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Y54E2A_celgans-child_4

Submission Status: No Result!

RNAcode could not find significant results in the alignment.

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Alignment

RNAcode

Input

ATCATAACAATAATAATAATAATAACAATAATCGATTATGAGTGTTTTTTTTCGGGTTTTTAAAATAAAGACTAGCTTGCCTTTTTCTTATCCCTTCTTATTTCATAATATTTTGAATAAATAAAAGATTGCGAAATTCCTATGATAAATTCTTATACGCGGAATCTCCGCTGAAAAAAAGGCAGGAGACTTGAAATTTCGCAATAATTTACCGTCTCCGATACCGCAGGAGTGCACATTTGTAATTGTTCAATGAATCTGTATATTATTTAGTGTAAACTAAAAATTATTTGATGAACACACATGATAAACTTTTAGATAGCACTTATGTACATATACATGAGAAATCCGGTGCTTAGATATGAACTCCTTTTTTTAAGCATAGGTTTTTAGGTTACCTGTTTTAGCGAGTTTGAATTAATCGTGGCAAAACTCACAGTCGTCAATAAAATGAACATATATAAAGTATTCAAACATACAAAGCAACAAAACTAATTGTAAATA

Selection Arguments

Sequences in the aligment must have a pairwise distance to any other sequence of 10.0%.

Sequences can only have pairwise distance to the input sequence of 60.0%.

Sequences are searched in the RefSeq Representative Genome Database.

Results

Alignment Info

Alignment Tree

Full Alignment

Reference sequence (1): Target
Identities normalised by aligned length.
Colored by: consensus/70%

                                                      cov    pid  1 [        .         .         .         .         :         .         .         .         .         1         .         .         .         .         :         .         .         .         .         2         .         .         .         .         :         .         .         .         .         3         .         .         .         .         :         .         .         .         .         4         .         .         .         .         :         .         .         .         .         5         .         .         .         .         :         .         .         .         .         6         .     ] 616
1 Target                                           100.0% 100.0%    ------------ATCATAACAATAATAATAATAATAACAATAATCGATTATGAGTGTTTTTTTTCGGGTTTTTAAAAT------------------AAAGACTAGCTTGCCTTTTTCTTATCCCTTCTTATT-TC-----AT---AATATTTTGAATAAATAAAAGAT-----------TGC--GAA--ATTCCTATGATAAATTCTTATACGCGGAATCTCCGCTGAAA-AAAAGGCAGGAGACTTGAAATTTCGCAATAATTTACCGTCTCCGATACCGCAGGAGTGCACATTTGTAATTGTTCAA--TGAATCTGT-ATATTATTTA-GTGTAAACTAAAAATTATTTGA-----TGAACACACATGATAAACTTTTAGATAGCACTTA---------------TGTACATATACATGAG----AAATCCGGTGCTTAGAT--ATGAACTCCTTTTTTTAAGCATAGGTTTTTAGGTTACCTGTTTTAGCGAGTTTGAATTAATCGTGGCAA---AACT------------CACAGTCGTCAATAAAATGAA--CATATATAAAGTATTCAAACATACAAAGC----------AACAAAACTAATTGTAAATA    
2 Acipenser_ruthenus-NC_048326.1-68653128_68653063  85.5%  31.3%    --------------------------------------------------TGCTCCTTCAAACAGGAGGAATTATAGTTCTTGAACTAAAATCAATGAGTAGGCTGTAGAAAAAGTGCTTCCAAGTATTATTACC-----GCA-CAAAAGAATACATGAGATGATCAATCCAGCAAGAATCT--GAA--ATGATCTGCAGCATCTTTATTGATATTTATTTGTATTTATA-CTACTGCTACAGTGCTTAAATTGTACACTTCCAACTATGGTTCCCTACTCTGAACCAAAGTATT---------ATACAGAGTTTTCATACTTTTTTTAA-TCACATGGAAAAGTTTGTAAGA-----TAAATGCTCTGTCAGACCAATGAGAAAATTAAATAGGTTCCTG------TTAAAGGTTATGGGGGAAAAAAAATTCTCG-TAACATTATTACTAGTGTCTTTCA----GTAACTGGTATGGTTACTTTGTTCAAAAGAAAAAGCAGGTTTGACTAATAA-TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT-AATAATAATAATTATGTTTTTTCTTTAAAATAAAGACCTAA----------------------    
3 Arachis_hypogaea-NC_037625.1-1781712_1781642      83.9%  31.5%    -----------------------------------------------------TTTTTCTTCATGGCCAAACTAAAAACTACACAACAAAATTATTAATTAG-------------------CAAGTGTAATTTGA-----AGA-ACAAATTAATAATTTGTAATTAATTATTTTAATAATAT--TTG--ATTATCATC---AAATTAATTTGGAATTTTTCAATTTCAT---CACTTTTGTTAAAAATTAAATACACAATCCAATGGTATATTCCTTAACTTGCAAACTGATATTTGAATATGTATATAAAAATTTATTTATATTTTTGA-TATAAAAAAATGATCCAACACA-----TATAAACAAGATAACATAATTGATATATATACATTAAATCATAAATATATTAATCTTTTTATAAATAAATTATATATAAATACAATAAAATAGATTATATATACGACCCAAACGTGCGTAGTCCCAACTTTACACTAATAATAATAATAATAATAATAA-TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAT-AATAATAATGAGTTTATGTGTTATTATTTAATGAGTTTTTAAAATAAA---------------    
4 Serinus_canaria-NW_022041541.1-25884564_25884627  84.3%  29.3%    ATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATGCTTTTATGGTTTTTAAAATAAAAATGGAGATCAAATGT-CTCATTTTAAA-------CACCTCAGCCTTTTTATGGATAATGTTTTTT-------ATGGTAATAAGGTTATTTAGGTAGTTTTGAGATGCTAGATCTTTGCAG-AATTGCAAGTAAGAGGAAAAAATTTTAAAATTTGCATAATGGCAAAACCTGGTTCTGGTTAATTCCACACTGAAATGCCTTCTGGA-----CAGGATACAGGTTGT---------TCAT--CATATTTTCATTTGGTTTGAAAAGAAGGTGGAAGTAAAGTGAT--GAAATTTGCTTGTATA---------TTAAAGAAGTTATTAAAGGTA------AGGA--TTGAT-TA---------------C-AAAG------------------------AGCATTGGAATGACTAAGAGGTTAAGGATGTGATTCAGCTCCATATGACCACTCCTAAA---------CTTTCATGTCT--ATATG-GGAACAGGTTGGCTGAGTTCTT-GTCAGTGGAAAGCTGTTCAGTGCAGGCACTGTG-------    
5 Polyodon_spathula-NC_054536.1-27928840_27928903   83.7%  30.4%    -TAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAATGTTTTTTCTTTAAAATAAAGACCTAAAAATACAGC-TTTAGCACACAGTCCCATCCCCTACAGATATTAATTAATTGTATGTATTTATTTATTTACCAATCTGAACAATAGAGTAA--TTGACTATGTATATATTTGAAATATGTGTATGTGAGTAATAAAACCTTTTTGTTTCAGAT-----CACAGCCAGGAGTACACAGACTC-------------------CA-----CAGGCATCGACTTAC---------ACGA--ATTCCTTGTAAACACTTTAAAGAATAACCCCAGGTATGATCCATTAAGCTTTTTTTCTGTATCTGGTGTCTGAGAAAAAAAAAAATACCTC------CCCATTTTAACTTAAA----ACAAAAGTAA-GACA------------------------AAGCCTGAATGTCCTGGAAACTAGAGGCGGTCATT-AAAACCTTATACTGAAAAATGGC---------CATTTATCTCCCAAGATG-CATACCTCCTGAAGAAATCGTT-TATTA--------TATTAAGGGCAACAC------------    
6 Brugia_malayi-NW_025062477.1-13847966_13848045    91.3%  44.3%    -------------------AA---------AATTTATTAATCTTTAACTCTTTTCCTTTTAATTCGAATTAACAAAATTTGAA-ATCCAATTTATCTAATTTTAGCTCCCTTTTTTCTTCTCTTTTCTTTTTTAC-----TT---AATATTTTAAAGAAGTAAAAAAA-----------TCA--AAA--ATTTCTATGGCAAATTTAATTCCTAAAATATTCATATAGCA-TA------TTTTTTTTTCAAATTTGTGCTATTTTCATTTGCTTTTTAGGCAATAAATATTCATTTG----------A--ACTATCAGCAATGTATTTTA-GTGAAAAATTAAATTTGCTA-A-----CAATTTTTTAGCCAATGAATTGAGCGAGAAAAAA---------------AAGACAATTAAA-----------TTAGTTGAGCCTAG--CTAGGCTTCTTTGTTTTAACTAGGCTTTTTT-GTTTCTTATTTTTAATTTATTTATTACTTATTCTAATGCCATCTATTAATTAACTACTTTTTACTCATTAAAATTTCTTCTTATCTAATTGTTTTAGCTTTATTTGGCACTTTTTAAAAGAATATTTAGTTTTAA---    
  clustal                                                                                                                   ** ::  : .       .:: :                                           .   * * ::*             .*:.   : .:   . :.   ::           *      .  *:    :     .:   ::::      : :      *               :       .* *                             .         :                   :        :   :** *     *     :..:  .    :       ::   :    .         : . *  :  ::                  *   : :                       .                                           :  *:  .    : :   :  :   :   .    : .*            .: : :  *.   * *:      .               :   : :

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