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 1 Target                                                   100.0% 100.0%    -----------------------------------------C-----TGGGC---TCATGCCCCTGCT---CTGA-GATGGAGAGATTAGGGTGGGGCAGGTCA-CAGCCTGGCAT-------------TTGAGAGCC-CCCCAAGTTGGCTTTAGTTTTGATATTACAGGGTGCGCTCTATGGGGCAGCCAAGCAGGTAG-GGAAAGTTTGTGGT--TTCTCCTCCAGGGGCCCCTGAATGGCTTGGTCCTGACTGTGAACACCCTGCGCCTCC------------CACAG-----------CTTG-ACCATGCCTCCTGCCTTGGTGTTGAGCATCTTG--TGGACTAGGGTTCTGTGGCCCAGCCTT-------TGAGACCTGCCCCTGTGTTCCAGCCACATGGGTCTGGCTGACTCGCTCCC----------------CTAGGGTG----CCAGGCCCGCCACAATATCCACTCACCTGTTTGTCCAGCA-----GACACTCAGATGCCTCCTGGAATCCAGAGGGGCATGCTCAGCCCTTTATCTAGACCCCAAGAAATCCTGGCCATCCTTAGAGACCAATGCCAAGGCCAAGTGC-----------TGCCCCACTGACCAAGGAC-CTCATTTCC---AGA-GGTTC----AGGGCTCTGGCCATCTTGTATCA--GGCCTGGGCAGGGAC--------TGGGTACCGCATGC--CCTGGTGGCAGGAGTTGCA--GGTCCAGCCAGGCAGCGGAGGGGAAGGCCGGAGCCCCAGTGGGGACAGGGA-TCCATGGGAGGGGCTCAGACTGTGTGTGGCCACC--CTCCAGCCT--CGTA-------------------GGAGTGCAGGT-----GAGGACCCTGGACC-CTCCTCAGGGAGGAGAGCAG----GGACAGGGCAAGCCTTAGGGGA---CCAAGATGCCTCGGCCTGGGGGTGCTGCTTAGGGA--CCTCCACTCTACTTGCCTCAGCCTGGGGGTGCTGCTTAGGGACCTCC----ACTCTACTGGCCTCA---------GCCTGGG-GGTGC---------------TGCTT-AGGGACCTCCACTCTACTGGCCTC-----AGCCTGGGGGTGCTGCTTAGGGACCTC-CAC------------TCTACTGGCCT--CG----------------------GCCTGGGGGTGCTGCTTAGGGACCTCCACTCTAC--TGGCCA-----CCTGCGCTGCGTC------------------------------------AGCCTCT---CG----------GTGATGGTC---TG--     
 2 Pongo_abelii-NC_036903.1-210243_211051                    97.4%  83.5%    --------------------------------------------------GC---TCATGCCCCTGCT---CTGA-GATGGAGAGATTAGGGTGGGGCAGGTCA-CAGCCTGGCAT-------------TTGAGAGCC-CCCCAAGTTGGCTTTAGTTTTGATATTACAGGGTGCGCCCTATGGGGCAGCCAAGCAGGTAG-GGAAAGTTTGTGGT--TTCTCCTCCAGGGGCCTCTGAATGGCTAGGTCCTGGCTGTGGACACCCTGCGCCTCC------------CACAG-----------CTTG-ACCATGCCTCCTGCCTTGGTGTTGAGCATCTTG--TGGACTAGGGTTCTGTGGCCCAGCCTT-------TGAGACCTGCCCCTGTGTTCCAGCCACACGGGTCTGGCTGACTCGCTCCC----------------CTAGGGCG----CCAGGCCCGCCACAATATCCACTCACCTGTTTGTCCAGCA-----GATGCTCAGATGCCTCCTGGAGTCCAGAGGGGCATGCTCAGCCCTTTATCTAGACCCCAAGAAGTCCTGGCCATCCTTAGAGACCAATGCCAAGGCCAGGTGCTCTCTGGACGCTGCCCCACTGACCAGGGAC-CTCATGTCC---AGA-GGTTC----AGGGCTCCGGCCATCTTGTATCA--GGCCTGGGCAGGGAC--------GGGGTACTGCATGC--CCTGGTGGCAGGAGTTGCA--GGTCCAGCCAGGCAGTGGAGGGGAAGGCCAGAGCCCCAGTGGGGACAGGGA-TCCGTGGGAGGGGCTCAGACTGTGTGTGGCCACC--CTCCAGCCT--CGTA-------------------GGAGTGCAGGT-----GAGGACCCTGGACC-CTCCTCAGGGAGGAGAGCAG----GGACAGGGCAAGCCTTAGGGGA---CCAAGATGCCTTGGCCTGGGGGTGCTGCTCAGGGA--CCTCCACTCTACTGGCCACCTGCGCTGCGTCAGTCTCTCGGTGATGG----TCTGAGGGGGAGGAT---------GGG-----AGTGG---------------CGGGA-GGAGCC-TTGGGAATCCCAGGTAG-----GGTCTGGGTGGGTTTTACCCAGGATTT-CCC------------AGCAGTACCCC--ACCCCCAAGCTTACCA---C--AAACCCAGAGCTGGCCTTTGGGGCTGTCCCTGGGCC--TGAGCT-----CCCGGGATGCCCC------------------------------------CAC-----------------------------------     
 3 Saimiri_boliviensis-NW_024100927.1-190098_190873          97.3%  71.7%    -----------------------------------------------CTCAC---CTTTTATTCTGAG---CTTT-GACTGAGGGTTTAGGGTGGGGCAGGTCA-CAGCCCAGCAT-------------GTGAGAGCCCCCTCACATTGGCTTTAGTTTTGATATTACAGGGTGTGCCCTATGGGGCAGCCAGGCAGGTG--GGAAGGTTTGCGGT--TTCTCCTCCAGGGGCCTCTGAATGGCTTGGTCCTGACCGTGGACACTCTGCGGCCCC------------CCA-------------GCTT-GGCCATGCTCCTGGTTTGGTGTTGAGCATCTTG--TGAACAAGGGTCCTGAGGCCCAGCCTT-------TGAGGCCCGCCCCTGTGTTCCAGCCATACGCGTTTGGCTGACTCGCTGCC----------------ATAGGGTG----CCAGGACTGCCACAATGTCCACTCATGCGTTTGTCCAGCA-----GACACTCAGATACCTCCTGGATCCCAAAGGGGCATGCACACCCCTTTATCTAGACCCCAAGAAGTCCTGGCCATCCTTAGAGACCAATGCCAAGGCCAAGGGCTCCCCGGATGCTGTCCCACTGACCAGGGAC-CTAGTGTCC---AGA-GGTTC----AGGGCTCTGGCTACCTTGTCCTA--GGCCTGGGCAGGGAA--------TCGATACCGCGTGT--CCTGGTGGCAGGGGTTGCA--GGTCCAGCCAGGCAGTGGACAGGAAGGCCAGAGCCCGAGTGAGGAAAGAGC-TCCATGGGAGGGGCTCAGGCTGCATGTGGCCACC--CTCAGGCCT--TGCA-------------------GGAGTGCAGGT-----GAGGACCCTGGACC-CTCTTCAGGGAGGAGAGATG----GGACAGGGCAAGCCTCAGGGGC---CAAGATGCCCTGG-CCTGGA---GCTGCTCAGGGA--CCTCCACTGCACTGGCCATGTGGACTGTCAGCCTC--TTGGTGATGG----TCTGAGTGGGAGGAT---------GGG-----AG--T---------------GGCGG-AAGGGCCTTGGGAAGCCCAGGTGG-----GGCCTGGGTAGGTTTTACGCAGGATCT-TA-------------TGGCAGTATCT--CTCCCTGAGCTTACCA---C--AAACCCAGAGCTGGCCTTTAGGGCTGACCCTGGGCC--TGAGCT-----CCCAGGAGATACC------------------------------------CACCTGG---CT----------G---------------     
 4 Galeopterus_variegatus-NW_007727608.1-242415_242867       90.2%  49.0%    GGTGAGGGCTGGGCAGGAGCAGT--GGGGCTGCAGTGTGGCC-----CCACC---TTCCGCTCCTGTTCACAGTG-TGCTGGGAGCCTGGGGACAGGGTGGTCA-CAGCCCGGCAC-------------CCAA--GGCCCCCTGAATCAGCTTCAGATCCTGTGTTCCAGGGTGGTCCCCACAAGGGCTGCCAAGTGGATG-GGGGAGTTTGCAGT--TTCTCCTCCGAGGGCCTCTGAGCGGGTGGGTCCCACCTGCGGTGGTGAGCCCA----------------------------------TG-GATTGCCCATCGTCGCCGGCGCAGAGCCTCTCG--TGGGCTGGGCTTCCGCGGCTCAGCCGT-------CCT-------------------------------GCGCTGTGTTCTTGCC----------------GCAGGGCT-------CCGGGCCTGCTGCCCCCACTCTCCCACTTGTCCAGCA-----AAAGCCCAGATGCCTCCTGGTGCCAAGTGGGGCA-AGCTACCCCCTTACCTTGACCTCAGGAAGTCCTGTCCATCCTTAGAGGCCAATTCCAAGGCCGAGTGCTCTCTGGGCACTGCCCTACTGACCAGGGAC-CTAGAGTCT---AGA-GGCTC----AGGGATCTGGGCCCCTTGTCTGG--AC-CTGGGCAGAGAC--------CAGGTACCGCCTGC--TCTGGTGGCAGGATGTGGA--GATCCAGCCAAACCAGAGCCCCGTGGAGCCACCTCTCCTC----------------TGCGAGGGGCTCAGATGGCATGTGGACCCACCCTTGGGGCT--GGCAGGGCCCTCGTGAGAAGGACCAGCTTCCTGG-----AGCCCTCACAGATC-CTCTTCAGGGAGGAGAGCAG----GGATGCGGCAGTCTTGGGG------CCAAAATGCCCCGGCCTGGGGCC--TGCTCAGGGC-TCCACCACTCTGCGC--AGCCACCTGTGCGGAGTTGTCATGACGATGG----ACTATGGGCCACCGCCACCAAGCAGAGTGGGGGCTGG-GAGGTGGGAACAGCAGGAG-GAACAGCCTCGGGATCCCGGGCTG-----GGTTTGTGCGGGTTTTACACAGAACCT-TCT------------ACTATCGCCTT--C----------------------------------GTGGTTGGTGC----CCTGCCCC--TGGAGG-----CCACCCCTGCCCT------------------------------------GGCCTGG---CC--------------------------     
 5 Ceratotherium_simum-NW_004454172.1-188381_188940          82.9%  34.9%    -----------------------------------------AGCTTGGGGAAGGGTGGGCCATGGCCTGGCATTC-GAGGTCC-CCATACCCACCTCCACTT-------AGTGGAC-------------TGGCCGCGGTTCCCATCACAGGCCATGCCAGTGTATTCCAGGATGTGTCCCATGGGGGCTGCAGTGTGGGTGGGGAAGGTTTGTGATTTCTCCTCT--GCGGGCCTCTGAGCAGCTCAGCCCTGACTGCAGACACC-------------CAGAGCTTCCAGAGGGGAGCCTGCGCTTG-ACCACAGCACTGACTGCAGCATGGGGCATCTCC--TGGGGCTAGGGTTCCA-------------TGG--CGCAGCCCTCCCACGTGTTCCAGCCATGTGGGTCTGGCTGGCTTGCGCCC----------------TGGG-------------CCCATTGCCACCTCCATTCTCCCATATGTCCAGCA-----GACACTCAGATGCCTCTGGGT-GCCAGCAGGGCATACCTGCCTGTTTCCCTCCACCTCAGGCAGTCCTGTCC-----ATC-------CTGACAGGCCAAGTGCTCCCTGGACACGATCCTGCTGACTGCAGG-CCCAGTGTCC---AGA-GGCTT----AGGGGTCTGGACCCCTGGTCCCC--GGCCCAGGCAGGGGC--------TGGGTGCCACCTGC--TCTGATGGGCAGGACACTG-GAAGTCTACGGTGGGGGAGGGGAAG-GCCAGTGTCTCCCAAGGAGAGAGGGCTCCCCTCGGGGGCT--TAGACAGCATGTGGCCC-CACCATCAGGGT--------------TGGCGGGAGGCAGCCGTAAGGA-----CCAGCTTCCAGG--------CCT-GTACCTTCCTGGGA-CCC---------------------------------------------------CCGTGGACCTGCTTTCGGGCAGA--GTGAAG--AGGGGCAGCCTCCGGGCCCCGGCATCCTTGCGCTTCTGGGGC------CAGACCC---CCTGG-CCCAGGGACGGCTCAGGGC-----CTTCCGCTCCACCCTGCTT------TGT--GGGCAGAGTCAGCCTCGCAGTGATGGGCGATGGG--CAGCCACCACTGA--GCAGGGCTGGGGGCTGGGTG--G------------------------------CAA-----CTGTG-GGACCCAAGCTGGGTCTGTGTGATGTTTGCCCAGGATCTCCCACCTCTGCTGTCCTGGGT---TGGTGCCCTGCCCC--------------     
 6 Tupaia_chinensis-NW_006198262.1-189699_190050             90.0%  41.1%    -------------------CAGA--T--GGTGTAATGG-----------------TTGCATTGCTGGACTCCCAT-GTAGTAG-----ACGGTGGTTTGAGTCCCAGGCCCAGCAA-------------CTTAAAACTCATGCTG---AGGGTGTGTGTGTGTG--TGCATGTGCTCAAGATCCTGAGAAGAGAGTGGAGGACAAGGGATTGCAGAGTGGCCATCCCCATGGGGAGTAATTTCTCACTTTCT-------GTCTCTCTCGGTCTCT------------CTGG------------TGAG-TGCATGTGCCCTACAGCAAAAATCTCTCTCTTAAAAACAAAACAAAACAAAAACAAAACCCT-------GCCCCTTACTTGTTGCATTGCAGCCACATGAGTCTGGCTGGCTTGCTTCC----------------CCAGGGCC----TGCAGACACCTCCCACCTCTACCCACCCACTTGTCTAGCA-----AACACCCAGCTGTCTCCTGGTGCCTAGCAGTGTGTGTCCACCCCTTTTCTTTGGCACTAAGAAGCCTCGTCCACCCTCACAGGCTGATGCCAAGACCAAGTGCTCCATGGATACTGCCCTGCTGAGAATCTT-----GTGTCC---AGAGGTTCA----GGGGCTCTGGGGCTCTTATCTCA--GGCTTGGTCAGTGAC--------TGGGTACCACCTGC--TCTGGAT-------ATGGA--GGTCCAGCCAGGCAGGGGACAGAAGGGATAGAGCCCTCCTGAAGAGAATGC-TCCATGGGAAAGACTGGCTGGGTGGGGAGCT---------------------------GGTGAGGACCTCCACTTTCCTGG-----AG-CCCTTTAGAAT-CCCTTTAGGGAGGAAGA-AG----AGACAGGGACAAGCTTTGGGGC---CCAGATACCCTGG-CCTGGAAACA--GCTGTGGTC-AACCAGCCTGAGCTGGGTGGTGGG--------AATAGCAGGAAG-------------------------------------------------------------CGGA-TACAGCTTTAGGGATCCCAGGCTG-----GGCTTACGTGGGTTTTAGCCAGGATCT-GTC------------TTTGCACCCCA--CCCAGCACCTTGAGTA--CC--AGACCGAGGGCTGGCCTTAGGAGCTGCCTCTGGACC--TGCACT-----CCTAGGGTTCTCTCCCTGTCCTTCTGCCACAGT--TTGTCCTGTGGTCACACCTTT---GC----------CTCCTCT---------     
 7 Halichoerus_grypus-NW_023403807.1-189736_190032           81.7%  36.0%    --------CCCTTGAACTGGTTCAGTGTGGCTGAGAACCCTTCAGTGTGG----------------------------------A---AGGATGGGCCACAG-------CCTGGAC-------------CTGCTTTTGTTCCCATCATGGGCCATGCCAATGTATTTCGGGGTGTGTCCCATGGAGGCCCTGAGCAG-GTGGGGAAGTTCTGTGGTTTCTCCTCT--GTGGGCCTCTGAGCGGCTCAGCCCTGACCACAGACACC-------------CCGCGCTTCCTGAAGGGAGCCTGCGCTTG-ACCACAACACCTT---TAGTGTGGAGCACCTCA--TAGAATGGGGGTGCCA-------------CGT--CCCAGCCTTCCCACCTGTTCCCGCCA--CGGGTCTGGCCAGCTCGTACCC----------------CT-GAGCT----CCAGGCCCACTGCCACCGCCATTCGCCCATTTGTCCAGCA-----GACGCCCATATGCCCCTGGGT-GCCAGAGGGGCATGCCTACCCATTTCTCTTGACTCTAGTCCCTCCTGTTT-----ATC-------CTAAGAGGCTGAGTGCTCCCTGGGCTTTGCCCTGCAGACTGGGGGC-CCAGCGTCC---AGA-GGCTC----AGGGATGTGGCCCCCTCAACCTC--AGCCCGGGCAGGGGC--------TGGGTGTTGCTTTC--TGTGGTGGGTAGGAGGCTGGAAATCTGTAGCAGGAGAGGGGAAGG-GCCAGTGTCCCCTGAGGAAAGAGCGCTCCTGTGATGAGGCC-CAGACAGCATGTGGCTCCTACCCTTAGGGC--------------TGGTGGGAGGCAACCATGAGGA-----CCAGCTTCCAGA--------CTT-GTAACTTCCTGGAA-CCC---------------------------------------------------TCAGGGACCCAGGTGTGGGCAGAGAGTGGGA--GAAGCGGTCAGCCTTGAG----------------------------------------GCTGG-GTGGCTGGATCAGCAGGAG-----CAGCTGAGAGACCCAGGCTG-----GGTCTACGTGGCATTTGCCCACGAGCTC-------------CCATCACTGCTGT--CCTGGGTTGGCACCCTGCCC--CACCCTGCC---CTAC---GAGGCTGCCTCAAGCCC--AGGGCA-TGACAGAGGGCTGCCCCTGGGCTGTTCTCCCAGAACCCCTTCCCCA---CTCACACAGTT---GGCTGGGGTTCTGTCCTCGTG-GCA---     
 8 Desmodus_rotundus-NW_020090861.1-192030_192251            82.2%  31.2%    ------------GGGTGGGACGCAGGGGGACCCACAGGCCTCGCGC-TGCAGGAG-GCCGACACGGATGACCACC-GGGGCAC-ACTGGGCTTTGAGGAGTT-CTGCGCCTTCTAC-------------AAGATGATGTCCACCCGCCGGGAC-----CTCTACCTGCTCATGCTGACCTACAGCGACCACAAGGACCACCTGGA-------CGCCGCCAACCTG--CAGCGCTTCCTAGAGGTGGAG-CAGAAGGTGAGGGCCCCTGGTGGGGA---TGGGGTGCCCAGGGGGGAGCCCACACTGG-ACCACAGCACTGT--------GTGGGCACCTTG--TGGGTCTAGGGTCCCC-------------AGG------------------------------CCCAGCCTTCTC-CTCTGTGTC----------------CCCCGAGC----TCCGGGCCGTTGTCTTTGTCCTTCACCCATTTGTCCAGCA-----GATACCCAGATGCCTCCAGGT-TCCAGGGGACCATGCCCACCCCTTTCCCTCGACCCCAGGCAGCCCTGTTC-----ATC-------CCAAGTGGCTGCGTGCTCCCTGGACACTGCCCTGCTGGCTGGTGGC-CCAGTGTCC---AGA-GACTC----AGGCTTCTGGACCCCTTGTCCCA--GGCCCGGGGAGGGGC--------CGAGTGCCACCTGC--TCTGGTGGACAGGAGGCTGGAAGCCTGAGGTGGGGAGCATGCTGC-GGGGGCCAGAGCCCGCC-------CCTGCTGTGGTTGGCCC-CGATGTGGCC--AGGGTGGAGGCAGGGCTT--------------TGGTGGCAGAGGACTGGCAGGGC----CCCGAGGCTAGC---CTGCCCTG-GTGACGGCCGGGCT-GGCCTGG-----------------------------------------------GCTCTGCCCCTTCTCTGGCTAGATGACCAGT--GTGACACTGG----AGAGCTGCCAGGCCATCATC-GAGCAGTTTGAGCCCTGCCC-----AGA-GAACAAGAGCAAGGGG--------GTGCTGGGCATCGATGGTGA-----GCGGGGCGCCGCCTTGGTCCCGCGGTCCTGGCAGG---------CCAA----------CGGGGTGGGGGGTGAGGG--CAGCCTGGGGGCCGGCCGGGAAGCTGAAAAAAACAC--GCCCCG-CCCCCCACGCCCC---CT---------------CAGGCTTCACCAACTACACGCGGAGC---------------CCCGCCGG---------     
 9 Ursus_arctos-NW_020656172.1-189728_190276                 83.6%  36.8%    ---------------------------TGGCGGAGAACACTTCAGTGTGAAAGGATGGGCCACAGCCTGGCA------------T---TCAGGGTTCCACTT-------AGTGCAC-------------CTGCTTTGGTTCCCATCATGGGCCATGGCAGCATATTTCAGGGTGTGTCCCATGGAGGCCCTCAGCAG-GTGGGGAAGTTCTGTGGTTTCTTCTCT--GTGGGCCTCTGAGCAGCTCAGCCCTGACCACAGACACC-------------CCGGCTTC-CTGAAGGGGGCCTACGCTTG-ACC--ACAACCTT---TAGTGTGGAGTTCCTCC--TCGAACAGGATTTCCA-------------TGT--CCCAGCCTTCCCACCTGTTCCCACCA--CGGGTCTGGCTAGCTTATACCC----------------CT-AAGAT----CCAGGCCCACTGCCACCGCCATTCACCCATTTGTCCAGCA-----GATGCCCGGATGCCTTTGGGT-GCCAGAGGGGCATGCCTACCCATTTCTCTTGACTCTAGGCCTTCCTGTCC-----ATC-------CTAAGAGGCTGAGGGCTCCCTGGGCATTGCCCTGCTGACTGGG-AC-CCAGCATCC---AGA-GGCTC----AGGGATGTGGACCCCTCAACCTC--AGCTGAGGCAGGGGC--------TGGGTGTTGCTTTC--TGTGGTGGGCAGGAGGCTGGAAATCTGCAGTGGGAGAGGGGA-AG-GCCAGTGTCCCCTGAGGAAAGAGTGCTCCTATGGTGGGGCT-CAGACAGCATAGGGTTCCCATCCTTAGGGC--------------TGGTGTGCGGCAACCATGAGGA-----CCAGCTTCCAGA--------CTT-GTAACTTCCTGGAA-CCC---------------------------------------------------TCAGGGACCCAGGTCTGGGCAGAGACTGGGA--GGGGCGGTCAGCCTTGAGGTTAGGGGCCAGAAGCAGTGGCCACTGGGCTGGGCCTGGGGCTGG-GTGGCTGGATCAGCAGGAG-----TGGCTGAGAGACCCAGGCTG-----GGTCTACGTGGCATTTGCCCAAGATCTC-------------CCACCACTGCTGT--CCTGGGCTGGCACCTTGCCC--CACTCTGCC---CTGT---GAGGCTGCCTCAGGCCC--GGGGTG-TGACAGAGCGCTACCCCTGGGGCTGTTCTCCCAGAACCCCTCCC-----------------------------------------------     
10 Hipposideros_armiger-NW_017731634.1-175021_175226         80.7%  32.2%    ----------ATGGAGTCT------GTTCACAGTGTGGCTGAGAGCTCGGGGAAGGTGGGCACAGCCTGGCACTC-GAGGTCC-CCACGCCCACCTCCACTT-------CCTGGAC-------------CTGATTCAGTCCCTGTCACAGGCCACGCCAGCATGTTTTAGGGTGTGTCCCACGAGGCCGCCGAGTGGGTG--GGGAAGCGCGTGGTTTCTCCTCC--AAGAGGCGGTGAGGGGCTCAGCCCTGACCTCAGACACC-------------CCAAGTTTCCAGAGGTGAGCCCACACTTA-ATCACGGCACCGTCTTCAGCATGGAGCACCTCG--TGAGACTAGGGTTCCA-------------CAG--CTCACCTGTTCCAGGTCTG-----------------GTTGGCTCTCACCC----------------CCAGAGCT----CCGGGCCCATTGCCAC-----------CATTTGTCCAGCA-----GATGCCCGGGAGCCTCCGGGT-GCCAGTGGGGCATGCCCACCCGTTTCCCTTGAAC-CCAACAATCCTGTCC-----ATT-------CTGAGAAGCCGAGTGCTCCCTGGGCACTGCCCAGATGATTAGTGA-CCCAGTGTCC---AGA--GGCC----AAGGGTGTGGACGCCTTGTCTCA--GGCCTGGGCAGCGGC--------CGGGTGCCACCTGC--TCTGGTGGGCACAAGGATGG-AAGTCTGTGGTGG-GGGAGGGGAA-GCCAGCGTCCCCCGAGGAGTGAGTGCTCCCGTGGAGGGCT--CAGACAGCGGATGGCCC-CACCCTGAGGGC--------------TGGCGGGAGGCGGCTGGTGAGGA----CTAGTTCCTGGG--------CCT-GTACCGTCCTGGGA-CCT---------------------------------------------------CA-CCAACCTGTTTTTGGGCAGAGAGCAGGC--AGAGAGCAGGCA--GAGGCAAAA----------CTCCTGGGC------CAAACAC---CCTGG-CTCAGGGCCCTCCACCCCC-----CACCTTGTGTG--------------CCT--GCCGTCCATCAGCCTCGCGGTGATGGTCACAGAA-----CCGCCACTGG--GCAGGGCAGAGCCCTGGGGG--T------------------------GGGAATAGCCG--GCGGAG-CGGCTGCCGGGTCCTGGCCGTAGTGTTTGCCCGTGACCTCCCACCACTGCTGTCCCTGGT---TGGTCCTACCCTGCCCCGTGAGGCTG--     
11 Neophocaena_asiaeorientalis-NW_020174791.1-189088_189255  83.9%  31.2%    -------------------------------------------------------------TGGCTGTGGCCTCC-CCGCGGCCTCCCGGGGCATTTGAGCCCGTCCACAGTGTGACTGGGAGCTTGGGGAAGTGTGGGCACCAGTCTGGCATTTGAGGCCCACTTACTGCACCTGCCTCGGTTCCTGGCTCGGG--------------CCACAGCCACCAAGCCGGTGGGGAAGGAGAGTGGCTCAGCCCTGACCGTGGCCCCCC------------CGGAACTCCCAGAGGGGAGCCCGTGCTTG-ACCCCGGCCCCGACATTGGCGTCGAGCATCTTC--TGGC-CTAGGTCCCTTGGCCC----------------AGCCTTCAGGCCTGGTCCAGCCACGTGGGTCTGGCTGGCTCCCACCC----------------CCAGGGCT----CTGGGCCCGCTGCCAACTCACTCCAAC-ATTTGTCCAGCA-----GACGTGCAGGCGCCTCTGGGT-GCCAAGGGTGTGCCTGCCTCTATTGTCCCCGGCCCCAG-GCGCCCCATCCGTC------------CTGAGAGGCCGAGTGCTCCCCGGGCGCTGCCT------GGCTCAGGGGTCTGGACC---CCT-CATC------------------CCAG--GCCC--GG-GTTG---GAGGG--------GGGAAGGCCACC----CCCTGAGGGG---ACAGCG---CT--GCCACAGCGGGGCTCGGACCGCAGACGGCGTGGGTGCGGCTACTGTGGGC-AGCGCCGGAGTGAGGCTGAGGGGCCGCTGTTCCGACAGG-----------------GGTGGAGGGAGGGAACGCGGC-----CTGGGCTGGGAT-------GGGT-AGAACT-----GACCCGTTGCTCCCTGACCTTCGC--------CCTAAGCTCTCCA---GAGCTCTTC-----TT-ACCGTCTGCGGCCCAAACTATCCACCGGCTGGGTGGTTTGAGCCCTGGCC-CCTGACTC-TGAGCCTCCTGGGTCCACAGCTG-CTCC---------AA---GCTCTGA--CCCCATTTGCCCCTCTCCCCCCA--------CTACATACCCATCCCCACATTCCTGGGGA---CG----TCCGGGTA-----GCCCTGCTGGTGGGTCTGCCTCTGGGAGCGGG----GAGCT-C--------CCGGGGGCT-GCACTGTGGGGCCCTGGGAAGTCACTCAGCCTCTGA-CACACGGGTCCACCGATGGGCAAGGCCACCT-TGG------GC-------------------     
12 Castor_canadensis-NW_017871110.1-173031_173198            80.9%  32.5%    ----------TTTAGCTCCCATCACAGTGGACTCATTGCCTTGGGTCAGG----------------------------------GCAGGTCACAGACCAGCAGCAACCCCCCAAAC-------------TGGCTTTGGTTCCATTTCCAG--------------------GCCTTGTGTCACGGGAGCTGCCAGGTGAGTG-GGGAGGTTTGCCGTGTCTACCTCCTCCCCGTCTCTGAATAGCTTGGTCCTGACCATGGACACC-------------CCTAGCTTCCAGAGGGGCACCTGTGGCTTGCCC--ACCCTCTGACCTCATGTTGAACATCTCA--TGGACTAGTGTTCCATGGCCCAAACTTTGAGAACTGTCCCTTTCCCATGTGGTCCAGACACCTGGGCCTGGCTAACTGGGGGCC------------------------------------TAAGGAATCTCAACTGGGCCATTTTTCCAGTA----------------------------------AACACCAAGATGCTCTTTTCCTTGATCCCAGGAAGTCTGTCTACTCTTGGA-------GAACCAAGCCAAGTACCCCCTGGGCACTGCGTGACTGACTGGATCC-TGAGTGTTC---AGA-GCTGC----AGGGGTTGGGTCCCTTCCTGTGCCAGGCCTGGGCAGGGAG--------CAAGTACTGCCCAC--TCTGTTATCAGGACCTGCA---------------------GGGGG-CCAGGGAAACCCTGTGGAGAGAGCACTCCTGTAGGAGGGTCTCAGGCACCACGAGGGACCCATAGGACTCTCATAGACATTTTCTAGGGAGGCGGGCAGGGATAGGGGCAGGCCTTGGGGCCAGGCACCTGACCTGGACACTGCTGAGGGA-CCCTCTGCTCTGCCTAACCA-------AGAATCCCCCACT-CCCACCAGCTGCCTCCT-----CTGGTCTGCACTGTGGGCTTTC--CTGCCCCACCTCGTTGTGTTGGCTGGGCCC---ATCCTGTCCCTCTACCACCCCC-------------------TAGCAGGGC-----AGGCTGGTCCCATGTGGCTG-------GATCCTCCTCCTCACCCCCTCCACAGTGG----------GCAATACTAGTAT--GAGGCTGTGGGATGTGGCCC--GAGACAGCA----------------------AGCCC--TCTGC------TGGGCACTGGTACTTGGAGACTGAGGTCAGGAACGTAGCCCAGATGGAGGATGGGC---AG------------------------AA     
13 Equus_asinus-NC_052181.1-188961_189341                    83.4%  34.5%    ------------------------------------------------GAGAAGGATGGGCCATGGCTTGCATTT-GAGGTCC-CCATACCTGCCTCCACTT-------AGTGGAC-------------CGGCTTCGGTTCCCGTCACGGGCCATGCCAGTATATTCCAGGGTGTGTCCCGTGAGGGCCGCATAGTGGGTGAAGAGGGTTTGCGCTTTCTCCTCT--ATGGGCCTTGGAGCAGCTCAGCCCTGACTGCAGACACC-------------CAGAGCTTCCAGAGGGGAGCTCGCCCTTG-ACCATGGCACCAACTGCATCATGGGGTGTCTCC--TGGGTCTAGGGTTCCA-------------TGG--TGCACCCCTCCCACCTGTCCCAGCCATGTGAATCTGGCTGGCTCGTGCCC----------------CCAGAGCT----CTGGGCCCATTGCCACTTCCATTCACCCATAT-GTCAGCA-----GATGCCCAGATCCCTCTGGGT-GCCAGTGGGGTACGCCTGCCTACTTCTCTCCACCACGGGCAGTCCTATTC-----ATC-------CCAAGAGGCTGAGTGTTCCCTGGGCATGGTCTTGCTGACTGGGGGCCCCAGCGTCC---AGA-GGCTC----AGGGGTCTGGACCCCTGGTGTCC--AGCCCAGACAGGGGC--------TGGGCGCTGCCTGC--TCTGGTGGGCAGGAGGCTGGGAAGTCCATGGTAGGAGAGGGGAAG-GCCAGCATCTCCCAAGGAGAGAGTGCCTCCATGGGGGGCT--TAGACAGCATGTGGCCC-CACCCTCAGGGT--------------TGGCGGGAGGCAGCCATGAGGA-----CCAGTTCCCAGG--------CCT-GTACCATCCTGGGA-CCC---------------------------------------------------TTGTGGATATGCTTTTGGGCAGAGAGTGGAG--AGGGGCAGCCTCCGGGCTCCAGCATCCTTGCCCTTATGGGGC------CAGACCC---CCTGG-CCTGGGGACAGCTCAGGGC-----CCTCTGTTCCACCCTGCGT------TGT--GTGC--AGTTAGCTTCACAGTGATGGGCCACAGG--CAGCCTCCCCTGA--GCAGGGCTGCAGGCTGGGTG--G------------------------------TGA-----CTGCA-GGACCCAGGCTGGGTCTATGGGGTCTTTGCCCAGGATCTCCCACCTCTGCAGTCCTGGGT---CCCATCTGCGCT----------------     
14 Balaenoptera_acutorostrata-NW_006725355.1-188716_188883   84.1%  31.2%    -----------------------------------------------------------AGGCGCCGTGGCCTCA-CCTCGGCCTCCCGGGGCATTTGAGCCCGTCCACAGCGTGGCTGAGAGCTTGTGGAAGTGCAGGCACCAGTCTGGCATTTGAGGCCCACTTACTGGACCTGCCTCGGTTCCCCGCAAGGG----------------CCAGCCACCAAGCCGGTGGGGAAGGAGCGTGGCTCAGCCCTGACCGTGGCCCCCC------------CAGAACTTCCAGAGGGGAGCCCGTGCTTG-ACCATGGCCCCGACATTAGCGTCGAGCGTCTCC--TGGC-CTAGGCCCCTTGGCCC----------------AGCCTTCAGGCCTGGTCCAGCCACGTGGGTCTGGCCGGCTCCCACCC----------------CCAGGGCT----CTGGGCCCATTGCCAGCTCACTCCAGC-ATTCGTCCAGCA-----GACGTGCAGATGCCTCTGGGT-GCCAGCAGGGTGTGCCTGCCCACCGTCCTCGACCCCAGGCTGCCCCACCCCTC------------CTGAGAGGCCGAGTGCTCCCCGGGCACTGCCTAGCTGAAGCTCAGGGGTCTGGACC---CCT-CATC------------------CCGG--GCCC--GG-GCTG---GGGAG--------GGGAAGGCCACC----CGCTGAGGGG---ACAGCG---CT--CCCACAGGGGGGCTTGGACCGCAGACAGCCTGGGTGCGGCTACTGTGGGC-AGCACCGGAGTGAGGCTGAGGGGCCGCTCTTCCAACAGCTG----CCAGGCTCGGGGGTGGGGGGAGGGAATGTGGC-----CTGGGCTGGGAT-------GGGC-AGAACT-----GACCCGTTGCTCCCTGACCTTTGC--------CCTAAGCTCTCCA---GAACTCTTC-----CT-ACCGTCTGGGGCCAAAACTGTCCACCAGCTGGGTGGTTTGAGCCCTGGGC-CCCTGACTCTGGGCCTCCTGGTCCAGTAACAG-CTGG---------GCCAGGCAGGGC--CTGTGTGTGTCAGCGGCCCGGGG--------CCACAGACACCTG------------GTGT---CA----GACGCC-T-----GCGACAGTGGTGGCTCTGGCACTAACTGCCCTTAAGAAGTT-A--CTCTGTGTCCAGACT-CAACTTGCTGTCACTCAGAATGGCTATAGAAACTG----------TTGAACAAAATCCAGC--------------------------------------     
15 Marmota_monax-NW_025724459.1-175821_175902                81.1%  28.6%    --------------------------------GCGTGGCCGGCTGCGTGGCCGGCTG--------CCTGGCCGGGCCTTCAGCTCCGCTCAGCGTCTGGGCCTGGGGACAGCCCAG-------------CAGCTGAGGCCAGCAAATTTGCTTCAGTGTCAGTTT-----------TCCAGGGTGCAAACCACAG--------------GGGGGGCTGCCAGGTGGGCGGGGCCTCTGTCCAGCTCTGTCCTGACTGAGGACCCCC--------------CAGCCTCCAGATGGGGCCCACAGCTTG-CCCATGGCA-CCAGCTTCCTGTCGGGTATCTTG--AGGA-CTAAGGTTTGTGGCCC----------------AGCCTTTAGCACTGCTCCTTAACCACAGCGGTCAGCCACAGAGGCCG----------------GACTGGCT----CTGGGCCCATGTCCGCCTGTACACACCTGGGTGTCCAGCA-----AACAC-----------CAGAT-GCTACCTCTTTATCTTGACCCAGGAAGTTGGTCCACATCAG------AGGCCC------------ATACCAAGCTGAGTGGTCCCTGGGAACTGCCCCACT---------GGGTCAGGTCT---CCT-GTCCCAGGCCCAGA----------TACTCCCT--GG-GTGGCAGGACTG--------CAGGTCCAGC---------CCAATGGGGCAGAGTG---CC--CTGTGGGAGGGGCTCAGACAGTGTGGGGCCC-------TGCTGTGCT----------GGCCTGGACCTGCCCTCCTGCCCCCCATAGGCC---------CTCTCAGGGAGGAGGGCAGGGCAGGG--T-----CAAGCCTC-AGG-------GCGG-CACAGTACCTGGGCACAGCTCAGGCCTCTGCTGGG--------CCTAGCCTCCTACTT-CCAGTCAG------GT-AATGGTGATGGCCACGGGCAGCTGCCCAGGGAGTGTGGCAGGTGGTGGCA-----------GAGCAGCAGGAGGGGACCCGAG-GCGG---------GGCTCGCGAGGG--GCCATTATCGGTGCCCTCCGCTG--------CCCCTGCATGTCCTCCCCCATCCTGGGTCAGCCC----TAGGGGCTACCCTGGGCCTGTGGTCCCAGTTCCCCTCCCACCTCACGGTTTGCT-GGGCTCCATCCCATGGAGACCACGTCGGACCCCTT------TCCTGTCCTCCTGG-CAGGACACTTGGTGGTTGTGTCCAGGAGAGA-GAGGCTGGCTCCT-----------------     
16 Sus_scrofa-NC_010448.4-177482_177604                      83.1%  30.8%    ------------GGA----------GCAGAAGGTGAGGGCGCCCCAGCTGGAGGCTTCCTCTTGCTGTGGCCTCA-CCTTGGCCTCCCAGGGGGGCCGAGCCCATCAGCAGGGTGGCTGAGAGCTCGGGGAA-GGGGGGCACTAGCCTGGCATTCGAGGTCCACTTAAGGGACCTGCCTCGGTCCTCACCACGGG--------------CCAG---------GCCGGCTGCCAAGCAGAGCAGCTCAGCC------------------------------------------CTGACCGTGAGCTTG-ACCACGACCCTGACTGTAGCGTCAAGCATCCTC--TGGCCTGGGGTTCCGTGGTCC----------------AGCCTTCCCGCCCTGTCCAGCCACGTGGGTCTGGCTGGTTCCTACCC----------------CCAGAGCA----CCAGGACCATGGCCGACTCCATCAAAC-CTTTGTCCCCCA-----GACGCCCAGATCTCTGGGGCC-AGCAGGG---TCTGCCTGCCCATTTCCCTCGACCCCGGATGGGCCC------T------------CTGAGAGGCTGCATGCTCCCCGAGCCCTGCCCGGCTGAAGCTCAGTGTCCAGACCC---CTC-GCCTGAGGCCCAGGCAGAGGCTGGTGCTGCCC--GC-TCTGCTGGAGGG--------AGGCTGGGAGCC----TGTGGGTGGCGGCAGGGGG---GA----------------AGGCCAGCATCCC-----------CAGAGGAGCCGT-----TCAACCTCAGCCTGCATGCGGCCCCACCCTCAGGC-----------------TGAGGGAGGAGGTTGTGAGGA-----CTG-GTTTCCAG-------GCCT-GTAACTTCCCGGGACCCTCCTAGAGCTGCTTTCGG--------GCGGAGAGTGGGGTGGGGGGCAACATTCAAGC-CTCAGCTGGGGCCATGACCCCCG-GCCGAGGGCAGCTGAGAGGCCTCCGTGCCCCCCTGCCTCCCGTGCAGAGTCACCGTGGG-CCAG---------ATGGGGCACTGG--GCA----TGGCAGGGACTGGGTG--------GCGTTTGCCCTGGATCTCCC-GCTCTGCC---CG----GTGAGGCT-----GCCCCAAACCTGGCAGTAACAGGCTGTGCCCCAGGCTCCTTTCCGGACTGTGCCCCAGGC-TCCTTTCCGGCCGCTGTGACAGTTTGCAGG-TC------------TCTATCCTTGTGGCCGCCCAC---------------------------------     
17 Propithecus_coquereli-NW_012152752.1-178158_178273        79.3%  25.9%    --------------ACAA-------GATGATGTCCACGCGCCG----GGACCTCTACCTGCTCATGCTGACCTAC-AGCGACC-A-----CAAGGACCACCT-GGACCCCACCGAC-------------CTGCAGCGCTTCCTGGAGGTGGAGCAGAAGGTGAGGCTGCGGAGCTTTGGCG-----------GAG---------------------------GGC--GTGGGGACAAGGCAGTCACAGGCAGCATCCAGCACCCCGTGGGCTTCAGTCCCCATGTTCCAGGGAGCAGCCCCTGGGGCTGCCACGTGGGCGGGAAAGGTTTGCAGCTTCTCC--TCCGCGGCCTCTGACCGGCTC--------AGT--CCTGGCCGTTGACGCTCTGCAGCCCTGGGGGACAGCCACAGCTCTACACGGC--------ACCAGCTGTGGTGT----CCAGCGTCCTGTGGACAGGGGTTCTGTGGTCCCAGCCACAC---GCG------------CCTGGCT-GGCCGAGTGGGGCATGCGGCCCTTTCCCTCGGCCGGAGGGAGCCCTGTCC-----ATG-------CTCACAGGCCG----GTGCCTGGGCCCTGCCCCACTCACCAGGGAC-CTGGTGTCC---AGA-GGTTC----AGGGTCTGGGCCCCTCA-----------GCCCAGCCAGCC--------ATGCCA-------------GGGAGGGGAAACGAGACCCCA-------------------------------------GTGGAAAGAGCTCCCGTGGGAGGGGCTTGGGCTACACGGTGCCCTCGGGGCTGGCGC---------------AGCGCAGGTTACCTCCCTGGAG----CCCTCATAGACG---CTCCCCCGTCCTGCTGGGTGGCA-CCCTAGGGCCTGGCCCAGGT-------GGGAGAAGCAGCACCAGCCCGGCTGCGTG-CTGGCCTGTCATTGGGCAGCGCGGCTGT--GGTGATGTGGTCCCAGA----------------CAGCCCGGCCTCCATCCTGCAAAGGCAC-------GTGGGGCAGCAGAGG-----GCGGGGGAAGGGCAGGCCTGATCCCTCTTTCCCTGACCTTTGGCCCAAGCTTCCAGCACTTCTCCCTAAAAACCAGTGTCCTCTGGGCAGGGAATCTGAGC--C------------------------------------------------CCTGGCCTGGCTCCCGGGCCTTGAGCATCCCCCGCTACCCCACAACGGTCCTGGGG---ACCTCTGGGGTCCCGCCGTTGGGCCTGC     
18 Otolemur_garnettii-NW_003852462.1-174954_175169           87.8%  42.5%    -----------AGCAGAAGGTGA--GGGGCCACTGGGGCTTC-----CTGGC-CACACTGCTGGCCCTGACCTTT-GGTGGAGAGCATAGGGACAAGACA-----AGGCACAGGTA-------------GCATGCCAGGCCCCACATCAGCTTCAGTTCCCATATTCTAGGAAGCACCCCACAGGGCTGTTACATGGGGG--AGGAGGTTTCTGGT--TTCTCCTCCAAGGTCCTCTGACCTGCTCAGTCCTCGTCATCGACACCCGTGGC---------------------------------------------ACCAGCTTCAGTGTTAAGCATCTTGA---GATGAGGGTTCTGAGACC---------------CTGCTTTCTCGCTATATCCCAGACACATGGGCCTCGCCATCCTCTTCCC----------------CAGGGCTC----T--GGGCCACTGCCACATCC-ATTCACCCTGTGTCCAGCA-----CGTACCTCCATGCCTCCTGGTGCCCAGCAAGGCT---GCCGCCCCTTCCCTCAACCCCAGAAAATCCCATCCATCCTTAGAGATCAAAGCCTGGATACTAGCCCACTGAG------------------------CTGGTGTCC---AGA-GGATC----AGAGATTTGGGCCCGTCAGCCCA--GACCCTGCCGTGCCAGGGAGGCCTCAATGGAGAGTGCACTACCCTGAGAGGGGCTCGA--GTTTCATGGACCCCCTCGGGGCTG---GTGGGGTA-CAGGTGAGGGCCAGC-TCCCTGGGACCTTTGCAGACC---------------CTCAGGGAA--GAT--------CCTG------------GGCAGGG-----CA-GACTCTGGGCT-CCTTTAGGGCAGCGGTTCTCAAC-TCACAGGAACTGTATTAAAGGGTCGCGGCATTAGGAAGGTTGAGAACCACTGCTTTAGGG-CCCTCCATA-TGC----AGGGGATTGCGGGAAAGCCTCATGGCCAG-G----ACTCAGGTGG----------GTGAGGGTGAGGGGTGG-G--------ACGGCAGGAG--GACAGCCCCAGGAACCCAGGCAG-----GT--TATGTGGGTTTTACCAGGGTCTGCCTC------------ACTGCTGTTGT--AACTGGCAGCCGGGTTCCCC--ACACATGGAGGTCAG-GTCACAGCTTACCAGGC-----TCAGTC-----CCATGGCAGCTATCTCTCCAGCCCTGCAGGGGA--ATGCCCT---------------------------------------------     
19 Suricata_suricatta-NC_043707.1-191348_191417              79.7%  31.4%    ----AGGGCACTTGAATCAGTTCACTGTGACTAAGACTCCTCCAGTCTGGAAGGATGGGCCACAGCCTGGCATTC-AGGGGCC-TCAAACCTGCCTCCACTT-------GGTGAAC-------------CTGCTTTGGTTTCCATCACGGGCCATGCCAGCATATTTCAGGGTGTGTCCCATGGAGAGCCTGAGT-----------------GGGTGGCTCCTCT--GTGGGCCTCTGAGCAGCTCAGCTGTGACCACAGACACT-------------CTGAGCTTCCTCAAGGGAGTAC----TTG-GCTGCAGCACCCT---TAGCATGGAGCACCTCA--AAGACCTGGCATTGCA---------------------------------TGGCCCAGCCA--GGGGTCTGGCCAGCTTGGACCC----------------CCTGAGCC----ACAGACCCACTACCTCCACCTTTGACCCGTTTGTCCAGCA-----GATTTCCAGATGCCTCCAGGT-GCCAGAGGGGCATGCCCATCCATTTCTCTTGACTCTAGGCCTTCCTGTCT-----ATA-------CCATGAGGCTGAGTGCTCCCTGGGCACTGCCCTGCTGACTGGGGGGCCCAGCATCC---GGA-GGCTC----AAGCATGTGGGTCCCTCACCCTT--GGCCCGGACAGCGGC--------TGAGTGCCACCTGC--AGTG-GTGTCAGGAGGCTGGAAATCCATAGTGGGAGAGGGGC-AG-GCCAGTGTCCCCAGAGGAAAGAGCGTCCCCGTGGGGGGACC-CAGGCAGTGTATGGCTCCCACCCCAAGGGC--------------TGGCGGGAGGTGGCCATGAGGA-----CCAGCATCCACA--------CTT-GTACTTTCCTGGGA-TCC---------------------------------------------------TCAGGGACCCAGTTTTGGGCAGAGAGTGGGA--GGGACAGTCAGCATCAGGTCAG-GTGCCACGGGCAGAGGCCACTGGGCTGGTGGCC-----GG-AGAGCAGGAGCAGCTG--------------CAGGACCCAGGCTG-----GATCTACATGGATTGCCCAGGATTCCCNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNN-NNNN--NNNNNNNNN---NNNNNNN----------------------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCAGGGGCGGG---GGCGGGGCATCAA---------------     
20 Panthera_pardus-NW_017619882.1-185505_185649              81.6%  34.6%    --------------------------GTGACTGAGAATCCTTCAGTCTGGAAGGATGGGCCACAGCCTGACCCTC-AGGGTCC-TCAAACCTGCCTCCACTT-------AGTGAAC-------------CTGCTTTGATTCCCATCATGGGCCATCCCAGCATATTTCAGGGTGTGTCCCATGGCGGCCCTGAGT-----------------GGGTGGCTCCTCA--GTGGGCCTCTGAGCGGCTCAGCCATGACCACAGATACC-------------CTGAGCCTCCTCAAGGGACCCTGCACTTG-ACCACAGCACCTT---CAGCATGGAGCACCTCA--TAGAACTGGGGTTCCA-------------TGA--CCCAACCTTCCCACCTGTTCCAGCCA--CGGGTCTGACTAGCTTGTACCC----------------CCTGAGCC----CCAGGCCCGTTACCACTACCTTTGACCCATTTGTCCAGCA-----GATGCCCAGATGCCTCCAAGT-GCCAGGGGGG-CTACCCACCCATTTCTCTTGACTCTAGGCCTTCTTGTCT-----ATA-------CCAAGAGGCCTGCTGCTTCCTGGGCACTGCCCTGCTGACTGGGGGC-CCAGTGTCC---GGA-GGCTC----AGGGATGTGGGCCCCTCAACCTT--GGCCCAGGCAGGGGC--------TGGGTGTCACCTGC--TGTGGCAGGCAGGAGGCTGGAAATCCATAGTGGGAGAGGGGA-AG-GCCAGTGTCCCCTGAGGAAAGAGTGTCCCCGTGGTGGGGCC-CAGGCAGTGTATATCTCCCACCCTAAGGGT--------------TGGTGGGAGGCGGCCGTGAGGA-----CCAGCGTCCACA--------CTT-ATAACTTCCTGGGA-TCC---------------------------------------------------TCAGGGACCCAGTTTGGGGCAGAGAGTGGGA--GGGGCAGTCAGCCTTAGGTTAG-AGGCCATGGGCAGAGGCTGCTGGGCAGGGCCGGGGGCTGG-GTGGCTGGAGCAGCTG--------------TGGCACCCAGGCTG-----GGTCTACACGTATCTACCCAGGATCTCCACCCCCCCCCA--CCCCCCCGACTGT--CCTGGGTTGGTGTCT-GCCC--CACCTTACC---CCACGGG----------------------------------GCCGTCCTCGGG-GCTGTGCTCCCAGGACCCCTCCCCGCTACTCACACAGTT---TGCTGGGGTTC-----------------     
21 Fukomys_damarensis-NW_022900935.1-178419_178463           79.3%  26.8%    -TT----------------------CCTGGAGGTGGAGCAGAAGGTGAGGCC--GCAGGGCAGCCCAGGGCTGGC-GACG---------AGGGAGTCTTGGT---GGGCAGCGGAG-------------G---------CTGTAAGTTGGCTTCTGTTCCC-ACCTCCTAGGCATGGGCTGCGGGGGCTGCCAGGCAGGTG-GGG----AGGCCTTTGCTTCTCTCTG------------TGTGGCCGTCCTCACCGAGGACACCTTGAGCATC-------------TAGAGGCACCCAG--GCTGT-GCCATGGCACCAGCCCACAGGGTAGGAGTCTTG--TGGGCCAAGGTTCTGAGGCCCAGCCTTTGAGAGCTGCCCCCACAAGCTGTGTTCTGGCCTCGGCTGGCTGCATTGATCTGACTGCCCAGTGTGCACCCCCAGTGCTGCCCC-ACTGAGCAGGC----CC-------CTAGTGTCCTGTGCCACAGCAGGGGCCTGCCTTCCCCAAACA-AAGGCAGGCTGGGGCCTGGAACCTGCCTGGGACCTCTGGGGGTGCTCTGCCCAGCCTCACAC---TCAGAGTCCTGGTGATGGCCATGTCACCACCACAGTGGTGAGGCTGGGTCGGGGACAGCAGGCC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------AGGCAGCCATGGAGAGCCTCATGGGGCTGCCCAAGCTGGGCCTGAGGGGCACTACTTCCCAGGGGCT-------------TTGCAGTGAGTCCCATCCAGTGGC----AGCTCCTCTCCC-----ATCCTGCTGAGACTCCTG----G-A------------------------GCTGTCCCCGGCACCCTGATGGCTGGATCCTACTGCCCCATGTGGCCTTGGCCTGGG--CTGGGGCTGTAGCCTGGCAGCAG---GCATGCTGCCCTGGCATTGGTGTGGGAGGTGGGGTGGGAGTGGGGGCTGCATGAGCTCAGGAGCATCTGGCCTTCTCCCT--GACC--TCTGTCCCTTCTCTTG---------------------------GGACCCTCTCTCCAGCCTCCTGGACTCTG--GG--ACCCCTGGG--TCCTGGCTGGCTCTGGGCTGACCCA--TGTGGCCACTCCCTTGCCTGTTACCTCCCACCCTT--CTGACGACCCTGCCGGGTCCCCTCAAGGCTGTTAGCTCCAGTCTCTACATGGGGCTCTG--     
22 Bubalus_bubalis-NC_059161.1-178006_178088                 83.7%  27.7%    ----------------------------------GCCCCCTGGCAGGAGCCAGGCTCCTGGTCAAGGTGGCCTCC-CCTCAGCCTCCCTAGGCATTTGAGTCTGTCCACAGTG-----------TGGGAGAAGAGTGGGCACCAGCCTGGCATTTGAGGCCCATATACTGGACCAGCCCAGGCTGTCATCAGCCA---------------CCCTGCCTCCAAGCAGGTGGGGGAGGAGGGCAGCTCAGCTCTGACCGTGCCCC-------------------------------TGCCCAGAGCTTG-ACCACAGCCCCGACTTTAGTGTCGAGCATCTCT--TGGC-CTAGGTTCCATGGCCC----------------AGCCTTTCCACC----------------------TGGGCTCACACCC----------------CCAGGGTT----CTGCGCCCATTGCCCACTCACTCAATC-ATTTGTCCAGCA-----GATGTGTGGGTGCCTGTGGGG-GCCAGCCAAGTATGCCTGCCCACTGTCCTAGACCCCAGGCAGCTCCATCTCTC------------CAAGAGGCATTGCCTAACTAAAGCTC--AGGGTCCAGAAACTCAGGGGTCTGCGTG---GAG-GCCA------------------GGTGCTGCCA--GC-TTTGGTGGACAG--------AGGCTGGAAGCC----CGTGGAAGAGGAGGGGAAG---GT--CAGCATCCTCTGAGGAGACAGCACTCACCAAGGGGGTGGGGAATAGGGGT-GTC---AGACACAGACTGCATAGGCACTGCCCCTCAGGC-----------------TGTGGGAGAAGGCCATGGGGA-----TCAGGGTC-CAG-------GCCT-GTAACTTCCCGGGACTCTTGCAGAGCCACTTTTGG--------GGTAACCTTCAGGCCCCAGCTGCCT-----TG-CCCTTCTGGGGTCAGACTCCCTGGCCCCAGGACTTCTCAGGGCCCTCATC-CCACCTGC-CTCACGTACAGTGTCAGCTCATG-GTGAT------G-GGCTGGGGGTGA--CCACCACTGGGAAGGGCTGGGGG--------CTGGGTATTGGGAA--CCAG------------GA----GTGGCCGT-----GGACTCATCCTGGGTCTGGGTGGTGGTCACCTTGGACCTCT-T--GCCAGTGTCCTGACC-CGGGGAGCTGCCCCCG------CATTGTGCTCCTGG-GTCCC--CTCCCCCCAACTGCCATCACACGG-TTTGCTGGGGCCTCCCTCC-----------     
23 Vulpes_vulpes-NW_020356486.1-190328_190511                82.6%  34.5%    ---------------------TCAGTGTGGCCGAGAACCCTTCAGTGTGGAAGGATGGTCTACAGCCGGCATTCA-GGGTCCC-T---AAACCCTTTCACTT-------AGTGGAC-------------CTGCTTTGGTTCCCATCCTGGGCCATGCCAGCATATTTCAGGGGGTGTCCCATGGAGGCCCTG--------------------AGGGGCCTCCTCT--GTGGGCCTCTGAGCAGTTCAGCCCTGACCACAGACACC-------------CCGAGCTTCCTGAAGGGAGCCTGCACTTG-ACTGCAGCACCTT---TAGCGTGGAGTGCCTCA--TAGTACTGGGGTTCCA-------------TGT--CCCAGCCTTCCCACCTGTTCCAGCCA--TGGGTCTGGCTAGCTTGTACCC----------------CCTGAGCT----CCAGGCCCATTGCCACTGCCACTCACTCATTTGTCCAGCA-------------GAGGCCTCTGGGT-GTCCGAGGGGCATGCCCACCCATTTCTCTTGATTCTAGGCCTTCCTGTCC-----ATT-------GTAAGAGGTCGAGTGCTCCCTGGACACTGTCCTCCTGACTGGGGGC-CCAGTGTCC---AGA-GGCTC----AGGGATATGGACTCCTCAACCTC--AGATGAGGCAGGGCC--------TGGGTGTTACCTTC--TGTGGTGGGCAGGAAGCTGGAAATCTGTAGTGGGAGAGGGGA-AG-GCCAGAGTCCCCCAAGGAAAGAGCACTGCTGTGGTGGGGCT-CAGACAGCAAATGGCTCCCACCCTTAGGGC--------------TGGTGGGA-GCAACCACGAGGA-----CCAGCTTCCAGA--------CTT-ATAACTTCCTGGAA-CCC---------------------------------------------------TTAGGGACCTAGTTTTGGGCAGAAAGTGGGA--GCGGCAGTCAGCTTGGAGGTTAGGGGCCACAGGAAGCAGCCACTGGGCCGGGCCGAGGGCTGG-GCGGCTGGAACAGCAGGTG-----CAGCTGAGAGACCCAGGCC------AGTCTACGCAGCAGTTGCCCAGGATCTC-------------CCACCACTGCTGT--CCCAGGTTGGCACCCTGCCC--CACTCTGCT---CCACGATGAGGCTGCCCTAAGCCC--AGGGCA-TGACAGAGGGCTGCCCCTGGGGCTGTTCTCCCAGAGTCCCTCCCCA---CCA---------------------------------------     
24 Chinchilla_lanigera-NW_004955486.1-176860_176904          83.7%  30.9%    -------------------------------GGTGGAGCAGAAGGTGCAGCC--AGAGGGCAGCTCAGG----GC-GTGG---------GACCGGTCATGGT---GGGCAGTGGAG-------------G---------CTCCAAGTTGGCTTCTGTTCCC-ACTGCCTTGGCGTGTGCTGCGGGGGCTGCCGGGCGGGCG-GGG----AGGCCAGTGTTTCTCTCTGAAGGGCTCTGGGTGGCTCTGTCCTGGTTGAGGACACCTGGAGTATC-------------TAGAGGTGCCCAG--GCTCT-GCTGTGGTACCAGCCTACAGGGTAGGAACCTTG--TGGGCTGGGGCTCTGTGGCCCAGGGTTTGAGAGCTGCCCCTAACCCTCCCCGTCAACTGTGTTCTGGCCACATGGCTGGTCAGCTCCAGGGATAGCGGGCCATACTCATCTGACTGCCCAGCCTGCACCCTGATTCCCCCGGTGCTGTCCCAGGAAGTCTGCCGACC------CTTGG-AGGCCACGCTGAGGACAAGCACT-CCCTGGGCATTG--------CCCT-GCTGACCAGGCAT---CTGGTGTCCTGCACTGCAGCATGGTCCTGCCTTCCTGATGAGGGTGGGCTGTGGGCCTGACACCTGCCTGG-GACTTCCTGGGGCCCTGCTCTGCCCAGCCTCTCATTCGGAGTCGGCCACGTATGAAGGCTG---TGTCATCACCACAGTGGGTG-GCGCTGGGCAG--------GGCACAGCAGGAGGGCAACATGGAGATCCTCACGGGGCTGCCCGAGCCAGGCCTGAGGGGCCGCCCCTCCCTAGGGGC-------------TGTGTGGCAGGT-------------------CCCTCTCCT-----GTCCTGGAGGTGTTCCAG----GCG------------------------AGGGGGCCAGGCACCCTCATGACTGAGTCCCGCTGCCCATGTGGCACTGGGCTAGGGCCAGGGGACGTGACCCTGGCAGCAG---GTGCGCTGTCCTGGCACTGGTGTGGGAGGCAGGGCTCGGCTGGGG-CTGGATGAAGACAGGCAGATCTGACCCTTTCCCCCTGGCC--GTTGTCGCCAGCTCTTGCACCCTCTCC-CTGCAGT-GG---CCCGAACCTGGGTCCAGCCACCTGGACTCTG--GG--ACCCCTGGG--TC---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------     
25 Lemur_catta-NC_059130.1-176467_176695                     81.2%  29.9%    -------GCCTTCTACAA-------GATGATGTCCACGCGCCG----GGACCTCTACCTGCTCATGCTGACCTAC-AGCGACC-A-----CAAGGACCACCT-GAGCGTGGCCGAC-------------CTGCAGCGCTTCCTGGAGGTGGAGCAGAAGGTGAGGCCGCCGGGCTGGCCGCTGAGCTTCAGCAGA---------------------------GAC--GTGGGGACGAGGCAGTCACAGCCGGCATCCAGGACCCCGTCGGCTGCGGCCCCCGTGTTCCAGGGAGCAGCCCGCGTGGG-----------TGGGAAAGGTTTGGGGCTTCTCC--TCGGGGC-------CCGTGTC--------AGT--CCTGGCCGTTGACGCCCC-GAGGCCCTGGGGACAGCCACGGCTCGACACGGC--------ACCAGCTGCGGTAT----CCAGCGTCCTGTGGACAGGGGTTCTGTGGCCCAGCCACACG---GGCCTGGCTGGCCTCCCCCTGG-TGCCCAGCCGGGCACGGGGCCCTTTGCCTCGGCCGGAGGGAGTCCTGTCC-----CTG-------CTCACAGGCCG----GTGCCTGGGCCCTGCCCCACTGACCAGGGAC-CTGGAGTCC---TGA-GGTTC----AGCCCCTCAGCCCAGGC-----------CCAGGTGGGGAC--------GGGGTGAC---CAC--CCTGGTGGCAGAAATGGAGCCACGCTGGAGAG-----------GG-GAAACCAGACCCGGTGGAACGAGTGGTCCCGTGGGAGGGGCTCAGGCTGCATGGGGCCCCCAGGGCCTTCG----------------GGTGCTGCTGAGCCCCCTGGAG-----CCCTCAAGATG---CTCCCAGTCCTGCTGGGGTGACA-CCCTGGGGCCTGGCCCAGGT-------GGGAGGGGCCCCACCAGCCCGGCTGCGTCCCTGGCCTGTCGCTGGGCAGCAGGGCTGC--GGTGACGTGGCCCCAGA----------------CAGCCGGGCCTCGTCCTGGCCAAGGTGACA-GAGGGCGGGAATGTGGCCC-----GAGGAGAAAGGGCAGGACTGACCCCTCCTTCCCTGACCTTTGGCCGGAGCTTCCAGCACTTCTCCCTAAAAACCCGTGTCCTCCGGGCAGGGAAGTTGAGC--C------------------------------------------------CCTGGCCTGGCTCCCGGGCCCTAAGCATCCCCCAC----------------------------------------------------     
   clustal                                                                                                                                                                                                                        *                                                                                                                                                                                           *                                                                                                                                                            .                                              .                                                                                                                                                                                                                                                                              .                                                                                                                                                                                                                  .