAGCAGTTCAGTCCAGACTGAATTATTTAGCTTTGCAAACTGATGTTCTACAGCGTAACCAGCAGCAGCTTGCGAACTCCTTTAATGCTGCTATGGGTAACATTACTGAAGCTTTTGGTCGTGTTAACGACGCCATAGAGCAAACATCACATGCCATTTCAACTGTGGCACAGGCATTAGATAAGGTGCAGACCGTGGTCAATGATCAAGGTTTGGCTCTCTCTCAACTTACAAAGCAGTTGGCTTCTAACTTTCAGGCTATTTCATCTTCTATAGAAGATCTTTATAACCGCCTTGACAGAGTCGAGGCTGACTTGCAGGTTGACAGACTTATCACAGGCCGTTTAGCTGCGCTGAATGCTTTTGTGGCCCAACAGTTGACTAAGTACACGGATGTCAGAGCTTCTAGGCAGTTAGCACAGGATAAAATTAATGAATGCGTTAAATCTCAGTCATTCCGTTACGGTTTTTGCGGCAACGGTACACATGTGTTTTCCGTTGTTAATGCCGCTCCTGATGGAATGATGTTTTTCCATTCAGTTTTACTCCCTACTGCTTATATGGAAGTGGCAGCATTTTCAGGGCTTTGTGTTGAAGGTAATGGCTATG---TCCTCAGAGACAC------------AGGTAATGTACTC------------------TTTGAGAAGAATGGTCAGTACCTCATTACTGCTAGGAAGATGTTTGAACCACGTGTTCCACAGACATCTGACTTTGTGCAAATTACAGGCTGTGATGTTGTATATTTGAATGTGACTCGTGATGAA------CTGCCTACTGTGATACCAGATTATATTGATGTTAATAGCACTGTCGAGGACATACTTAGTAAACTC---CCTAACAGGAC-TACACCTGAGTTTGACCTCGACATTTT-----CAATGCTACATACCTCAACTTGACTGGTGAGATAGCAGATTTAACGGCTAGGTCCGAGTCACTTAAGAATACTACTTTAGAGTTAAAGGAGCTTATTGCTAATATTAATGCTACACTTGTTGACCTTGAATGGCTTAACAGAGTTGAAACGTATATCAAGTGGCCTTGGTGGGTTTGGCTCATCATTGTGCTAGTTTTGATACTTTTCACCTGTTTGATGCTGTTCTGTTGTTGTTCAACTGGATGTTGTGG---CATTTTTAGCTGTATGGCCAGTTCTTGCGGCGCCTGCTGTGATATACGTGGAACTAAAC------------TTCAGC----------------------------------------     
25 Human_coronavirus-NC_006577.2-26794_26856                       96.5%  46.2%    ---------------------------TTTGT---------TACTTTT---------------------GAACCCTTTA---ATGTCAGTTTTGTTAATGACAGTATTGAGTCTGTGGGTGGTCTTTATGAGATCAAAATTCCCACTAACTTTACTATAGTTGGTCAAGAGGAATTTATTCAAACTAATTCTCCTAAAGTTACTATTGATTGTTCTTTATTTGTCTGTTCTAATTATGCAGCTTGCCATGACTTATTGTCAGAGTATGGCACTTTTTGTGATAATATTAATAGTATTTTAGATGAAGTTAATGGTTTACTTGATACTACTCAATTGCATGTAGCTGATACTCTTATGCAAGGTGTCACACTTAGCTC------------CAATCTTAATACTAATTTGCA-----TTTTGATGTTGATAATATTAATTTTAAATC-CCTAGTTGGATGTTTAGGTCCACACTGCG---------------GTTCTTCTTCTCGTTCTTTTTTTGAAGATTTATTGTTTGACAAAGTTAAACTTTCAGATGTTGGTTTTGTTGAAGCTTATAACA---ATTGTACTGGT---------------GGTAGTGAAATTAGAGATCTTCTTTGTGTACAATCCTTTAATGGTATTAAAGTTTTGCCTCCTATTTTGTCTGAATCTCAAATTTCTGGTTACACC------------ACAGCCGCTACTGTTGCTGCTATGTTTCCACCATGGTCAGCAGCAGCTGGCATACCATTTTCTCTTAATGTACAATATAGAATTAATGGTTTGGGTGTTACTATGGATGTTCTTAATAAAAATCAAAAGTTGATAGCTACTGCTTTTAATAATGCTCTTCTTTCTATTCA------------------------------------------GAATGGTTTTAGTGCTACCAACTCTGCACTTGCTAAAATACAAAGTGTTGTTAATTCTAATGCTCAAGCACTTAATAGTTTGTTACAGCAATTATTTAATAAATTTGGTGCAATTAGTTCTTCTTTACAAGAAATTTTATCTCGTCTCGATGCTTTAGAGGCTCAGGTTCAGATTGATAGGCTTATTAATGGTCGTTTAACTGCTTTAAATGCTTATGTCTCTCAACAGCTTAGTGATATTTCTCTTGTAAAATTTGGTGCTGCTTTAGCTATGGAGAAGGTTAATGAGTGTGTTAAAAGTCAATCTCCTCGTATTAATTTTTGTGGTAATGGTAATCATATTTTGTCATTAGTTCAAAATGCTCCTTATGGTTTGTTGTTTATGCATTTTAGTTATAAACCTATTTCTTTTAAAACTGTTTTAGTAAGTCCTGGTTTGTGTATATCAGGTGATGT------AGGTATTGC---ACCTAAACAAGGGTATTTTATTAAACAT---------------------------AATGATCATTGGATGTTCACTGGTAGTTCTTACTATTATCCTGAACCAATTTCAGATAAAAATGTTGTTTTTATGAATACTTGTTCTGTTAATTTTACTAAAGCGCCTCTTGTT------TATTTGAATCATTCTGTACCAAAATTGTCTGATTTTGAATCTGAGTTATCTCATTGGTTTAAAAATCAAA------------C-ATCCATTG-----------------------------------CGCCTAATTTGACTTTAAATCTTCATACTATTAATGCTACTTTTTTAGATTTGTATTATGAGATGAATCTTATTCAAGAGTCTATTAAGTCTTTGAATAATAGTTATATCAATCTTAAAGATATAGGTACATATGAAATGTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTACTAATTTCTTTTTCATTTATAATATTCCTTGTATTGCTCTTTTTTATATGTTGTTGTACTGGTTGTGGTTCTGCATGTTTTAGTAAATGTCATAATTGT------TGTGATGAGTATGGTGGTCATCATGATTTTGTTATCAAAACATCTCATGATGATTAGAATCTCTTGTCAGATCTCATTAAATCTA-     
26 Shrew_coronavirus-NC_046955.1-22940_22981                       93.7%  41.2%    ACATGTGATTACTCTTTGGGTAATGGATTTTGTGCAAATGTTAATAAA---------TCTATGGATGTGTACAAGTTTATTCCTAGTAAACAAACCAATGATTATGTGGTGCCAATTTCAGGTATGTATAATATAACCTTGCCAACCAGTTATGAACCTTTTACTAGTACTGCTTATTACCAAACTCGTTTGGAAAAATTGCAAGTGGATTGCCAACACTTTGTGTGTGACTCAAACATACATTGTTTGACGTTGTTACAGAAGTATGGTGACATTTGCACAAAAATTACTGGTGATGTCAACACAGTAA------TGGCATCTTTAACTAGTTT------------------------------------------------------AGAACTTGATGCATTACA--------------AACTGTAGCTCTAGAGGGGCT-C---AATGTTGATTATGGTTCATTTAATTTTAGCGGGTTAATGCCACAAAGAGGTACACGCAGTTTTATAGAAGACCTTTTGTTTGACAAAATTGTTACCACAGGTCCACAATTTTACAAAGATTATTATG---ATTGT---------------CACAAGGATAAAACTATTAATGATTTGCTTTGTGCACAACAGTACAATGGTATGTTAGTAGTTCCACCTATTATGGATGATGCTACTATCGCCATGTATGGCACCATTGCAGGAGCATCTGTGTCAGCAGGCATGT---------TTGGTGGCCAAGCAGGTATGATTACGTGGAATACAGCTGTGAGTGCTCGGTTGAATGCACTCGGGATTACACAAGAAGTTATGCAAAGTGATATACAAAAGATTGCTAATGCAGT------------------------------------------TAATGGTATTGTAGACCATGTTTCTAATTTGGCCAAAACAGTAGCAGGAGGATTTGAAGTTATACAGGCAGTTGTTAACCAAAATGGTGCTCAGATGATGGCACTTGTTGATGGTTTGCAAGAAAACTTTGGTGCAATTTCTAATAATTTTGAGACTATAAACAACCGCTTAAACAAGTTGGAAGCTGACCAGCAAATGGATAGGCTTATAAATGGTAGGTTAAATGTTTTACAGTCATTTATGACCAATTATAAGATAAAAGTGTCAGCAATGCAGGCCACACAACATACTGTTAATTCTATTATTAAAGAGTGTGTGTATGCACAGTCTACAAGAAATGGGTTTTGTGGTGATGGCAAACATATTATGAGTTTTATGCAGAATGCACCTGATGGTATTTTCTTTATACATTTCACAATGAAACCTGTGCAATATATTAATGTCACTACTACACCAGGATTATGTATTAACAACACAG---GCATTGCACCAAAAGATGGTATTTTTGTGTTTGTTAATGG---A------------------------ACATGGATG---------GTCTCACCTAGGAACATTTATAATCCAAGAAATGTGTCTAATAGTGATATTGTACATTATATAAGTTGTGAGGCAAATTACACACTTGTTAACAACACTATA------GGTAGTGTTGTGTTGCCACAGCTACCCAATATTGGTGATGATTTTAACAACCTTTATGAAAACACAT------------C-AA-----------------------------------------AGGCCTTAGAAGAAATTAAAAATATATATTTTAATTTTACAAATTTGAATTTGACCACTGAAATAGAAAGGTTGAATTCCATAGCAGAAGAAGTTAAGAAGTTAAATATTACCTTATCAGAACTTGGTAGGTATGAAAGGTATGTTAAATGGCCTTGGTATGTGTGGTTGGCAATTGCAGTTGTTATGATTGTTTTAGTTTTTATTTTAGGGTGTTTGTTATTTATGACTGGTTGCTGCGGATGTTGTGGTTGCTGTGGCGGTTGTTGTGGCAAAGCTTGCTCCAAACCGCCTGATTATGAGGAATTAGAAAAATTGCATGTTG---CATAAACTAAAGTCAAATGAGTG--TGTTAGG--     
   clustal                                                                                                                                                                                                                    * **        :          .         .     :  .           . ..        * .* **       *:  * **       :        **     .  :  *     * **          **        *           *          .                                                                                                                             *                                                                    :      *  ..**  *  * *:  . **..* .        *.           :           :                                              **  *    ** .  **.    :  . **  : :  **  * **     :     .           :       *.                                                                    *  * :   .        *       .*  * **     * *   * .  .   .     *     . .*  : ..  : .* ** .      *                                                                                *          *   *        * **.   *  .* **    .*           *        *           *       :  **  . ** .* :         *       .*           * ..           .  .    **..* ** .*  * ** *. ** .*  *        *  .    *: .      .     :                                     *        .:  *    **.** **       **.:     .*       ** ** **    ** :  **  *  * :   *          ** **  * **  *  : **  * **        :    **     .                         *   * **                                                                                                        : :*             *:    **           .                             .           :                                            .              *       ..  *  .  .       .  ..                                                                    :                       :              :  .  *                    *          .   .     * :.  .     : .* ..  *  .  .  *    .   :       :.  : **.* *** ****. .* *** *    :*                                                    *