Reference sequence (1): Target
Identities normalised by aligned length.
Colored by: consensus/70%

                                                           cov    pid  1 [        .         .         .         .         :         .         .         .         .         1         .         .         .         .         :         .         .         .         .         2         .         .         .         .         :         .         .         .         .         3         .         .         .         .         :         .         .         .         .         4         .         .         .         .         :         .         .         .         .         5         .         .         .         .         :         .         .         .         .         6         .         .         .         .         :         .         .         .         .         7         .         .         .         .         :         .         .         .         .         8         .         .         .         .         :         .         .         .         .         9         .         .         .         .         :         .         .         .         .         0         .         .         .         .         :         .         .         .         .         1         .         .         .         .         :         .         .         .         .         2         .         .         .         .         :         .         .         .         .         3         .         .         .         .         :         .         .         .         .         4         .   ] 1414
 1 Target                                               100.0% 100.0%    -------------------------CACGCTGGCCCTCGCCCCAAGCTCAGGTGCCTTGTGGCTGCCCTGAGAGTCTGCCAGAGCCCAG-ATCGAGAGGGCACCGA-GGAGGCTTTGGCAGGCCCAGCCAGGCGGGATGGACATGGGAGGCTGCGT----------------------------------------------------------------------GGGCCGCTGGGGAC--CCCGGAGGATAGGCCCTCCCCAACCCCCCAGCCTTCGCCAAGGCCTGGCCTGGGCCAGAGGCCCTACAGCTCACACCTCTGCCCCCCGCACAGAAGAAGGGCAGCAAGCTGAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGAGATGAGGGTCAGGACTCCCCGGGAGGCCAGAGCCGAGGGTAGGTGCCCTGCCCCACGGGGAGGCCCCGCACACTCCTGG-GAGCCTGGCCCAACCGGGCCCTT-------CTCTG-CGGTGACCCC-----------ACCAGGACCA-------TC----CCTGAG-CAGGGCAGGACCTACCCCC--------TTCTTGGCCCCTGGA-AG-CAGTGAA--GT-GGTAGGGAGTGTGGT--GTGCAGGGCAGGCTGGTGGCTGT---GGGCAGTGGGGGCAG----GGGCGGCTGAGCAGG-----------TGG---CT----GGAGGGCCCAGG------TCCCCACAG---CCCTGGATGCTGCCGGGCTGTCGGCTCTCGGTCCTCACCGCC-TCCTCTTATGAGGCCCCCAGCCTCATGCCCTCCCCAGGGGGCAACAAATGCCTGCCATGAAGTGGCTCCC----------------------------CCTCTTCCCGTCCAGTCAGGCTGAATTCAAGGC---------------------------------------------CCAGGCCCCCGTGTCGGAGG---CCTTCCTCAGCACTGTCTGGGGTCTCTTTGAGGTCTCAAACCTACAGGCCCAGAAGGAACTCCCACCC-----------CTCCCGGACCCTGGGCTCCCCCC-GTGCCGCCCACTCCCTCCTATTGCCGTCT-CCCCTCACTTCCATCCCCCAATGGTTCCTCCGTGCCCCTCGCCTGGGCACAGCCCCCTCCTGTCTCATCCCGTCCCACGTGCCAGCCGGGCTCTGCCCTTAGCACACATCTGATCCACGTGT--GCCGCTGCCACCC---GG----CCGACACGGAGGCCCCCTTGGAC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
 2 Cercocebus_atys-NW_012001716.1-220761_221628          93.4%  84.0%    --------------------------------------------------------------------------------------CAG-ATTGGGAGGGCACCGA-GGAGGCTTTGGCAGGCCCAGCCAGGTGGGATGGACATGGGAGGCTGCGTGGGCCACTGGGGAC-CCTGGAGGACAGGCCCTCC--CCAACGCCCTAGCTTCACC---AAGGCCTGACCTGGGCCACTGGGGAC--CCTGGAGGACAGGCCCTC-CCCAACGCCCTAGCTTCGCCAAGGCCTGACCTGGGCCAGGGGCCCTACAGCTCATGCCTCTGCCCCCCGCACAGAAGAAGGGCAGCAAGCTGAAGAAGGCGGCCAGCATGGAGGAGGGAGATGAGGGCCAGGACTCCCCGGGAGGTCAGAGCCGAGGGTAGGTGCCCTGCCCCATGGGGAGGCCCTGTACACTCCTGG-GAGCCTGGCCCAGCCAGCCCCTT-------CTCTG-CGGTGACCCC-----------ACCAGGGACA-------AC----CCCGAG-CCGGGCAGGACCCACCCAC--------TTCTTGGCCCGGGAAGCA-GTGGGAA--GT-GGTGGGGAGTGTGGT--GTGCAGGGCAGGCTGGTGGCTGC---GAGCAGTGGGGGCAG----GGGTGGCCGAGCAGG-----------TGG---CT----GGAGGGCCCAGG------TCCCCACAG---GCCTGGATGCTGCTGGGCTGTCGGCCCTTGGTCCTCGC---C-TCCTCCTATGAGGCCCCCAGCCTCATGCCCTCCCCAGGGGGCATCAAATGCCTGCCATCAAGTGGCTCCC----------------------------CCACTTCCCGTCCAGTCAGGCTGAATTCAAGGC---------------------------------------------CCGGGCCCCTGTGTCTGAGG---CTTCCCTCACCACTGTCTGGAGTCTCTTTGGGATCTCAAACCTACAAGCCCAGAAGGAGCTTCCGCCC-----------CTCCCCAGCCCTGGGCT-CCCCC-GTGCTGCCCACTCCCTCCTATTGCCGTCT-CCCCTCACTTCCATCCCCCAGCGGTTCCTCTGTGCTCCTCGCCTGGGTACAGCCCCCTCCTGTCCAGTCCTGTCCCACGTGCCAGCTGGGCTCTGCCCTCAGCACACACCTGATCCACATGC--GCTGCTGCCACCT---GG----GTGACACGGAGGCCCCCTTGGACCC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
 3 Aotus_nancymaae-NW_018508829.1-120818_121790          96.4%  75.2%    -------------CCTCCTCTGGCCCTCACTGGCCCACGCCCCAAGCTCAGGTGCCCTGTGGCCGCCCTGAGAGTCCGCCGGAGCCCAG-GTCGAGAGGGCACTGA-GGAGGCCTTGGCAGGCACAGCCAGGCGGGATGGACGTGGGAGGCCGTGTGAGCCTCGGGGG-----------------------------------------------------------------------A--CCCTGAGGACGGGCCCTCCCTAACCCCCCAGCCTTCCCCAAGGCCTGGCCTGGGCCGGGGGCCCCACAGCTCACGCCTCTGCCCCCTGCACAGAAGAAGGGCAGCAAGCTGAAGG---CAGCCAGCGTGGAGGAGGGGGATGAGGGCCAGGACTCCCCGGGAGGCCAGAGCCGAGGGTAGGTGCCCTGCCCCGTGGGGAGGCCCTGCATGCTCCCGG-GGGCCTCGCCCAGCTGGCCCCTT-------CTTTG-TGGTGACCCC-----------ATCATGGCCA-------TC----CTTGAG-CCGGGCAGGACCCACCCCT--------TTCCCGGCCCCTGGAAGC-AGTGGGA--AG-TGGTGGGGGTGTGGT--GTGTGGCGCGGGCTGGTGGCTGT---GGGCAGTGGGGGCA-----GGGCGGCTGAGCAGG-----------TGG---CT----GGAGGGCCCAGG------TCCCCACAG---GCCCAGATGCTGCCGGGCTGTTGGTCT-CAGTCCTCAGCTCC-TCCTCCTCCGACGTTCCCAGCCTCATGCCCTCCCCAGGGGCATCAAATGCCCCTGCCATGAAGTGGCTCC----------------------------CTGCTTCCAGTCTAGCCAGGCTGGATACAAGGC---------------------------------------------C-CAGGCCCCATGTCTGAGG---CTTCCCTTAGCACTGTCTGGGGTCTCTTCTGGGTCTCAGACCTACAGGCCCAGCAAGGAGCGCCCGCC-----------CCTCCCCCACCGTGGGCTCCCCC-ACCCTGGGCTCCCCCACCGCCCACTCCCT-CCTGTCACGTCCATCCCCCAACGGCTCCTCCGCGCCCATCGCCTGGGCACAGCCCTCTCCCATCCCGTC------CATGTGCCAGCCGGGCTCTGCCCTGAGCACACATCTGATCCACACGC--CTGGGCAAC------------------CCGGAGGCCCCCTTGGACCCCTGGCCTCC----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
 4 Saimiri_boliviensis-NW_024100927.1-200297_200758      85.3%  57.7%    -----------------------CCCTCACTGGCCCTCACCCCAAGCTCAGGTGACCTGTGGCCGCCCTGAGAGTCCGCTGGAGCCCAG-GTCGAGAGGGCACTGA-GGAGGCCTTGGCAGGCACAGCCAGGCGGGAGGGACATGGGAGGCCGTGTTGGCCTCGGGGG-----------------------------------------------------------------------A--CCCTGAGGCCAGGCCCTCCCTAACCCCCAGCCT--TCCCCAAGCCTGGCCTGGGCCACGGGCCCCACAGCTCACGCCTCTGCCCCCTGCACAGAAGAAGGGCAGCAAGCTGAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGACGAGGGCCAAGGCTCCCCGGGAGGCCAGAGCCGCGGGTAGGTGCCCTGCCCC-AGGGGAGGCCCTGCATGCTCCCGG-GGGCCTTGGCCAGCTGGCCCCTT-------CTTTG-CGGTGACCCC-----------ATCATGGCCA-------TC----CTTGAG-CTGGGCAGGACCCAGCCCT--------TTCCTGGCCCCTGGAAGC-AGTGAGA--AG-TGCTGGGGGTGCTGC--C------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------GGGCCGTCGGTCT-CAGTCCTCAGCTCC-TTCTCCTCCGAGGCCCCCAGCCTCATGC-CTTGCCCGGGGCATCAGATGCCCCTGCCATGAAGGGGCTCC----------------------------CTGCTTGCAGTCCAGCCAGGCTGGATTCAAGGC---------------------------------------------C-CAGGCCCCGTGTCTGAGG---CTTCCCTCAGCACTGTCTGGGGTCTCTTCTGGGGCTCAGACCTACAGGCCCAGCAAGGAGCTCCCACC-----------CCTCCCTGACCGTGGGCCCCCCC-GCCGGCCACTCC--------------------CTCTCGTCACTTCCCCCAACAGCTCCTCTGCGCCCTTCGCCTGGGCACAGCCCTCTCCTGTCCCATC------CATGTGCCAGCTGGGCTCTACCCTGAGCACACATCTGATCCTCACAC--CTGGGCAAC------------------CCGGGGGCCCCCTTGGACCCCTGGCCTCCT-CTCCACATAGTGATTCTAGGCCA-GACCCAGGCCCCGACCCTAGCTCTCCCTGCTCAGAACCTTCCAGAAGCCCCCACCCCTGTGACGCTTGGCAGGCCACGTCCTCCTCTGCACACACACA     
 5 Callithrix_jacchus-NC_048389.1-200279_200731          91.0%  51.7%    ---------TTCCTGGCTCATTCCCGCCTCTGGCCCTCACCCCAAGCTCAGGTGC-------------CCTGTGGCCGCCGGAGCCCAG-GTCGAGAGGGCACTGA-GGAGGCCTTGGCAGGCAGAGCTAGGCGGGATGGA--------------------------------------------------------------------------------CATGGGAGGCCTCGGGGGA--CCCTGAGGACAGGCCCTTCCTAACCCCCCAGACTTCCCCAAGGCCTGTCCTGGGCCAGGGGCCCCACAGCTCATGCCTCTGCCTCCTGCACAGAAGAAGGGCAGCAAGCTGAAGAAGGCAGCCAGCGTGGACGA---------GGGCCAGGACTCCCCGGGAGGCCAGAGCCGAGGGTAGGTGCCCTGCCCCATGGGGAGGCCCTGCACGCTCTTGG-GGGCCTCGCCTAGCTGGCCCCTT-------CTTTG-TGGTGACCCC-----------ATCATGGCCA-------TC----CTTGAG-CTGGGCAGGACCCACCCCT--------TTCCCGGCCCCTGGAAGC-AGTGGGA--AG-TGGTGGGGGTGTGGT--GTGTGGGGCAGGGCGGCCACATG---CCTGGGCAACTCGGG----GGCCCCCTTGGACCC-----------CTG--------------------G------CCTCCT------CTCCACATAGTG-----------ATTCTAGGCCAGACCCAGG-TCCCGACCCTAGCTCTCCCTGCTCAGAACCTTCCAGAAGCCCTACCCCTGCCATGCTTGGCAGGC--TAC----------------------------GTCCTTC-TCTGCACACACACATGGTGCTTGGG---------------------------------------------GCCTTGACACCTGCTGGTAGCTCCGAGCCTGCCCATGTCCTGCCGGCACTCAGGTCTCCGTGGCCTGCGTCCCAGTCTGGGGTCT--GTCT------------CTGAGGGTTCAGGGGCTGCCGC-GTGAATTAATGAAC--CCGCCCGAGCCCT-GGAGCCCATCTCATGGAGCT--GGGTGCCAGGCTGGCCCTGAATGGGAGGGGTGCTCACCCCTGCCA--------CACGCCACAGGACGGCACGGCA-----GAAGAAGACCATGCAGCTGT--CCCGGGCCC---T---CT----CCGACCTGGTGAAGTACACCAAGTCCGTGGCTACC-CACGACATAGAGGTGGAGGG----------------------------------TGAGAGGCTCGGGGACCGGGGCCCACGGGTGGG-----------------------------------     
 6 Tupaia_chinensis-NW_006198262.1-200133_200414         76.6%  27.0%    ------------------------CTGTGCTGGCCCAAGCTGG----CCAGG---------------------A-----------------TCCTG---GAGCTGTCCCAACAGTCCGTGGAGGCCCAG-----------------GCCAGGCAGGGCACTGCAGAGGCT-TCAGCAGGCCCAGCAGGGCA-AGGTGGCCCTGAGAG-------GACGAATGGGCTGAAGACCCAGGAGGGCAGGGCCCTCCCCACATCCTCTGACCTCTGCCAATGGCCTGGCTTGAGTGGGGGTCGGGGGCTCCGCAGGTCACAACTCTGCTCTCCTGCACAGAAAAAGGGCAGCAAGCTAAAGAAGGTGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGACGAGGACCTGGATTCCCCAGGAAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCTTGCCCCCACTGGGAGGAAAGGCCCTGCACAGGCCTGAGGGG-----CTCGCTGACTGTGGCCCCCACACTATTCTCTAA--GGGTGATTCTGTGTGGGAGGGGTAAGG---GTTCCAC----CCCTAGGCCCACCCTGGGCCCC-CTCTCTGCACCCTGTGGGAGACAATGGGGAG-TAAAGCAATTGTCTA--CACA--ACAACAGAAGTGGAGTGCACGGACCAGTGCGGTGGCTCTGGATGGCTGG----TGCTCAGGCCCTGGGCAGGGGGCTGGGCAGAGCAGTGTCATCCCTCAGGGA---TC---------CCCAGGGT---------TGGAGTCTGGGGGT---C--------------TTGCCTTCTCCTCTTACCAAACCCCGCCCCC-----TACCCTCACATCCTTCTGC-TGGGCCTCAGTG----------------T--CCCCCAACCCTCGTTCCCTGCCAAGAGCACTTGGC-ACATCGTAGTCCAGGCCACATTGGGTTTGGG-----CCCAGGCCCTGAACATCTAGCTGCTTGTCCCGGG-----------TCTCACTGGGGTCTCCAGCATGGAGCTCCTACCCCACCCTGACTCAGGAC--------------C----------CCCTATGCCCC--------------------CGCCTCCCTTCTTTCCC-----------ACCCTAACCATACCCTAA--------------------------------------------CCCATCTCTCCCCTCCCTCAACAGCTC------------CTGAGTGTCCCTC---CCATCGTCA--CAATGACCTCTTCTCCCCTCTCCT----------CCCATGTCCTCTGCCCT-------------CAGTCTACATATA----------------------------------------------------------------------------     
 7 Urocitellus_parryii-NW_020540697.1-291762_291958      76.8%  28.6%    --------------------------GGGCTGGTCTGGGGCAGGTGCCTTGGCCC-------------TTGGGT-----------------CACTGCACTCCTCTGGCCCACACTGACTGCTGCCCT-------------------GAGAGCCCACTG---------GAG-CCTGGGTGGCCTGGGCACTG-CAGATGGGAGAGGCCTGGCA--GGTGGGGCTGCTGGG----AGCCCAGGGCAGGCCCTCCACGCACCCTCCA-------GCCTCTGCCCATGGCCTGGCCTGACCCAGGGCTCCACGGGTCACGACTCTGCCCCCCTGCACAGAAAAAGGGCAGCAAACTAAAGAAGGCAGCCAGCGTGGAGGAGGGGGACGAGGACCTGGACTCCCCAGGAAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCAGTCCTGAGGACCGGACGGCTGCGGGCCCCTCTCTGTCCCCTCAGGGCGGTTTC-ACTGAGG-----------------------------CTGACCTCTGAGCGCAGTGGGATGGGGGCAGGTGCGGGGTCCCACTCCCAGCCC--CATCTGATGCCCGTGGAA--GCAGCAGGGGA-TGAGGCTGTTCTGCA--GACC--ACAGCMAGAGTGGGACGTGCAGACCAGCGTGGTGGCCCCAGAGAGTCTAGCAGGGTTGGGCCTGGACGTGGGCAGGGGCCAGGAGGAGCAGCGTGACTCTGAGG---ACCCCAGGTCTCCCGGGCC---------CAGACCCTGCTCCG---CCCACCAG-------TCCCACCTCCCTCCTCCTGAGGGCTCCACC-----------TCSCGCTCTCCCCAGGGAGGGTGTCCG--TGCCA---------------GGCCTCAGATGTCCCCACGAGAGCAGCTCCTK-CAGGGCCAGGGCAGGCCACCA-GGGTTGGC------GCCATTCCCG-TGCGTCCA-CTGCTTCTTGTGGCA------------GCTCTGGGACATGGCACCTAGCAGCAAGGAGCGTCCCTCCCCGCACCC---------------------------CCTCCCTTCTC---------------------CCCACCAGGCTTTG-----------TCCCCTATCCCTGTCCCT--------------CCCACTGTC------------------CCACCCACCCCTCTCCTACCCTTCCACCTC------------TTCATTGCCACTT---CCACCTGGG---TGCAC----GATGGCACCTGCTTGAGACT----CTCCTGTGGTAAAACT--------------TCCAAGGTCCCTGCCC-------------------------------------------------------------------------     
 8 Lemur_catta-NC_059130.1-185548_185699                 79.8%  27.4%    ----------------------------------CCCGCCCCCAGGC--------------------------------------------CCTGGCCGGCCCCTAGTCGGGA-GTGGCGACTCCACGGCCCTCTGGTCACCTCT-CCTCTGGCCCACACTGGCCAGGTC-CCCACAGCTGCCCAGAGGACACGGCC-GCAGCCGCAGTG----TGCCCAGCAGGGGGGACGA---GGAGGCCGTGCGGCTGCTCGGGAGCCCTCCCCGC------CTCTGCCCTGGCCTGG-CCCGCGTGGGCCCACGGCTCACAGCT---CTGCCCTCCACAGAAAAAGGGCGGCAAGCTGAAGAAGGTGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGACGAGGACCTGGACTCCCCGGAACGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCCCAGGGACAGAGTGGTCCCACCGGCACCGA---------------CCCCTCTCCCAG-CCCCTCCTCCCACTGG---CCAGAGGACCACTCT---GCTCTCTGTGCAC---------CCC----------CCA--TGAC--CCCGCGGCCCCCTGCCTCT-TCTCCACTCACCCAGACTTCACCCCGAGTC-TCCTCCTGCTCA-GAACCTTCCAGAAACCCCCACATCTCTCAGCGCAGCCCTGGCCCCACGTCTA-CCTGAG---TG----G-----GT-GTTGTCCTCCCGCACACC--TACGCGAGGGCCCCGGGCCTTTCTG-GC-CACTGCCAGCC------CAGCCCGCAGCCCACCTGGCGCTCGCATGTCCTTGGCCCCCAGCACG-GTCTG----GG-GGCGTCTC-T-GGGGCTCGGT-G------------CCTGCCCCCAGC--ACCATGC-GGTGTCCA-CGCCACGCCGGGAATCAGTGGCGTGTGGCACGGTGGACACGTGCTGGATGCTGCTGC-----------------------CTGTGCCCTGGAGCCCGTCTCCGGGGCTGGCGCCAGGACGGCCCCCCAGGCC-CCTGACCCTGTGGCCCCCGCAGGACGACCAGGCA-GAAGAAGACCATGAAGCT---GTCCCGGGCTCTCTCGGACCTGGTCAA------GT--ACACCAAGTCCGTGGGCACCCACGACGTGGACTCGGAGGGTGAGG--------GGGCGCGGG-TGGGGCTGGGTGG----GGCCTCCCT--GTCCCAGCTCCGGCCGCACCGTGT-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
 9 Propithecus_coquereli-NW_012152752.1-186991_187153    80.0%  26.3%    ---------------------------------TCCCGCTCCCAGGC--------------------------------------------CCTGGCCGGCCCCTGGTCGGGA-GTGGCACCTCCACGGCCCTCCGGTCACCCCC-TGTCTGGCCCACACTGGCCTGGTC-CCCAC-GCTGCCCAGAGGGCACGGCC-GCAGCCTTGGTG----CACCCAGCGGGGTGGACTA---GGAGGCTGTGCGGCCGCTTGGG-ACCCTCTCAGC------CTCTGCCCGGGCCTGG-CCCAGGCGGGCCTGCGGCTCACGGCT---CTGCCCTCCGCAGAAAAAGGGCGGCAAGCTAAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAGGAGAGGGACGAGGACCTGGACTCCCCAGAGCGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCCCGGGGACGGTCCTGGGGTCCGCGCCGTCC---------------CTCGCCCTTCTCCAGAGTGGATCCACCG-----CCAGCTGCCGCTCT---GCCCTCCGTGCAC---------ACCCGACGGCC-CCTC--GGCC--CCTCTGTGCCCGCGCCTCT-TCTCTCCGGACCCAGACTTCACCCTGAGTCTCCCCCCTGCTCA-GAACCTTCCAGAAGCCCCCACATCTCTCAGCGCAGCCCTGGCCCCATGTCCG-CCTGAG---CT----G-----GGCGCCCTCCTCCCGCACACC--CACCCGAGGGCCCAGGGCTTTTGCG-GCCACGGGGCAGCC------CAGCCCGCATCCTGCCTGGTGCTCGCATTTCCTCGGCCTCCGGCGCG-GCCTG----GG-GTCGTCTC-T-GGGGGCTTGGCG------------CCTGCCCCCAGCACCACCCGG-GGTGTCCA-CGCCACACCGGGCACCGGCAGCATGTGGCGCGGTGGACACGTACTGGATGCGACGCC-----------------------GGTGCCCTGGAGCCCATTTTGCAGGGCTGGCGCCAGGCCGGCCCCCCAGGACCCTGACCCCTGTGGTCCCCACAGGACGACCAGGCA-GAAGAAGACCATGAAGCT---GTCCCGGGCTCTCTCGGACCTGGTCAA------GT--ACACTAAGTCCGTGGGCACCCACGACGTGGACTCGGAGGGTGAGG--------GGCGCACAGGTGGGGCTGGGCGG----GGCCTCCCT--GTCCCAACTC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
10 Carlito_syrichta-NW_007256000.1-152498_152780         85.5%  41.4%    CCACTGGTCACCGCCCACCGTGGCCCACGCTGACCAATACCCCAAGCTCAGGTGCCCTGAGGCTGCCCTAAGAGTCCACTGGGC-CCAG-ACCCAGAGGGCACCTC-AGAGGCCTTGGCAGGCCCGGC-------------------------------------------------------------------------------------------------------CAGTAGAAC--CCCAGAGGACAGGCCGCCTGGGCCCTCCCAGCC-----------TTTGCCGGTGC-C--CTGGCCAGGTTCATAGCTCTGTTCTCTCACACAGAAAAAGAGCAGCAAGCTGAAGAAGGTGACCAGCGCGGAGGAGGGGGATGAGGACCTGGATTCCCCGGGAGGCCCTAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGTCGCCGGGTGGGGGCAGGCTCTTAAGATC-CC----GGGCCCTGGCGCCAGATG------TGGTG-CCCACCTCCC-----------TCCCTGGACACGCAGGACT----GAGGAG-CGGGTGTGGGCCCATCCCC--------ATCCTGGATCCTGGGGAG-ACCAAGTGAAG-CGAGGCCGCTGTCCT--CAGGCAGCAGCGGAAAGGGGGTGTGTGCCGAGCTGCGCAGC----GGTCTGGTCAGCCGGGGACG---GGGTGG---AC----CGAGAGCCCCAG------CTTCTCAAG---GCCCAGACACCATTGAGCC-TCAGGCCTCAGGCTTCAC---C-GCTGCCTTCTGAGTCCCCAGCCTCATGCCCTCCCAAGGGGCTGTGTCCGTCTCTAGGTGTCAGATGCCCCCCACGAGGCAGCTCC------------TACATTTCTGGCCCAGGCATCCCGGACGTGGGG----------------------------------------------TCCCTGGCCCCCATGTCTAACTGTTTCCCTCAGTGCTGCCTGGAGTCGTCCAGGG-CCTCAGACCCACAGGTCCAGCCAGGAGCTCCGGCC-----------CCT------------------------------------------------------------CCC------CAACCCCTCCCCAACCCCTCCCCACTGTGGAGAGGTCACCCACCTCCATGC------AGGCTGCCAG----GGACGCCAGGCAGGAC---T----------GGG--GTTCCTGAGATCT---GG----GCCAAGTGGGAAAACCGGCCACAGGGCTGCCCACG-CACCACAGGGGGGCTGCTGGGGGCAGGCTACACTGGCTCCGGGGACCTCCCTCCTG------------------------------------------------------GTCACACGCCGA     
11 Rattus_rattus-NC_046154.1-186748_186855               77.0%  28.3%    ----------------------------------TCAGGTTCCCAAGGCAGGAGC-------------TCTGGC-----------------TACTGCCTTCCCTCGACCCACACTGGCCAGTGTCTGAG------------ATTCAGACACAGGGAGTCC---CGAGAGT-CGCCCAGGGCCAGGGCACCG-CCGATACCTCTGTGGGCCAATTGGGTAGG-AACTCAGGAACCTGGGCAGATAGCCCCTACCCTGCACCTCCT-------GGCCTTTTACATGTCC---------TAGTTTGATCTCAGGTCACAATTCCACTTCCCCACACAGAAAAAAGGCAGCAAGATAAAGAAGGTGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGATGAGAGCCTGGACTCCCCGGGAAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACCCCTGCCCAGTCCCAGGGAGCTGTCTCTGAGTGCTGAGCAGACATGGGTGACTGG---TATGGGAATCCAGGTCCCACTCC-TACCCTGAACACTTAAGC--TGGTAATGGGA-AAGTGGAGCTGTCCA--GGCA--GCAGCAGA-AAGCACAG----------------------GGTGAGCCCAGCAGTGCTCAGGTTCTGAGCAGCT----AC----AGGCAGCAGGGCTCCTGAGGG---TCCCTCAGTTTCCTGGATG---------TAGGCACTAGCTGA---CTAACCAGACCTCAGCTCCCACCTCCTCTTCCAAAGCCCTCCCTCTGCCCCCCGTTTTACATTTCCTCCAGGGGTAGCGTCTG----------TCTGTCTATCTCTGCCTCCTATACC--------------------CTACGAGAGTGGCTGCTATTCTGGGATGGC------ACCAGTCTGACTGTGTCTGCTTGCTTTCCACAGCA-CCTCTGTGGGTTCACTGGGGTCTCATACCTGCTAGTGCAGCTTGGAGCTCATCTTCCCC--------AC---AG----------GAGGTTCCCACTGACCC------------CGTTCCCGACTCCTGTCCT-----------CCCCCTCCCGTCTTCCTCCCCATGCCTTGCTCACGTCTGTC--------------------------------------------------------------------CACCT---GTG---TC-------------ACACGCAGTCTCTCCCCACC----TACGTGTCTGCAGCCT--------------TGCCACACTGCTAAGGC------------------------------------------------------------------------     
12 Nannospalax_galili-NW_008355419.1-184623_184785       75.7%  27.2%    ---------------------------------------AGCCCAGGGCCAGGGG-------------GCTCTA-----------------GCCACTACCCCCTTGACTCACACTGGCCAAAGTCCAAG------------ATTCAAATACCCCATGGCTGCCTGAGAGA-ACTCCAGGATCA---------GGGCAGAGATTCCTGTGGACTTGGGTGGG-AACCCAGGAACCTGGGCAGAAAGACCCCTACCCTGTACTTTC-------CTGCCTTTGCATGTCCTGGCCTGACCCATGGCTCCCCAAGTCACAATTCTGCCTCCCTGCACAGAAAAAAGGCAGCAAAATAAAGAAGGTGGCCAGCGTGGAAGAGGGGGATGAGGACCTGGACTCCCCAGGAAACCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCCAGTGTATGTGGGGAGGGGTGTCCCTACCCAGTCCCAGGGGGCTCTCC-------------------------------------CTGAGTGCTGGGCAGGACTAAGGGTGGGCAGGTGCCAGGTCCCATGCCCTATTTC-CATTCTGAACACGAGT----------TGAAG-TGGAGCTGTTTTCCA--GGCA--ACAGCAGA-AGGGCATGTGCAACCCAGGGTCATGGCTCTGGATGGCCTAGCAGGGTTCAGGCACTAGG---------GC----AAAGGGCTGGTCCCGAGGCAT---CCTCAGGGTCTCCTGGGCT---------CAGACACTGCCTGG---TTCATCCAGCCTTGGTGTCTGTACCCTCTTCTCAAGGCCTCT----------AACCTTATGTCCTCGACAGGGGGGTAGTGTC----------TGTCTGTCTCTGGGCCTCCTATGCCCCTATGAAAGTGACATCTA-TGTTTCCAGAACAGGCCATGTTGGGATAGT------GCCAGCCTGCTTGTGCGTAATTGTCTATCACAGCA-CCTCTGGGGGCTCCTTGGGGTCTCATACCTGCACGTCCATCTTCCCCATGGTGTCCCAT--------GG---CC----------CCATTT----------------------------TTCCCTCCTGTCTG-----------TCTCCTCCCCTTCTCCTTACCAGGTCTTGTCCCTGTCTGTC--------------------------------------------------------------------TGCAT---CCC---TGT--CAACAT---CCCTCCCAGCCTCTCCCCTCT----GCTCTGTCGGCAGCCC--------------TGGCTCTGCTCTCGCACTTGACTAAGACGCTGA-----------------------TTGTCAC---------T----------------     
13 Ailuropoda_melanoleuca-NC_048228.1-199610_199783      80.5%  26.4%    ------------------------------GCCTGGGGCTACGCAGGGCAGGTGC--------------CT--C-----------------GATGGCCCTCCCCT-----GGCCTGCAC-----C-AGCCAGCGCCGTC-----C-CTCGGGGCCCAGGCCGACAGGCAC-ACTGCAGAGGACAGGCCGGCCCAGCC---------GGGC----AGCTTGGGTGCCAGGACCCCAGGGC-AGCAGGCCTGCCTCCTGC-GCCCTCCCGGCCTGCACAGGGGCCGCGGCTGAGCCAGGGGCCCCGCAGAGCCTGACTCCGCTCTCCTTCCACACAGAAAAAGAGCAGCAAGCTAAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGAGGAGGGCCTGGACTCCCAAGGCAGCCAGAGCCAAGGGTCAGTGCCCTGCCCCAGCCTGGACCCTTCACAGACAGTGGCGGCGGC--AAG-TGCCGAGGCCCTTGTCCCTGCAACG-CCAGCGTT---GGACGCGCAG--------GCCCTGCGGTGGCCCCGTGACCGCACAGTGGGG----T--GGGG--GAGGGGGAGCCCAGGGAGG-GGACC-------TCAGCGTCTCGGTGACACACTGGCCAGCACG-GACCCC------------------TGTGCCTGCTTCTAGC--ACCC-------------------------------ATTGCAGTTGGAGAGACA-------------TTCTTGGGGGGGGG-GCTCAGCGCCAGCG------C--------CTGCCCCTCCCCCATGTCCCTTCTCAGGGTCCGCTGCA-CAT-------------------------------C------------CCGGCACCCGCAA---------------CGGGGCGCGGTGGA-CGTTAGGTGGAC-ATTTG------------------GCATGAATCAGTGAGCCTGGCTCGCACACTGTGGTGCCCAGGCTGGCCTGAGTCAGGAGGGGCGCCCGCCACCGGGCCCTTACCGATGTCGCCCGCCCTCCTCGCAGGGCGAGCCGGCA-GAAGAAGACCGTGAAGCT---GTCTCGCGCCCTCTCGGACCTGGTGAA------GT--ACACCAAGTCTGTGGGCACGCACGATGTGGAGGCCGAGGGTGAGG--------CCCG-AGGGCCCTGGGGCTGTGT----GGGAGGGC--TGGGCCGCGGCCCGGGGGCGCCTCT----------GAGGCCGGCCCCTGCCCCGTAGTGGCGTC---------CAGCTGGCAGGTGTCATCCT----------TCAGCGAGACCAGGGCCC-----------------------------------------------------------------------     
14 Meles_meles-NC_060066.1-198437_198541                 77.8%  25.5%    ----------------------------------AGGGGCTGCTGGGGCAGGTGC--------------CT--C-----------------GATGGCTCTCCCCC-----CGGTGCACACCAGCC-AACGCCCCTGGCT-----C-GCTCGGGCCCAGGCCGCCCAGTGC-ACGGCAGAGGACCGGCAGGCCCAGCC---------GGGA----AGCCCTGGTACCAGCCCCCCCCCGACGGCAGGCCTGCCTCCCGC-AGCTT-CTGGCCTGCG-CAGGGCCATGGCTGATCCGCGGGCTGCGCCGGGCCTGACCCC--ACTCTCCCTCCACAGAAGAAGTCCAGCAAGCTGAAGAAGGTGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGACGAGGACCTGGACTCCCAGGGCAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCCCAGCCTGA-CCCTGGACAGACGGGGCAGGAAGT------ACCCAGGCCCGTGTCCCTGAAATGG-CGGATACC---AGACGGGCCG--------GCCCTGCCGTGGCTCCGCGAAGTCACAGTGGGC----T--GGGC--CAGGGGGAGCCCAGTGTGT-GGACC-------TCAGGGTCACGGGGCCGGACGGGCCAGCACG-GACCCC------------------TGCGCCTGCTCCCAGA--GCCC-------------------------------GTTGTGGCTG------------------------------GGTGG-ACTTGGCGCCCACC------C--------CTGCCCCTCCCCCACATCCTTCCTCAGGGTCCCCCGCA-CAT-------------------------------C------------CTGGCCCCTGCCC---------------CGGGGCGTAGTAGG-CGTTGGGTGCAC-ATTCT------------------GTGTGGACCGGGGGGCCTGGCTCACGAGCCGCGCTGCCCAGGCTGCCCTGAGTCCGCAGCGGCGCCCGCGCCGGGGTCCTGACCGCTGTCGCCCACCCTCCCCGCAGGGCGGCTCGGCA-GAAGAAGACGGTGAAGCT---GTCCCGGGCCCTGTCGGACCTGGTGAA------GT--ACACCAAGTCCGTAGGCATGCACGACGTGGAGGCAGAGGGTGAGG--------CCCGGGGCCGGG--GAGTGGGAG----C---GGGT--GCGCCGCGGCCTGGGCGGGCCTCTG----------AGGCCATCCGCCCGCCCCGCAGTGGCGTC---------CAGCTGGCAGGTGTCGTCCT----------TCAGCGAGACCAGGGCCCAGCAGATCCTGCAGCAGAAGCCGGCCC--------------------------------------------     
15 Dipodomys_spectabilis-NW_024870976.1-182584_182687    86.2%  35.8%    ------------------------CGCACATGGGGTCCTCCACCACCCCAGGT--------------------------------------GCAAGCTGTCGCTGGACCAGGGCTGGTCAGGAGCCACT-GTCTGGGTGACCCTCTGGTCACGTCT------CTCCATAG-CCTACAGCTGTGGAGCCAG--TGCCAGGGCCAGGTGGAG-----------------------CAGGACA--CGCAGATCAGCACGGGGTGGGAGGTGGGGTGAACTTCTCCT-GCGCCCCCCTGCCCTGGGCCCTGGCCTGGCCTGACCTCGGGCTCCTCACAGAAAAAGGGCAGCAAGATAAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAAGAGGGAGACGAAGACCTGGACGCCCCGGGAGGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCTGTGGCAGACTTCTGTCCAGTCCCAGGGTCCGCC----AGCCATGGACCCCTCACCCATCTCTCAGGGG-CTCCT-----------GGGAGGCTGG---------------ACAG-GGTGCTTCTCCCCACCACC---------CCGTAGACCTCCGAGGA-GGCAGAG--GG-GGCTGAGGCTCTGGG--GCTGGGGCTGGGGCACAGATCTG--TGTGCGGCTAGGACTC----TGCAGCT------G---------GGGCAC---CA----GGACTGGGCCGCCTGATCCCAAGGGAC---CCCCCGGCCCTGCTCTGCCTCCC-----AGGACGTAGC-TCC-CACCCCTCCCCGAGCGCCCGCCCCACGC-CTTGCCCAGGGCCACATCTGTTCCTGGCCCTCCCAGCCCCT----------GCTCG------------CATCTC------------------------------------------------------------------------------------------TGCCAGCTTCCCAGAGCATCTCC--GGGTCTCACCAGCATTTCACACCTCCAATTCCAACTTGGAGGCCCCCAAATCATCCTCCCACCCCCACCGCTCCCCTCCCATCTCTCTCTCAGGGCTGCACATAGTCCCTGCT----------ACC-CTCACCCCCAGGTCCTCTCCCTGTGGTACCTGACTACACCCCTCAGCACTCCCA----------CATGGCTGGCAGCCCCCCCCCCCA-CCTGCTGATGAGTTCCAGGACCTTTACACTTACTG---GTAGCTCCCAGCCAGGCCATGCCCAGCAGTGCCTTTCCACG-GTCCCCATGTGGCCTGGTTGT---CTG---------------------CCCTGGGCA-----------------------------------------------------------------     
16 Otolemur_garnettii-NW_003852462.1-185031_185293       79.7%  25.2%    ----------------------------------ATGGCCCTAGGAT--------------------------------------------CACTGCCCTTCACTAGTCCACTCTGGCCAATGCC-GCAAGCTCAAATTCCCCAT-GGTTCCCTTGAGAGTTCACTGGGC-CCTG--GGTAATGTGGAGGATGGACTGAGAGGCCATGTG----GGCCCCTGGG------AACCCAGGAGGACAGGGCCCCTCCCCATACCCTTCCAGCC------TTTGCTGATGGCCTGGCCTGGGTGGGGCCCAGGGCTCACAACTCTGCCTTCCTGTGCAGAAAAAGGGAGGCAAGCTGAGGCCCACAGCCAGCCTGGAGGAGGGAGCCTCGGACACAGACTCCCCAGAGCGCCAGAGCCGAGGGTCAGTTCCCCACCCTGGGGAGAGGGAAGGCCAGGACAGTCCTGGGGGCTGCACTGTCCCATGCCTTTCTCTAGGGTGGTCCTATGGG---GGCTGACTCCTCTCCCCACCCCTCCTTGCACCTGCCAGCCACACACTGTGCCTACAGTGTAC--CCCTCTGTGCCCTGAGCTT-CTTTCCACAGATAAGACTCTGCCCCTAGTCTCTCCCATGCTCA-GAACCTTGTAGAAGACCCCAAATCTCTCAGAGCTCCCCTGGCCCCACATTGG-CCCAAG---CT----A-----CTGCCTCGCCCTTCCATAGCC--CACGAGAGGGCCTGTGGCCTTTGTC-GC----------------------CTGCCTCCTGCCTGGTGCTCACATTTCTGAAGCCTCCAGCACA-GCCTG----AGGGTTGTCTC-T-GGGGGCCCAGTG------------CCTGTCCCCCCCAGCACCACCGGGCATCCACCATGTGCTCCGGGCACACAAGTGTGTGGTGCAATGGATGTGTGATGGATCTTGCTGCCCTAGATGGTGTTGAGGGACTGCCTGTGCCCTGGAGACCCTCTCT---CTCAGGGCTGGGTGCAGCTTCAGGGTACTGATGCCCAGTGAATCCCACAGGACAACTCGGCA-GAAGAAGACCATGCAGCT---GTCCCGGGCTCTCTCGGACCTGGTCAA------AT--ACACCAAGTCTGTGGGCACCCATGACGTGGACATGGAAGGTGAGG--------GC-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
17 Microcebus_murinus-NC_033661.1-185733_185856          79.7%  25.7%    ----------------------------------CCCGTCCCCAGGC--------------------------------------------CCTGGCCAGTCCCTAGTCTGGAGTGGGCACCCCCACGGCCCTCCGGTCACCCCC-TCTCCAGCCCATACTGGCCCGGTC-CCCACAGCTGCCCAGAGGGCCATGGCCACAGCCTCAGTG----CACCCAGCGGAGGGGTGGACAAGGAGGCCACGCAGCCACTGGGG-ACCCT-----C------CCAGCCTCCGCCCTGC-CCTGCTCGGGCCCACGGCTCAGGGCT---CTGCCCTCCGCAGAAAAAGGGCGTCAAGCTGAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGACGAGGACCTGGACTCCCCGGAGCGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCCAGGACTGTCCCCGGGGTCCTCGCCGCCCCA--------------------CGCCCTTCTC-TAGAGTGTCCCACCCG---CCAGCCGTCCGCTCT---GCCCTCCACAGAC---------ACCCAATGGCC-CCGAAGCCCC--CTCTGTGCCCCGCGCCTCT-TCTCCCCCGACCCAGACTTCACCCCGAGTCTCCCCCCTGCTCA-GAACCTTCCAGAAGCCCCATC---TCTCAGTGCAGCCCTGGCCCCTTGTTGC-----------C----A-----GGCAGCGTCCTCCCGCACACC--CACGCGAGCACCCGGGGACATTTGC-GCCACGCGCAGCCC------CAGCCCGCATCCCGCCTGGCGCTCGCATTTCCTCGGCCCCCAGCGTG-ACCCG----GG-T-----------------------------------------------------------GTCCA-CGCCACG-CCGGGCACCGCAGCATGTGGGGCGGTGGACACATGCCGGACGCTGCTGC-----------------------CTGTGCCCTGGAGGCTGTCTCGCGGGTCTGGCGCCAGGCGGGCCCCCCCCGACCCTGACCCCATGGCCCCCACAGGACGACCCGGCA-GAAGAAGACCATGAAGCT---GTCCCGGGCTCTCTCGGACCTGGTCAA------GT--ACACCAAGTCCGTGGGCTCCCACGACGTGGACTCGGAGGGTGAGG--------GGCGCACGGGCGGGGGCCGGGCG----GGGGCCGGT--GTGGTGCCCGGAGGACCCGAGGCGGCGGTATCTAACGCCAGCGGCCGGCGCCACAGTGGCATC---------CAG--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
18 Mirounga_angustirostris-NW_025578519.1-198179_198284  78.3%  24.5%    -------------------------------------GCTGCACGGGGTAGAGGC--------------CT--T-----------------GATGGCCCTCCCCT-----GGCCCACACCAGCCC-ATGCCCCTGGGTC-----A-CTCGGGGCCCAGGCCGACCAGCAT-ACTGCAGAGGACCGGCGGGCCCAGCC---------TGGC----AGCTGGGGAACCAGGACCCCCGGAT-GGCAGGCCTGCCTCCTTC-ACCCTGCCGGCCGGTGCAGGTGACTCGGCTGAGCCAGGGGCTCCACGGGGCCTGACTCTGCTCTCCTTCTGCACAGAAGAAGAGCAGCAAGCTAAAGAAAGCGGCCAGCATGGAGGAGGGGGATGAGGACCCGGACTCCCAAGGCAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCCCAGCCTGGCCCCTGACCAGAGTGGTGGCAGGAA----G------TGCTCGTGTCCCTGCGACAG-CTGGTGTT---GGATGCGCAG--------GCTCCGCGGTGGCCCCGTGACCGCACAGTGGGG----T--GGGG--GAGGGGGAGCCCAGGGTGT-GGACC-------TCCGGGTCTCGGGGCCAGACTGGCCAGCACG-GGCCCC------------------CGTTCCTGCTCCTAGC--GCCT-------------------------------GCCGCGGTTGGAAATGCG-------------TTCCTGGGTGG----GCTCGGCGCCGGTG------C--------CTGCCCCTCCCCCTTGTCCTTCCTCAGT------------GT-------------------------------C------------CTGGCACCTACAC---------------CAGGGCGTAGTGGG-CGTTAGGGAGAC-GTTCT------------------GCATGAATCAGTGAGCCTGGCTCGCAAACTGTGGTGCCCAGGCTGGCCTGAGTCGGGAGGGGCGCCCACCCTGGGGTCCTGACCGCTGTTGCCCACGGTCCCCGCAGGGCGAGCCGGCA-GAAGAAGACCATGAAGCT---GTCCCGCGCCCTCTCGGACCTGGTGAA------GT--ACACCAAGTCTGTGGGCATGCACGATGTGGAGGCGGAGGGTGAGG--------GGACGAGGGCCCTGGGGGCGTGG----GGGAGGGC--TGGGCCGCGGCCTGGGCGTGCCTCT----------GAGCCCCCGCCCCCCCCGCCAGTGGCGTC---------CAGCTGGCAGGTGTCGTCCT----------TCAGCGAGACCAGGGCCCAGCAGATCCTGCAGCAGAAGCC-------------------------------------------------     
19 Pteropus_alecto-NW_006429611.1-205507_205650          75.3%  22.8%    ----------------------------------GGGGCTGGATGGAGCAGGTGC--------------CT--C-----------------AATGACCCTCCCCTGACCCACACTGGCCAATGCC-CTGAGCTCAGGTC-----A-CCCGGGGCCCCGGCCAAGCAGGGC-ACTGCAGAGTCTGGGGCAGACCCGGC---------TGGG----CAGTGTGGACGCCAGGACCCCAGAATGGCAGCCGACCTGTACCC-CGCGACCTCTGCTGTG------GCCTGGCCGGGC--CTGGCTCCACAGGC-CCTTACACCGCTCCGTCCCGCACAGAAAAAGGGCAGCAAGCTGAAGAAGGTGGCCAGCGTGGAGGAGGTGGACGGGGACCTGGACTCGCAGGGCAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCTCGGGCAGGCAGCGGTGTGGGGCATGCTGGGTCTCGTCC----------------------TGGCGGCAG-CAGAAGCA---CAATGG--------------CCCGGGGCGGCTCAGGGGAACTGCAGCGG---------------------GGGCCCAGGGCAG-GTCCC-------CGAGCTTGTCCCGG----AGCCAGCA------------------------------------------------------------------------------------------CGTCACAGGCA-------------TTCTCGGGTGG----GCCCCGTGCCTGCT------CTGCCCCCAGTGTCGCCTCTCGGTGCATCCCCTGCCCGTCCCCTGCC-CAT-------------------------------C------------CAGGCACCTGGAACG-------------TGGGGCTGAGGGGA-CGCCTAACGTGC-ATTCTACGTGAATCCGTGAACCTGGCC-GGACCGGGAGCCTGCCTCTCAGACCAGGGCACCTGGGCAGGCCTGAGTGGGGCGGGGTGCTGACCCCGGG--TCCTGACCCCTGGCCCCGTCCTCCCCGCAGGGCGACCCGGCA-GAAGAAGACCATGCAGCT---GTCACGGGCACTGTCGGACCTGGTGAA------GT--ACACCAAGTCCGTGGGCGCCCACGACGTGGACACCGAGGGTGAGG--------GGGGCCGAGACTCGGGGGGCGCC----GGGGAGGGC-CCGGCTGCCACCCAGGGCCCCCTGA----------CGCCGGCCGTCGGTGCCCACAGTGGCGTC---------CAGCTGGCAGGTGTCGTCCT----------TCAGCGAGACCAAGGCCCAGCAGACGCTGCAGCAGAAGCCAGCACAGTACCTGCGCTTCAACCAGC--GGC------AGCTCTC-----     
20 Lontra_canadensis-NW_022631019.1-199552_199656        78.0%  25.4%    ------------------------------TGCCAGGGGCTGCTGGGGCAGGTGC--------------CT--C-----------------GACGGCCCTCCCCC-----TGGAGCACACGAGCC-AAAGCCCCTGGCT-----C-ACTCAGGCCCCGGCCGCCCAGCAT-ACTGCAGAGGACAGGCAGGCCCAGCC---------GGGC----AGCCCTGGTACCAGCGCCCG----ACGACGGGCCTGCCTCCTGC-CCCCT-CCGGCCTGTG-CAGGGCCGTGGCTGATCCGGGGGCTCCACCGGGCCTGACTGC--ACTCTCCCTCCATAGAAGAAGACCCGCAAGCTGAAGAAGGTGGCCAGCGTGGAGGAGGGAGACGAGGACCTGGACTCCCAGGGCAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCCCAGCCTGGACCCTGGACAGGTGGGGCAGGAAGT------GCCGAGGTCCGTGTCCCTGAAACAG-TGGACGTT---GGACGCGCCA--------GCCCTGCCGTGGCCTCGTGAAGTCACCGTGGGT----T--GGGC--GAGGGGGAGCCCAGCGTGT-GGACC-------TCAGGGTCGTGGGGCCGGATGGGCCAACACG-GACACC------------------TGCGCCTGCTCCCAGA--GCCC-------------------------------GCTGTGCTTG------------------------------GGTGG-GCTTGGCGCCTGCA------C--------CTGTCCCTCCCCCCTGTCCTTCCTCGGGGTCCCCTGCC-CAT-------------------------------C------------CCGGCACCCGCCC---------------CGGGGCGTAGTAGG-CGTTGGGTGCAC-GTTCT------------------ATGTGGACCAGGGAGCCTGGCTCACGAACCGTGCTGCCCAGGCTGCCCTGAGTCTGCAGGGGCACCCACGCTGGGGTCCTGACCGCTATCGCCCCTCCTCCCCGCAGGGCGACCCGGCA-GAAAAAGACCATGAAGCT---GTCCCGGGCCCTCTCGGACCTGGTGAA------GT--ACACCAAGTCTGTAGGCATGCGCGACGTGGAGGCAGAGGGTGAGG--------GCCCCCGGCCCCGGGAGTGGGAG----C---GGGT--GTGCT-GCAGCCTGGCGGGCCTCTG----------AGGCCTTCCCCCCACCCCGCAGTGGCGTC---------CAGCTGGCAGGTGTCGTCCT----------TCAGCGAGACCAGGGCCCAGCAGATCCTGCAGCAGAAGCCGGC----------------------------------------------     
21 Equus_przewalskii-NW_007674960.1-201684_201801        79.8%  24.6%    ----------------------------------------TGCACGTGCTCGGGT--------------CC--A-----------------GGGCCTTGGTCAACGGCCCACACTGGCCAATGCC-CTGAGCTCAGGTC-----C-CCTG-GGGCCAGGCCGAGCAGGGC-CCTACAAAGGATGGGGCATCCCTGGC---------CGGG----CAGTGTGGACGCCAGGAACCCAGAATGGCAGGCCCACCTTCTGC-ACCCTCCCGGCCTCTGCAGACGGCCTGGCCAGGCTTGGGACTCCATGGGTCCTGACTCTGCCCTCCTTCTGCACAGAAAAAGAGCAGCAAGCTGAAGATGGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGATGAGGACCTGGACTCCTCAGGCAGCCAGGGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCTGCATCCATGGCCCTGGAAGAGACAATGGCAGCGGGCAGGGCTGAGGCTGTTGTCTTGACAACAG-CAGGAATC---AGATGC--AG--------GCCTGGTGGTGGCTCAGGGACAGTGCAGTGGGG----T--GTGG--ACCCTGGAGT-----------------------------GGAGGGGCCGGACTGGCCAGCCCG-GA-TCC------------------TGTGCTGGTTTCCGTGGTGCCC-------------------------------GTCACGGTCTGAGAGGCT-------------TTCTTTGGTGG----GCTCAGTGCCGGCC------C--------CCTCCCC--CAGGGTCGCCTCTCAGTGTGTCCGCTGCG-AGT-------------------------------C------------CCGGACCCTCCTGGAACACGGGGGTGTAGCAGGTGTAGCGGA-CTCCTGATGGAC-GTTCTGCGTGAATCAGTGATCCTGGCTGAGGCCTGGAGCCCACCTCTCGGACTGGGGCTCCCGGGCTGGCCTGAGTGGAGAGGGGTGCCAACCCAGGGG---TCCTGACCCTGCCCCCCCTTCCCTGCAGGGCAACCCGGCA-GAAGAAGACCATGAAGCT---GTCACGGGCCCTCTCGGACCTGGTGAA------GT--ACACCAAGTCCGTGGGCATCCACGACGTGGAGACGGAGGGTGAGG--------GGTGGCCGGGGCTGGGAGGCGCC----CAGGAGGGCCGGGCTCTGACCCCGGTGCCCCTGAC----------GCAGGCCGGTCTGCGCCCGTAGTGGCGTC---------CAGCTGGCAGGTGTCGTCCT----------TCAGTGAGA--------------------------------------------------------------------------------     
22 Dasypus_novemcinctus-NW_004486132.1-485085_485186     85.9%  22.3%    --------------------------------------------------------------------------ACCGCCAGCCCCCGGGGCCCCTGGCCCACCTGGACCTGC-TCCCGAAGCCCCTGCAAGGCCCCTGG----C-TGCCAGGGGACGCCGGCTCAGGGGCCCTCTCTGGCCAGTGCCTCC------------CCTGGTA----CCCTCTCGGGCACCCCACCGCTGCCCCGAGCGCCCCCCAGCCGG-CCCCA-GCCAGGGGAGCTGGGCCCAGCGCTGCGCCCTCCGGCCCGCCCGCCCTGATGGCGCCTCTCTCCCGCACAGAAGAAGGCCTGCAGGCTGAAGAAGGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGATGAGCGCCCGGAGCCCCAGGGCAGCCAGAGCCGAGGGTCGGTGCCCGGTGGGGGGCCCAGCACCCCTCCCTGGGGGCAGCGCCCCGGGAGGCTGAACCCAGCGCAGGGCTGGCGG---GACCCT-----------GCC-TG----GCCAAGTCCTGGGGCCGCG----ACTCGTGAGCAGCTGGGGGTG--CAGCCATTGCCCGGGCAGC-AGCAGGAGCAG-GGCGGGGGCTGGGG----AGGGGGCTGTCCCTGTGTTTTG--GAAAGAGTTATTCTCC-CTTTACTTTTCCAAGATGG----------------CT----TG----GAAAGTTTTCTCCCCCTTAACCTCTCCCCAACCCTCTCACCCTTTAAA----AAGTGTTAGCTTTG---GGGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN---NNNNNNNNNNNN----------NNNNN------------NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-N-NNNNNNNNNN-----NNN-NNNNNNNNNNNN-NNNNN-------NNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNN--NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNN-NNNN---------NNN--NNNNNNNNNNNNN----N-----NN--NNNNNN----N-----NNN--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
23 Ceratotherium_simum-NW_004454172.1-199624_199743      78.7%  24.4%    ---------------------------------------GGTCTGGAGCCCTGGT--------------C---------------------AACAGCCCTCCCCTGGCCCACACTGGCCAATGCC-TCGAGCTCAGGTC-----A-CCTGGGGCCCAGGCTGAGCAGGGT-CCTGCAGAGGATGGGGCAGGCCCAGC---------CAGG----CAGTGTGGGTGCCAGGACCCCAGGATGGCTGGCCCACCTTCTGC-ACCCTCCTGGCTTCTGCAGACAGCCCGACCAGGCCTGGGGCTCCATGGGTCCTGACTCTGCCCTCCTTCTGCACAGAAAAAGAGCAGCAAGTTGAAGGCAGCGGCCAGCGTGGAGGAGGGGGATGAGGACCTGGACTCCCCAGGCAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCTGCCCCCACCCCTGACCCTGGGAGAGACAATGGCAGCGGGCAGTGCTGAGGCCGTTGTCCTGGCAACAG-CGGCAGTC---AGATGCGCAG--------GCTGGGTGGTGGCTCAGGGACAGCGCAGTGGGA----T--GTGG--ATGCTGGGGC-----------------------------AGAGGGGCCGGACTGGCCAGCAAG-GATCCC------------------TGTGCTGGTTTCCGTGGTGCTC-------------------------------GGCACGGTCTGAGAGGCT-------------TCCTTTGGTGG----GCTTGGTGCCGGCC------C--------CCCGACC--GTG--TTACCTCTCAGTGTGTCCACTGCG-TGT-------------------------------C------------CTGGCACCTGGAACAG------GGCGTGGTGGGTGTGGTGGA-CTCTCG----AT-GGACGTCATGAGTCAGTGATCCTGGCCAAGCCCAGGAGCCTGCCTCTTGGACTGGGGCACCCAGGCTGGCCTGCGTGGGGAGGGTC-CTGACCAGGGGT---CCTGCCCCCTGCCCCCGCTTCCCTGCAGGGCAGCCCGGCA-GAAGAAGACCGTGAAGCT---GTCGCGGGCCCTCTCAGACCTGGTGAA------GT--ACACCAAGTCCGTGGGCAGCCACGATGTGGAGACGGAGGGTGAGG--------GGCGGCCGGGGCTGGGGGTGTTG----GGG---AGGCAGGGCCCTGACCCCGTGCCCCTGAT----------GCTGGCTGGTCTGCGTCCGCAGTGGCGTC---------GAGCTGGCAGGTGTCGTCCT----------TCAGCGAGACCAAGGCCCAGCA-------------------------------------------------------------------     
24 Microtus_oregoni-NW_024543064.1-187267_187374         77.2%  28.8%    --------------------------------GTTAGTGTCCCAAGGTCAGGAGC-------------TCTGAC-----------------TACTGCCCTTCCTTGGCCCACGCTGGCCAATGTCTGGG------------ATTCAGATATCCCATGACTGTCTGAGAGT-CCCCCAGGGCCAGGGCACTG-CAGATACCTCTGTGGGTCCAACGGGGTAGGAGCTCAGAAACCTGGG---------------GGTGAATAGCC-------CCTGCCCTGCACGTCCTGGCTTGACCCATGGCTTCTCAAGTCCCGATTCTACCTCCTCGCACAGAAAAAAGGCAGCAAGATAAAGAAGGTGGCCAGCGTGGAAGAAGGGGATGAGATTCTGGACTCCCCGGGAAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTGCCCGGCCCAGTGTGTGTGTGTCCCTGAGTGCTGGGCAGACACAGACAGAGGGCTGGTGTGGGATTCCATGCTCCATTTTCA---------------------------------------------------------------------TTCTGAACACTTAAGT--A-ACAAGAAAG-TGAAGCTGCTGTCCA--GGCA--GCTACGGA-AAGGGTTGTGAAACAGGCTCAGCCTAGTTAGGGTGGTGG-----GGGGGGG-----------------GG----GTGGGGGGGCTGGTCCTAAGG---TTCCACCATCTCCTGGGCA---------CGGATACTACCTGA---CCCACCAGACTGCAGTTCCCACCTCTTCCTCTCAAGTCCTCCACCTG----------TACATTCCCTTCAGGGGCAATGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTCTGTGCCTCCTACACCCCGTAAG----------------------------------------AGT------GCCAGTCTGTTTGTTTCCACTTGCTTCCCACAGCA-CCTTAGAG--AGTTTTCGGGTCTCATACCTATTAGTCCAGCTCGGAGCTCATTTTCCCC--------AA---TT----------CCCCACAGTGG---------------------GCTCCCCTCCTCTTCA-----------GCCCCTCTCCTTCTCCTTCCAGGCCCTGTTCTTTCTGTGTC-----------------ACAACCAGCCTCTCCCCCACCGTTTTGTGTC------------TGCAGTCCCAGCT---CTGCCATGG--CACGCTGCTAAGACACCATCACTGGCCAATTTCCCTCCTGCCCAGAACCCT-------------TCAGAAGCTCATATTCCTTACAGCACTCCTTGG-----------------------CTGGGCA-----GGCATCCCCAGC---------     
25 Castor_canadensis-NW_017871110.1-184392_184728        86.1%  39.9%    ------------------CCTAGCCTCCA-CTGGCTGATGCCAGAGCTCAGGTACCACATGGCTGTCCCGAGAGTACACCAGGGTCAGGGTGGAGCAGGACACAGC-AGAGGCCTCTGCAGGTTCAGCTGGGCAGGGTGGGCCTGGTAGGCCGTGTGGACTGCCTGAG-------------------------------------------------------------------------------AACTCAGGTAGGTGGCCCCTGCCCTGCA-CCCTCCTGGCCTGTGCCATGGCCTGGCTTGACTCCATGAATCACGGCTATTCTGTACAGAAAAAGGGCAGCAAACTAAAGAAGGCGGCCAGTGG-----GAGGGGACGAGGACCTGGACTCCCCAGGAAGCCAGAGCCGAGGGTCAGTTCCCTGCCCTATTTGGGGGTCCCTGCTCAGTCTTGGGGGCCTGTCAATCATGGACTCACCCCCTTTCTCTAAGGGTGACTCT-----------GGGAGGCTGTCCCCTGAGT----GCTGGG-CAGGCCTGGGAGCAGGCATGGGTCCACTCCCTTTATTCTGAACAC-TGAAGGA-AGC-AGAGGGGACTGAAGC--TAGC----------------------GAACAGTGGGGCAAG----GGGTGCTGTAGACCTGTGTGGTGGCTTAG---AC----AAACAGGACTGGCACACTGGGGCAGGG---GTCCTGATACTGCTTGGCCTACTAGTCTTAGTTCCCACCTCCTCCTGTCCTCAAGGCCCCCAGCCTCATGAGCTTCCCAAGAGTCACATCTGTCCCTGGGCCTCCCATGTATC------------TAA------------TGGC----------------------------------------------------------------------------------------------------TTCTTCTGACACCCCTGGGATGTCACTGGGGTCTCACTTCCA--CATCCAGCTTGGAGCGCCTCTC-----------CCC---TCATTTTGGGTTCCCTCTGCCCCTCATCCCTCCTTCTCCTCCTCTTTTCCCTCCTAGACCTTGTGCCCTCTGTCCCTCTC-------CCCCTTGCTTCTCCCCCCTTGTGTCTCA----------GCACATGACTAGGAC----------CCTGCCGGTCATTGCCCTGC--CTGACTCCAATTT---CT----CCCCCACCCAG----------AGTCCT----CATG-TCCCTCAGAGCTACTCCTGGTTGTCAGGCCCCCTCGTACCCCTCTCACACCTGCTCACGAG-------------------------------------------------------------     
   clustal                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          . ****.**.  .  **.. *.*.*     ..****        .         .   . .*.  *  ..*.  . *. .***..****..** *.