RNAcode could not find significant results in the alignment.
CCTCTGCCCGCCCCCTGCCCCTGTGTCCTGCCTCACCCCTCTCCTAAATCCCTGCAGCCATACCTGCGTCTTCACCTCCCATGTGCCCCGGAGAGCCCAGCCCCCCATGCCATGGCTTCCATCCCTTCAATTCCCCTCTGCTCGTGATCACGTAGTAGCTTCCCCAAGAAGGCCCGGCCAGTACTGCCCTTGGTCCTCTACAACGCCCCCGCCAGGGTCCCTCAGCGTGCAGACCTGGGGTGGGGATTAACGTCTCTGTGCTTTAGCAGATGGTACCTCTGGGACCCGGGCTTTCTGTGAGCAGGTGTGCAGGAACCGAGGGGGTGAGACCAGTCTGTTCCTGGGCTGGGACAGCTGACTCTGGCCTGGACTCCCTGGACCCTGCAGCCCCCTCTCCTGGGACAAGCTACAGCAGGAGGCTGAATGGAGAGAGGAGGGGAGAGAAGGAGCGAGGCAGGCAGCCTGGGGGAGGGGAGGGGAGGGGTTGTGAAGCTCGGATCCGGCACCACAGCCTCCCAAGTCCATACTGCAGTGCAGGGCGTGCGACGCAGACATTCATGGCACCATTCGTGGCGCTTGTTGCACATGAGGGGTGGGGGCTTTCCTGGAGATGCCCCAGGCAGGGGCACAGGCACTCAGGAATTCGACCGCTCCCAGGAGCCACCTGTGGCCAGGGGCGGGGGCAGGGGCATGGGGTTGCTGCCTGCTAGGCCCACCCCGCCCCTGACAAGGGGCCTCCACTGCACTATGGCCCCAGACAGCCAGCCCAGCCACCTCATCTGTCTTGCCTCGTGCCCGGCCTTCCCATTGTTGAGTTCTGTGCTGGCTCCGTCTGAGTGGTAGCTCTCGGGGCCCCAGGCCCAGCGCCGGTTACCAGGGCTGCTAGGACTGGTCCAGGAGGTGGTGGGAGTGGCAGGTGGCCGAGCAGGGTGGGGAGCAGGGCCCTCAGTTCCCAGGACCATCTGGGGAGGAGTGGCAGGGCCCAGCTGAGCTGTGTGAC
Sequences in the aligment must have a pairwise distance to any other sequence of 10.0%.
Sequences can only have pairwise distance to the input sequence of 60.0%.
Sequences are searched in the RefSeq Representative Genome Database.
Reference sequence (1): Target Identities normalised by aligned length. Colored by: consensus/70% |
cov pid 1 [ . . . . : . . . . 1 . . . . : . . . . 2 . . . . : . . . . 3 . . . . : . . . . 4 . . . . : . . . . 5 . . . . : . . . . 6 . . . . : . . . . 7 . . . . : . . . . 8 . . . . : . . . . 9 . . . . : . . . . 0 . . . . : . . . . 1 . . . . : . . . . 2 . . . . : . . . . 3 . . . . : . . . . 4 . . . . ] 1447 1 Target 100.0% 100.0% -------------------------------------CCTCTGCCCGCCCCCTGC--CCCTGTGTCCTGCCTCACCCC-TCTCCTAAATCCCTGCAGCCATACCTGCGTCTTCACC---TCC-CATGTGCCCCGG-------------AGAGCCC-------AGCC---CCCCATGCCATGGCTTCCATCCCTTCAATTCCC---CTCTGCTCGTGATCACGTAGTAG------------------------CTTCCCCAAGAAGGCCCG-----GCCAGT-------------------ACTGCCCTTGGTCCTCTACAACGCCC--C------CGCCA-GGGTCCCTCAGCGTGCAGACCTGGGGTGGGGATTAACGTCTCTGTGCTTTAGCAGATGGTACCTCTG--GGACCCGGGCTTTCTGTG--AGCAGGTGTGCAGGAACCGAGGGGG-TGA--GACCAGTCTGTTCCTGGGCTGGGACA----GCTGACTCTGGCCTGG-------------------ACTCCCTGGACCCTGCA----------GCCCCCTCTCCTGGGACAA---GCTACAG-CAGGAGGCTGAATGGAGAGAGGAGGGGAGAGAAGGAGCGAGGCAGGCAGCCTGGGGGAGGGGAGGGGAGGGGTTGTGAAGCTCGGA---------------TCCGGCACCAC-AGCCTCCCAAGTCCATACTGCAGTGCAGG----GC---GTGCG-----ACGCAG-------ACATT----C-----------------------ATGGCACCATTCGTGGCGCTTGTTG-CACATG---AGGGGTGGGGGCTTTCCTGGAGATGCCCCAGGCA-GGGG--CACAGGCACTCAGGAATTCGACC----GCTCCCAGGAGCCACCTGTGGCCAG------GGGCGGGGGCAGGGGCATGGGGTTGCTGCCTGCTAGGCCCACCCCGCCCCTGAC----AAGGGG-CCT-------CCACTGCACTATGGCCCCAGA------CAGCCAGCCCAGCC-----ACCTCATCTGTC--TTGCCTCGTGCCCGGCCTTCCCATTGTTGAGTTCTGTGCTGGCTCCGTCTGAGTGGTAGCTCTC---GGGGCCCCAGGCCCAGCGCCGGTTACCAGGGCTGCTAGGACTGGTCCAGGAGGTGGTGGGAGTGGCAGGTGGCCGAGCAGGGTGGGGAGCAGGGCCCT----CAG-------------------------------TTC----CCAGGACCATCTGGG---------GAGGAGTGGCAGG---GCCCAGCT--GAGCTGTGTGAC-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 2 Sapajus_apella-NW_022437067.1-178762_179684 92.9% 67.5% 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3 Galeopterus_variegatus-NW_007727608.1-236538_236913 87.6% 43.5% 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4 Propithecus_coquereli-NW_012152752.1-171153_171510 89.7% 48.5% 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5 Lemur_catta-NC_059130.1-170209_170529 85.7% 43.1% 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6 Urocitellus_parryii-NW_020540697.1-275336_275483 81.0% 36.4% 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7 Tupaia_chinensis-NW_006198262.1-178522_178666 84.4% 38.0% 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8 Balaenoptera_acutorostrata-NW_006725355.1-180660_180969 83.7% 33.1% 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9 Otolemur_garnettii-NW_003852462.1-169406_169501 83.6% 38.4% 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11 Equus_asinus-NC_052181.1-179913_180224 79.1% 30.1% 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12 Monodon_monoceros-NW_021703774.1-183933_184242 80.6% 31.6% 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13 Odobenus_rosmarus-NW_004450599.1-182594_182664 76.8% 28.6% 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14 Chinchilla_lanigera-NW_004955486.1-170932_171229 80.0% 28.4% 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15 Carlito_syrichta-NW_007256000.1-137363_137495 79.0% 31.5% 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16 Ailuropoda_melanoleuca-NC_048228.1-183000_183078 77.6% 29.7% 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19 Neomonachus_schauinslandi-NC_058406.1-181334_181404 78.4% 22.7% 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21 Talpa_occidentalis-NW_023605305.1-178997_179038 77.6% 25.0% 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22 Lipotes_vexillifer-NW_006774135.1-181511_181578 72.7% 24.5% 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23 Odocoileus_virginianus-NW_018338731.1-183453_183557 79.1% 27.3% 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24 Microcebus_murinus-NC_033661.1-168583_168674 79.8% 35.4% 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25 Mustela_putorius-NW_025422005.1-182675_182799 80.2% 29.8% 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clustal : . . . |