RNAcode could not find significant results in the alignment.
GCCCCACTGTGCTGTGCAGGGACCTGGGGGAGCAGCAGGTGAGCCAGGGCCCTCCTCTCCCCGACGGAGCCTATATCTGCCCGACCAGGACTGCCGGCCCTTCCCAGTCTGGCCTCTGGTGTGGGCCCACAGCCAGGTGCATTGCTACAATCCCACCTGAGCTCCCACATCAGGTGTCCTGGCTCAGGCTCACGGGAGGGGCCGAGGCGGCCTGGGGGTGGGTGTGGACCATGGCTGAGGGCTGGGCCCCTGTGTGGAACCACAGAGCAGAGCGTGGCTTCTTCGGCCTCCCTGTGGGCTTTCAGGATGGCCGGGCCCTGGCTCAGGGCAGGCAGGGTGAGCATGAGGGCCCGTCAGTGCAGGCTGTGGGGCTGGGCTCGCCTGCCGGCATGGGGGTGGGGCAGCCCCCTCCGTGACCTTGTGTGGGGGCTGGGCTGGGCCCTGGGCCGGCTCACAGGCAGCACGTGGGGAGGGGTTCTTAAGTCTCTGGGCCTGGGCCCCTGCCACGTCTCTTGGCCCGGGGCACCCCCGGCTTCACGCTGCAGCTGCGGTTCTGTGTCTGCCTGAGTTTTGGAGGGGAGTGGGCGGTCCCTTTGGACCTCAGGGCAGGCAGGGCAGCCCCCGGCAGAGGCCTGTGTCAGGAAGGGATTAGCCAGGCCTCCACCCGCCTGGACAGTTGAGGATTCCAGCTCTGCTGCTGAGGAGGTCAGGGGGCCTGGGGTGCAGGAGCCTGGGACCCACGTTGTGGGGCTGGGGCCAGGCACTCTATGTGTGGCTCCTCTCAGAACCCCTGCCCAGGCAGATGGCGGCCTCCAAGCCCTAACCCCAGCTGATGGGGGATCAGCTAGTGGCTGAGAGCTCAAGGGAGGGAGGGAGGGAGCAGAGGCCCAGCCTTGGGGAGCTTCAAGGAGGGATGGGTGAGAGACGGGAGCACCCCCAGCTGGGGCCAGGCCCAGGGTGAGGGAACAGCAGGTGTGTCCCAGGCCAGGAGGCCTCTGAG
Sequences in the aligment must have a pairwise distance to any other sequence of 10.0%.
Sequences can only have pairwise distance to the input sequence of 60.0%.
Sequences are searched in the RefSeq Representative Genome Database.
Reference sequence (1): Target Identities normalised by aligned length. Colored by: consensus/70% |
cov pid 1 [ . . . . : . . . . 1 . . . . : . . . . 2 . . . . : . . . . 3 . . . . : . . . . 4 . . . . : . . . . 5 . . . . : . . . . 6 . . . . : . . . . 7 . . . . : . . . . 8 . . . . : . . . . 9 . . . . : . . . . 0 . . . . : . . . . 1 . . . . : . . . . 2 . . . . : . . . . 3 . ] 1315 1 Target 100.0% 100.0% ---------------------GCCCCACTGTGCT----------GTGCAGGGACCTG-------------------------------GGGGA--GCA------GCAGGTGAGC--------CAGGGCCCTCCTCTCCCCG--ACGGAGCCTATATCTGCCCGACCAGGACTGCCGG-----------CC------CT--TCCCAGTCTGGCCTCTGGTGTGGGCCCACAG--CC-----AGGTGCATTGCTACAATCCCACCTGAGCTCCCACATCA-GGTGTCCTGGCTCAGGCTCACG-------G-GAGGGGCCGAGGCGGCCTGGGGGTGGG----------TGTGGACCATGG----CTGAGG---GCTGGGCCC-CTGTGTGGAACCACAG----------------AGCAGAGC--------GTGGCTTCTTC--GGCCTC--CCTGTGGGCTTTCAGGAT-GGCCGGGCCCTGGCTCAGGGCAG-----GCAGGGTGA-----GCATGAGGGCCCGTCA--------GTGCAGGCTGTGGGGCTGGGCTCGCCTGCCGGC-ATGGGGGTGGGGCAGCCCCCTCCGTGACCTTGTGTGGGG--GCTGGGCTGG-----GCCCTGGGCCG-GCTCACAGGCAGCAC-GTGGGGAGGGGTTCT-TAAGTCTCTGGGCCTGGGCCCCTGCCACGTCTCTTGGCCCGGGGCACCCCCGGCTTCACGCTGCAGCTGCGGTTCTGTGTCTGCCTGAGTTTTGGAGGGGAGTG--------GGCGGTCCCTTTGGACCTCAGGGCAGGCAGGG---CAGCCCCCGGCAGAGGCCTGTGTCAGGAAGGGATTAGCCAGGCCTCCACCCGCCTGGACAGTTGAGGATTCCA---GCTCTG--CTGCTGAGGAGGT--------CAGGGGGCCTGGGGTGCAGGAGCCTGGGACCCACGTTGTGG-------------------------G-----GCTGGGGCCAGGCACTCTATGTGTGGCTCCTCTCAGAACCCCTGCCCAGGCAGATGGCGGCCTCCAAGCCCTAACCCCAGCTGATGGGGGATCAG--------CTAGTGGCTGAGAGCTCAAGGGAGGGA--------GGGAGGGAGCAGAGGCCCAG---CCTTGG--GGAGCTTCAAG-GAGGGATGGGTGAG----A-GACGGGAGCACCCCCAGCTGGGGCCAGGCCCA-----GGGTGAGGGAAC----AGCAGGTGTGTCCCAGGCCAGGAG----GCCTCTGAG------------------------------ 2 Cebus_imitator-NW_016107460.1-175036_175953 94.7% 67.1% 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4 Propithecus_coquereli-NW_012152752.1-168803_169208 85.9% 36.1% 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5 Microcebus_murinus-NC_033661.1-165600_166014 84.0% 34.3% 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6 Otolemur_garnettii-NW_003852462.1-166358_166789 87.6% 35.6% 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7 Lemur_catta-NC_059130.1-167518_167726 83.2% 31.8% 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9 Tupaia_chinensis-NW_006198262.1-175339_175592 87.8% 36.5% 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12 Vulpes_vulpes-NW_020356486.1-180151_180235 85.9% 35.7% 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15 Equus_przewalskii-NW_007674960.1-178136_178578 90.0% 38.3% 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16 Ceratotherium_simum-NW_004454172.1-175213_175439 89.9% 39.8% 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17 Delphinapterus_leucas-NW_022098043.1-167812_167907 84.2% 34.2% 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18 Camelus_bactrianus-NW_011514262.1-167023_167185 85.9% 35.2% 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19 Orycteropus_afer-NW_006921723.1-159126_159230 87.5% 35.2% 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20 Camelus_ferus-NC_045708.1-179971_180133 86.0% 34.2% 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21 Nannospalax_galili-NW_008355419.1-160839_160984 88.0% 35.5% 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22 Vicugna_pacos-NW_021999318.1-180210_180268 86.5% 28.2% 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23 Rousettus_aegyptiacus-NW_023416284.1-173063_173145 88.9% 36.3% 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24 Mustela_erminea-NC_045623.1-180333_180452 87.2% 35.0% 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25 Mirounga_leonina-NW_023270447.1-179116_179201 88.1% 39.5% 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