Reference sequence (1): Target
Identities normalised by aligned length.
Colored by: consensus/70%

                                                          cov    pid  1 [        .         .         .         .         :         .         .         .         .         1         .         .         .         .         :         .         .         .         .         2         .         .         .         .         :         .         .         .         .         3         .         .         .         .         :         .         .         .         .         4         .         .         .         .         :         .         .         .         .         5         .         .         .         .         :         .         .         .         .         6         .         .         .         .         :         .         .         .         .         7         .         .         .         .         :         .         .         .         .         8         .         .         .         .         :         .         .         .         .         9         .         .         .         .         :         .         .         .         .         0         .         .         .         .         :         .         .         .         .         1         .         .         .         .         :         .         .         .         .         2         .         .         .         .         :         .         .         .         .         3         .    ] 1315
 1 Target                                              100.0% 100.0%    ----------------------------------------------------------------------------GCCGTTCCAGCTCCCC--CAGGGCTCTGTGCACACGGACCAGGAGCCACCCAAGG--GGGCAGAACAAAGTCAGGCCCCAGGG--------CCCCCTCCGGCCTGCTCCCCTGCCGA---GCTGGG----TACTGCCATGGGGTCAGGCCCT-TCCCTCCACAACG---------CCCCCACCTCCTGCTGAGAGCTGGAGTGGCTGC----CACACGGAGGGCGCTGCCAGAGGAGA---------------GGGCAGAGCGTCTGTCCCTGCGGTGCCCTCCAGGTGTGCCTAGGGTG--GCCCCAGCCCCACAGGCCCCGGGCACTTGCCCTT-GGTTCCCCTG------CCCT--TGCTGGGACCCCTCAGGCCCAGCCTGACTCTGG------GATCCCTGGGCTC----CTAGCACGACCACTCTGGGGTCCTGCCTGTGGGGAGGGC-TCGAGGCACCGACTCACACTCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCTCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACAAGTGGCTTCTCTCAGACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCCGGCCCTCCCTCCCGTGCGGCGCCAGTCCAGG--G-----GCCCGGCTGATCTCCAGTGAGCACTGTGGCTGGGGC--------------------------AAGGTGGCCAC-TTCCTCCTCCCTCCCGTCCACCCAAGCACAGCCTCAGCCCCTCCTGCATGCTGGGCCGGCCCTTGGGGGCAGCACGGG---AGGGGGATGCTGGGGC--------------------TGCGAGGGGCAGGGGGGCGCGGAAGAGCCAGGGCCAGGAAGGGCTGCAGGAGCATCTGGCCCTCATGCCTCACTGCTGCTGAGGTCCT-TTGCTCTCCTAGCCCTGGGATGC----------GGCTGCCTCAGGGACTCTTGGTGGCCCTG-----GAGGGTGGGTAGGCTGGCCTGGGGGCCATTGGGACAGCAGGTGACGGTCAGGCCAATGCCAGCCGGGCCCAGGCACAGC--CCTGTGGGGGCTTCAGAGGGAGACACGGG----------------------TGGGCCCAGGGAGGTCCTTTGAAATGTCCTGCTGAAAGGCAGC-AA--GCG---TCGGGAGAGGAGGGGGCTTAGA------------------------------------------------------------     
 2 Aotus_nancymaae-NW_018508829.1-98721_99412           91.4%  64.4%    --------------------------------GCC--------ATCGAGAATCTGTCCCCACCTTTCAGGGCGCTGGCCGTCCCAGCTCCCC--CAGGGCTCTGAGCACACTGACCAGGAGCCACCCACGG--GGGCAGAACACAGCCAGGCCCCAGGG--------CCCCCTCCGGCCCACTCCTCTGCCGA---GCTGAG----AGCTGCCATGGGGTCAGGCCCT-CCCCTCGACAACC---------CCC-CGCCTCCTGCCGAGAGCTGGAGTGGCCAC----CACAGGGAGGGTGCTGCGAGGAAAGG---------------GCAGA--GCACCTG-TCCTGTGGTGCCCTCCAGGTGTGCCTGGGGGCG-GCCCCGGCCCCACGGGCCCCCGGCACCTGCCCTT-GGTTCTTCTG------CCCT--TC-----------------------------------------------------------CTGGGACCCGTGGGGTCGTGCCTGAGGGGAGGGC-TCGAGGCACAGACTCACACTCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCTCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACAAGTCGCTTCTCTGAGACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCCGGCCCTCCCTCCCGTGGGGCGCCGGTCCAGG--G-----GCCGGGCTGATCCCCAGTGGGCGCCATGGCTGGGGC--------------------------AAGCTGGCCAC-TTCCTCCTCCCTCCCTC-CACCCAAGCACAGGCTCAGCCCCTCTTGCATGCTGGGCCTGCCGTGGGGGCAGC-ATGGG---AGGGGGATGTCGGGGA-------------------------------------TGTGGAAGGGCCGGGGCCAGGAAGGGCGGCAGGAGCGTCTGGCCCTCACACCTCACTGCAGCTGGTGTTCT-GATGGCTGGGGAGGCCCTTGGAA----------AGGTCCTGGTGAAAGGCAGCCAGCCTCGGGAGAGGAGGGGCTTTCAGGCAGCCAGGGCCCCCTCTGGACCGGCCTG--------------GAAGAGATGGGCACCCCACCCGC--CCTGTATGTGCTTGCGAAGAGAAGCGGCCGGGCCCTGTCGTGGGAGGGGCTGTGGCACCCGAAGGTGCCCGGGTGTGTGTAGTGTACGCGCCGGGAG--GCCTGTGGGTGTGAGTCGTGGGTTTTGTTGGAAG-AGTC--CATTGATT---------------------------------------     
 3 Propithecus_coquereli-NW_012152752.1-166783_167068   83.4%  36.9%    -------------GCTGGTGTGACGGGTGGAGCACGGCTGGCCCTCGAGAGTCTGTCCCCACCCTCCAGGAC---GCACAGCCCCTGACCCCTACTCAAGTCTTTGTGCACAGGCCGGGAGGGTGGGGCCA--C---------AAGTGGCCCA---------------A-GTGGGCCAAG--TCCTGCCGCCTGCCCTCGGG----ACGGCGCTGTGGGCCTGGGCCTCTCGCCCTCCAAATT--------CTCCCCTCTGCGGCCGAGGGCCGGGCTGCCCGCCA--CGCGGAGAGGGCGTAGTTCGGGGAG-----------------------------------------AAGGACACATCCGGGCAGGTGGGGCTCCAGGCCCTGCTGCTCCCTGC-------CCAG-CCTTCTCTGG------GGAC--GGCCAAGCC-----TGC------------CGA-----TGCCCCACTGCCCCGCTGCCGCCCGGCACAGCCACGGGGGGTCCTGCCT-GGGGGGCGGTCCAGGAAGCCGACTCACACTCTGATAAAGTAAAAATA--GTCGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGGCCAGTCGCTTCTCTCAGATGTTTAAATAATCTCCACCATATGTGTGTGGGCCCGGCCTCCCTCCCATGGGGCGCCGGGCCAGGGGC--------CAGGATGATCCCGCAGGG-CTGGGGCA-----------------------------------GGTGGCCGC-TTCCTCCCTCC--TCCCCACCCCAAGCACTGTCTGAGTGCCTCCTGCACGCAGAGGTGGCCACCGGGGACCGCAGGGCTGTGCA---------GGGGA-CAGGC---------------------------------------------------------------------------TGTCGGGCCACTGCTGCTGGGCGCTC-TAAGCAGGGCGGACGAGGGAAGGGTCCTTCAGAAGCCGCTGTGGAAAGGCCAAGACGTATCAGAAGAGGAAGGGGCTCAGGGGGCCGGGCCAGACCTGGGGCGGGTGCC---GGGCTGTCCCCCGTGCCCTGGGGTCAGCGGACAG--GGCGTGTGCAGTCCCCGCACTCCGCTGTG---------------GGGGGCCGTGGCACCTGCAGGCACCCCTGGACATGC--ACA--CAAGGGGGAA--GCCTGTGGGTGTGATCTGAGGGTTTTGTTGGAAGATTAA--ATTGATTTTCCAGCCCCCCGGGGAGAGGCGGATGCCGCGC-------     
 4 Microcebus_murinus-NC_033661.1-163678_163938         83.1%  35.7%    ---------------------TGCAGCTGGGACAGCTCTGGACGCCTGTGCCCATCACAAACCCTGCTGTTCACTCCCTGTGGGGTGACCCTCGCTCTGGGCTCCGTGGG--GGCCCTGATCCTTCTCGTA--C---------CAGTGGGGGTG------------GACCTGACTCTGCT--GACCCCCCTTTGTAGAACCG----GCAGCGCTGTGGGTCTGACCCTCTCGTCCTCCAAACT--------CTGCCCTCTGCGGCCGAGTGCCGAGCAGCCTGCCA--CGCAGAGCGGGCGCAGCTAGAGGAG-----------------------------------------GAGGGCACATCCGGACACGTGGGGCGCCGGTCCCTGCTGCCCCCTGC-------CCAG-GCCTCTCCGG------GGAT--GTCCGGCCG--GCCTGC------------CGC-----CGCCCCACCGCCCCGCCACCGCCCTGCGCAGCCACGCGGGGTCCTGCCGGGGGGGGGGGCTCAGGGAGCCGACTCACACTCTGATAAAGTAAAAATA--GCCGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGG--GGGGCGAGTCGCTTCTCTCAGATGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCCGGCCTCCCTCCCGCGGGGCGCCGGGCCAGGGGC--------CGGGATGATCCCGCAGCGGCCTGGGCA-----------------------------------GGTGGCCAC-TTCCTCCCTCT--GCCCCACCCCAAGCACTGTCTGAGCGCCTTCTGCATGCAGAGGTGGCCACCGGGGACCCCAGGGCTGAGCA---------GGGGACGAGGC---------------------------------------------------------------------------TGTCGGGCCCCTGCTGCTGGCCGCTC-CAAGCAGGGCGGGCGAGGGCAGGGCCCTTCCGAAGCCGCTGTGGACAGGCCAAGATGTGTCAGGAGAGGAAGGGGCTCAGGGGCTGGGCCAGACCTG--GGCAGGTGCC---GGGTTGTCCCCCGTGCC-TGGGGGCAGGGGGCAG--GGCGTGTGCAGTCCTGCACCC-CGCTG-T---------------GGGGGCCGTGGCACCTGTAGGCA-CCCTGGACGTGT--ACA--CAGGCAGGAA--GGCTGTG-GTGTGATCT-GGGGTTTTACTGGAAGATTAA--ATTGATTTTCTCCTGGGGGAGACGGCTGCCCCGGCGTCTTGTCAGTG     
 5 Tupaia_chinensis-NW_006198262.1-172619_172919        87.9%  33.4%    -------------------------------NNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN---NNNNNN-----CTGCTGAACGCCGGAG-CCACCTGCCACATGAAAATGACACTGATGGAGGAA----------------------------------------------------AA---GCACACGTCCACCTGAGC-----------------AGACC---AGCCATCAGGCTGTCCTCCCCCAGGCT-GTCTGGGA---TCCTGAAGGCCCGCTGAATTGATCAAATGACCCCTGGGCTGGACA-------GTGGCCATCGAACTCCTCAGGGCCCAGTTCTAGCTCCCGTGTCCCCCGGGAATAGGC---------------AAGACACAGGGTCCTGCCTGGGGAGGGCTTGAGAGAGCCGACTCACCCTCCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGGAAGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACGAGCTGCTTCTTCCAGACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTTCTGTGCGGCGCTGGGCCAGGGGC--------CGGGCTGATGATCTCTGATAGGCACCACCATCCACACCGCCCACCACAGCGGCTGGGGCAGGGTGGCCAC-TTCCTCTTTCCTCCTCTCCACCCCGAGCACAGCTGAGCACCTCCTGCCTGCGGAGTTGAGCCTGCTGGAGAGAGCAGTGGTGGGCAGATCTAGGGTGC-------------------TGGGGAGGC-AGGCAGCAGGCTGAGGACCCCCCCCCAGGGG-----TCTGGGAAAG-GGACAGGGCTGGAGAAGGCTCAGAGGATCCTTGCCTCTGTATGTCCCACGGTTACGGATCATTCTACATAAGGTAGACACAGGAAGGCCTATCGA----AAGTC--TTACAGAAAGGCAG----AGAAGGGACTAGCAGTTAGTGTAATGGCTACGTCGCTGGACTCCCATGTA------GTTGACTGTGGTTCGAGTCC-CGGACCCG---------------GTGGCTTAAACTCAGGCC---------------------GG--GCGC----GT--GTGCGTGCCCAAGATCTTGAGAGGAGAA-AAAAGG-----------------------------------------------------     
 6 Ceratotherium_simum-NW_004454172.1-172240_172609     87.6%  29.8%    ---------------------------------------------------------GGCCGTGGGAGGAGAAGGGCACAT-----CCTGGC------GAGCGGAGCCTCTGGTGTAGACT------------------------TTTCTCTCCCACTGC-------TCCCC---TGGCCC-----CAGCCNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCGGCCAAATGACCCCCAGGCA---------CCACT-GCCCTCGTGTGACCCTTGAGCCAGCCCTGGCTCCCGTGACCCCCGGGCGCCCAG--CACAGCCACCCTGGGGTCCTGCCTTGGGGG----GAGGGGGTTGAGGGCTCCGAGTCACACTCCTTGATAAAATAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCG------------CCCAGAC-GTGGGGTGAGCTGCTTCTCAGACGTTGAAATAATCTCCACCATATGTGTGTGGGCCCGTCCCTCCCTCCTCTGAGGCGCTGGCCAGGGGCT--------GGGCTGGTCCCCCGTGGGTGCGCCGGAGCCCGACGCA-----------GCGGCTGGGGCAGGATGGCCTC-TTCTTGCTTCCTCTTGTCCACCCAAGTGCAGTCTGAGCGCCTACTGCATGTTGAGCTGGGCCAGCAGCAGAGCCAAGACGCAGTGTGGAGAGGCGGGAACTCAG-----G--GCTGCCGGGGAGGC-GGG-TGGGGGCTGAGGAC---CCCGT-----------GGGGGGCCG-TGG----CAGGGACAGGGCCAGAGGAGCCTCAGGCCCCACATGTCCCACTGCTGCTGACCGTTCGAAGTAAAGTGGACATGGGGAGGGCCTTCA-----------------AAAAGGCAA----AGAAGTATTGGAGGAGGAACGGGCTGGAGGCAGATGAGCAGGGCTGGGTC------AGAGGGTCCCGCCTGAAGTC-CAGGGCCA---------------GCACCCTGCAGGGAGTGG---GGATGTGCCGCACGC--CAG--GCTCGTGCGT--GTTTGC--------TCAG-TGACGGGAC-CAGTGAGCAG----GGCGT----------------------------------------     
 7 Chinchilla_lanigera-NW_004955486.1-166673_167029     86.4%  33.8%    ------------------------------------------------------------CC--AGCGGTGTGGGGG--CTGGAGTGTGGAC----G----CTGGGGGAAGCGTGCCCATCCT---CTAAG--ATGCTTGCTACCCCGGCCACTCCTGAGGTCCGAGTGCTCAGAAAGACAGA------GCAGGGGCCTTGCTTTAGGCGAGGCGGGCGTCAGGCCCT--TCCCACCGCAGAG--------GCCTCCACACCTGCTTACGGCTGGGGTCCCCTGC---CTCACGGCAGGCCCAGCG------------------------------------------GAAGGACCAGGGTGTGTATGGTTCCTGC--TGTGCTGACCTGTGGACCT--GTCACTGACTCCA-GGCTGGGCAGTGGCTACCGTCTCACTGCCCTTGCTGCTACCCTA-AGGC---CTT--GGCTCTGGTGCCCTGGG-GAGACTGGCGGCACCGTAATGGGGTCCTGCTGGGGGAGGGCTGGAGGGAGCCGACTCACGCTCCCTGATAAAGTAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACGCGTCACTTCTCCCAGCCGTTTAAATAATCTCGGCCATATGTGTGTGGGCCCGTCCCTGCCTCCCTCCCTGCGGCGGT-G---GCC-AGGGGCCGGGCTCCTCCCAGTGGGCGCTGCCGC-AGGACT--------------------G-GGG-CAGGAGGCTGCCT-GCTCCTTGGCCCCTCCACCCCAGGCACAGTCTGAGCGCCTGCTGTATGCAGAGCTGGGCCCCATCAGGTGGGGCTGGGGAGGGGCAGGG-AACC--------------------CAGCTCCAAT----GAGAGCCGGGCTACTCTCAGCG--GGGC-------------GG-GCACCAGAAGGCCCTTGGGAAGGCGAGGAGG-AGGGCAAGAGGCC----TGGGGGCAGC------CAGCCCAGGGGAC--CATGCGGTGGTGCCCAGGACTGAGGG-----------------GAAGACTGT-----------------GC---TGGCCGCACGACCTCTCTGAGT-G--TGGT--------TGCTGTGCCCCGCTCCC----------GGGAGGAGGGCCACACACCTGCAGGTGCCCCGTGCGCTGCC--CA---GCTTGGGAGT--GTCAGTTTGTGGGTTTAGTTGGAGGATTAAATTGATTT---TCCAGCTTTTCCTGGGGAGAGACAGACA---CGCTGAGCTGCC----     
 8 Galeopterus_variegatus-NW_007727608.1-231090_231497  90.3%  48.8%    -----------------------------------------------------------------------------------------------ACAGACTGGAGGGGAGGGGCCAGAGGCCACGGAAGT--GGGCAGAACAAAGTCTGGCCGGCCCATCCTCAGGGCCCCTCTGGCCTTCCTCACTGCTGG---ACCAGG----CGATGCCATGGAGTCAGGCCTC-CCACCCCCTGAACT--------CTCACCAGTCCCACTGCAAGCCGCAGCCACCGGCCC-TGCGGACAGGGCACTGCTGGAGGAAACGGTG-TA-TCCGACCAGCAGAGCATCGTGCCCTGCGGTTCCCTCCCCAGCC--------CTT-CCCCAGGCCTGTCTGGGGC-------CGGCCCCA-GG--------------TGCT--GGCCTAGGCCCGTGAGCCCCAGTCTGTGCAGTGGCCACTGGCTCCTGTGCCCCCAGCACCAGGTGTGGCTCCCGGGAGTCCTGCCTGGGGAGGAC-TGAGGAAGCCGACTCACATTCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----ATGCGGG-GGGGACGAGTGCTTCTCTCAGACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCCGTCCCTCCCTCCTGTGCTAGCAGGGCCAGGG--A-----C--GGGCTGATCCCCGGGGCTGGGCAGGG------G--------------------------CTGCCGCCTCC-TTCCTCCTCTC------CACCCCAAGCCCGACCTGAGCGCGCACGGCCTGCTGGGCTGGCCCACAGGAGACACAGCGCGGGACAAAGACCTCAGGCCACCGGGGGGCAGGCAGCGGCTGAGGACCCCGGGGGGCTGTAGAAGGGACAGGGTGGGGAAGGGCTGGACGAGTCAG-GCCCTGGATGTCCCACTGCTGCTGACCGTTC-TAGGAAGGGTGGACATGGGG--A-------------------GGAACCGTTTGAAGGTCCTCCAGAAAGAAGTGTTAGAA-GGGGAAGG--GGCTTCGAGGCTGCGCCGGGCCGGCAGGTGGGGCAGAGCCAGTTCCACACAGGGA--GGTG----------GGAGA----------------TGTGTCCCCTGCGCCTGGGCCCCGCACATGCCTGAGCAAGGGGGTTGCATCCAGGTGCGGGG--GGCGGGGGCTGAGGCTCCCG----------CAGG-TGCC--CGTCCG-----------------------------------------     
 9 Octodon_degus-NW_004524689.1-169363_169661           87.8%  36.3%    -----------------------------------------------------------------------------------AGTGTGGAT----G-----CTGGGTACGTGTGCCCGCCCT---CTAAG--ATGTGAGCTACCCTGGCCACTCCCAGAATCTGAGCCTGGGGCAGGAAAGAGCAGTGGCCGTGCTTCGGAGCCAGGCGAGGCAGGGGTCAGGCCCT--CCCTAGCCCGGAT--------GCCTCCGTACCTGCTGATGGAGGGGTCCC-CTTG---CTCATGGCAGGCCCAGCTGAAGGATCAGGGTTTC-------------------------TACAGTTCCTCCCTGGCTTGTCTGGGGGT--GGCCCTGGCCTGTGTCCCT--GTCACTGACCCCA-GGCTAAGCAGTGACTACTGTGTCACTGTCCTTGCTGTGGCCCTA-AGAC---CCT--GGCTGTGGTGCCCTGG--GGGACTGGCGGTGCCACCCTGGGGTCCTGCTGGGGGAGGGCTGGAGGGAGCCGACTCATACTCCCTGATAAAGTAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACGCGTCACTTCTCCCAGCCGTTTAAATAATCTCGGCCATATGTGTGTGGGCCCGTCCCTCCCTCCCTCCCTTCCTGCGGTGGTGGTC-AGGGGCCGGGCTCCCCCCAGCGGGCACCACTGC-GGGCTG--------------------G-GGC-A-GGAGGCTGCTGCCTGCTCCTTGCCCCCAAGCCCAGGCGCAGTCTGAGCACCTGCTGTATGCAGAGCCCAGCTCGAGCAGGGGGGCTGG-GGGAGGGCAGGC-AGCC--------------------CTGCTCGGAG----GAGATCCAGGCCACTCTCAGTG--GGGC-------------GG-ACACTGGAAGGCCCTTGGGAAGGCCGGGCGG-AGGGCAGCGAGGCTGGGGGCAGCCCGC------A-----AGGGGAC--CGTGAGGTGGCGCCTGGCACAGCAGC--------ATGA-T---TGTCCCCAT-----------------GC---CAGCCACACGGCCTGAGGA------------TTGTGCTTCCTGCACCCCACTCGT----------GGGAGGAAGGCTGCACATCTGCAGGTGCCCTTCGCGTGCGC--AC---GCGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGCGTGTACGCGAGTGCGTACACGCACACA--TGCCGCTAAGCCCAGGGGGTGTCAGT-------TTGTG---------     
10 Castor_canadensis-NW_017871110.1-159794_160073       85.1%  33.7%    -------------------------------------------------------------------AGGACAGGGTAGCCAGAAGCCCCTC----AGGTGGTCAGGACATGGTCTGGTTGGCCTGCTTCA-GGCCCTTCTGGTCCTCCCCACTGCTGGACTGTGGGCGATT-----------------TGTGGGGTCAGGCCCTCGCCACCCACAGA------------------------A--------GTCACTGCTCCTGCTGGAAGTTGTGCTCCTGTGT---GGTGA---GGGCAC---TGGAGGAAAAAGGTATCTCCAACTGCACACAGCAC----AGCTATTGCTCCCTCCCCAGGCTTGTTGGGGC--CCCCCAGGCTTGCCAACCAGGTCAAATGACCCTG-TGCTGGGCACTGACTGTTGT--CCCCACTGCCCAGCCTGACTCCTCCTGCGCTAG--CCCTGGCTC----AGGG-CCCCAAGAAACAGACAGCCCTGGGGTCCTCCTGGGGAGGGCTGGGGGGAGCTGGCTCACACTCCCTGATAAAGTAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----ATGCGGG-G--GACAGTTGCTTCTCTCAGACGTTTAAATAATCTCAGCCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTCCTGGAGCTGCGCTGGGC------CAGGGGCCGGGCTCATCCCGGTGGGTGTCACTGT-GGGGC---------------------T-AGGCAGGGCCACTTC---CTCCTTCCTTCTTTCAACCCCAGGCACTGTTTAAGGGTCTGCTGCCTGCTGATCTGACCTGCGGGAGATCAGGAGGCCTTAGTCCCCCATGTTCTA---TGC--------TGAGTAGTTAGGAG----GTGGAGGCTAAGGTCCA--GGG--GTGGGTCATTTGTTGTGGT-GTATGGG-----CCATGGGTGAGTGGG---G-ACCCTTTCCCACCCTTCAGGGTGCTGG------TCTCCCCTGGCTGTCCCAGGTGTCTGAGACACCTGTAAGTAGAGTGGCCATGGAT---GGACCCTTTGGAAGGTTGGTCAGGAAGG---CA-----------------------------------------------------------------AAGAGGCTTCAATGAGGGAATACAGATTTGTTATGCAGC--GT---GGAGCCACA------GCTGCACTGGACAGGGAGGAGGGAGACTGTCCCCAT-GCCCAGCCCTGTCTGTGCTCACTAAGTGG---AGGTGAGT--------     
11 Acinonyx_jubatus-NW_020834739.1-177425_177792        89.3%  38.1%    -------------------------------------------------------------ATGATGCCCTCGGGCCCCCTTGCTTCTGAGC------CAGGTGATGCCGCGGGGCTAGGC--------------------CCCCCTGCCCACAAAACTC-------TCTCC---TGGCTC-----TTGCTAGAAGGCTGAG-CCTCTGGCCCCACGGCGAGGATGCTGTGGGAGGAGAGAGGC---------------ACATCCTGGCAGGTGGAGTGTCCAGC---ATGA---AGCCCCATCCCCGGCTGC-----------------TCCCCTGTCCCCCGGCC------CTCCCCCAGTCTTGTCTGGGGCCAGCCCTGGGCCTCGCTGGCCTGGCCAACCGCCCCCCCCTCCCCCCAGGGTCTGCTGCCCTCGTGCAGACCCTCGGGCCAGTCCTGGCTCCTGTGCCCCCTGGGCGCTGGG--CACGGTCACCCTGGAGTCCTGCCTGGGGCGGGGAGGGGGACTTGAGGGAGCCGACTCGCACTCCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGAGGAGGCGCCCAGACGGGCAGGGGGAGG-GGGGCGCGAGCTGCTTCTCAGACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTCCTGTGAGGCGCTGGCCAGGGGCC--------GGGCCGATCCCCCGTGGGTGCACGCGGGAGCCCGGTG-----------CAAGCAGC-TGGGGCCTGCTGA-CCTCTTCCTCTTCTTCTCCACCCAAGCACAGCCTGAGTGCCCGCTGCATGCGGAACTGGCCCCGGTGGAGAGCAGAGATGTGGCTCGGGGCGACAGGGGGGGTG-------------------------------CTG--AGGACCGGTGAGGGCTGT-----GGCAGGGACA-GGC----CGGCCTCCAGGCCAGTGGAGCCTCGGGCTCCGTGTGTCCGGCCGTTGCTGTCTGTTCTGAGTCAAGTGGACACGGA-AGGGCTCCCTT----GAAGATCCTTCAAAAAGGCAG----AGAAATGTCGGAGGGGAGAGGGGCTGGCGGGGGGGGGGGGGGCGCTGCCC------AGCCTGGGACCCAGGGCC------------------------------GGTGCCCTCAGGGAGGGGGGAGGAACGCGCCC--CAC--ACCCTGACCC--CTGCGCTCATTTGCTCAGTGAAGGGGCA-AGGGAGGGCC----TG-------------------------------------------     
12 Puma_concolor-NW_020338243.1-176241_176619           89.3%  29.2%    -------------------------------------------------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NNNNN---NNNNNN-----NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---------------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCCCCCCCGCCCCAGGGTCTGCTGCCCTCGTGCAGACCCTCGGGCCAGTCCTGGCTCCTGTGCCCCCTGGGCGCTGGG--CACAGTCACCCTGGAGTCCTGCCTGGGGCGGGAAGGGGGGCTTGAGGGAGCCGACTCGCACTCCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGAGGAGGCGCCCAGACGGGCAGGGGGAGG-GGGGCGCGAGCTGCTTCTCAGACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTCCTGTGAGGCGCTGGCCAGGGGCC--------GGGCCGATCCCCCGTGGGTGCGCGCGGGAGCCCGGTG-----------C-AGCAGC-TGGGGCCTGCTGA-CCTCTTCCTCTTCTTCTCCACCCAAGCACAGCCTGAGTGCCCGCTGCGTGCGGAACTGGCCCCGGTGGACAGCAGAGATGCGGCTCGGGGCGACAGGGGGGGTG-------------------------------CTG--AGGACCGGTGAGGGCTGT-----GGCAGGGACA-GGC----CGGCCTCCAGGCCAGTCGAGCCTCGGGCTCCGTGTGTCCGGCCGTTGCTGTCTGTTCTGAGTCAAGCGGACACGGA-AGGGCTCCCTT----GAAGATCCTTCGAAAAGGCAG----AGAAATGTCGGAGGGGAGAGGGGCTGGCGGGGGGGGGGGGGGCGCTGCCC------AGCCTGGGACCCAGGGCT------------------------------GGTGCCCTCAGGGAGGGGGGAGGAACGCGCCC--CAC--ACCCTGACCC--CTGCACTCATTTGCTCAGTGAAGGGGCA-AGGGAGGGCC----TG-------------------------------------------     
13 Sus_scrofa-NC_010448.4-165538_165757                 89.6%  41.5%    -------------------------GTACCCCACCCTACCGGAGGCC---------------------------------------------------------------------AGGCCCCTGGCATCA--AACGCGCATC-TCTCCCGCTGGGGGGCCCAGCTCCCTGCCCTGGGCGTGGGCTCTGCGGGAGGAAAAGG----GCACATCCTGGCAACCATCTCC-CTCCCCAGCTGCTT--------CCCCCTCCTCGTCCTCCCCTCCTCCCCCGCTCCTCCCCCCACCCCGTCCTCTGCTCCCCTGT----------------CCCCACCTCCCGTCCTCTGCCTCCCCCTGCCAGGCTTGTCTGGGGCCAAGCCCAAGCCTTGCTGACCTGGCCAAATGGCCCTCCGGCTCCACTG------CCCT--GGCATGGATCCTGTGGGCCAGCCTGGGCTCCTGTGCCCCCAGCCCTGGGCA---------CGGCCACCCTGGGGTCTTGCCTGGGAGGGTGGGCT-TGAGGTGCCAACTCACACTCCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACGCGCTGCTT--CTCAGACGTTTAAAAAATCTCCGCCATATGTGAGTGGGCCCGTCCGTCCCTCCCTCCCTGAGGCGCTGGCCGGGG-----GCCGGGCTGAGGCCCCGTGGGCGCTGGAGCCCGTGTGG------------------G-GCTTGGGCGGGGCCT-GTCTTCCTTACCCTTCTCGGAGCA---------------CCCAGAGCACCCAGAGGGCTGAGCACCCGGAGGGCTGAGCACCCAG--AGGGCTGACC---------------CGCGGAGGGGGCT--------GGTGGCAGGAACAGGCTGGTGGCAGGGCCAGAGGCGCCTCGTCCCCAGGGGTCCCGCCGCTGCTGACGAT---TGCGTCAAGTGGATCTGGGAGGGGCCCGCTCAAAGGTCCTTGGGGAAGGCAAAGACCCATCCGAGGAGGGAGGGGCTGGG-----------GGCAGATGCGGTGGGG-----GGGCAGGTTTGCCCCATGAAGGGTAAGGGGA--C--CCTGTGTGCACTGCTGGGG------------------------GAGTGCCCGCAGCACTCATGGGTCTGTGTGCGTCTGTGTGTG-TGTTTGT--GT--GTGTGTGTCTGTGTGTCTGTGTGCTCGCGCTGGGAAGCC--TATG-------------------------------------------     
14 Heterocephalus_glaber-NW_004624818.1-168530_168788   86.3%  33.8%    ------------------------------------------------------GGGGATGGCCAGTGGTGCAGGGG--ACAGAGCATGGG---------CTCGGGATGACGGTGTCTATCCT---CTAAG--ACGCTCGCTACCCTGGCTGCCCCTGGG--------------------------GTCTGAGTGCTGCGGAGCCAGATGAGGCAGGGGTCAGGTCCT--CCCCACGCCAGAA--------GCCTCCACACCTGCTGATGGCTGGGGTCACCCGT---GACACGGCAGGCCCAGCTGGAGGACCAGGGTGTG-------------------------TGTGGCTCTTCC--CAGCTTGTCTGGGGC--GGGCCTGGCTTGCTGACTG--GTCACTAACCCAG-GGATGGGCAGTGGCCACTGTCTCACTGCCCTTGCTGAGACCCCTACAGC---CCT--GGCTCTGGTGTCCTGGA-GGGACAGGCAGCACCACCATGGGGTCCTGCTG-GGGGAGGCTGGAGGGAGCCGACTCACGCTCCCTGATAAAGTAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCACCCAGAC-----GTGCGGGGGGGACGAGTCGCTTCTCCCAGCCGTTTAAATAATCTCGGCCATATGTGTGTGGGCCCATCCCTCCCTCCCTCCGAGCGGAGCT----GGCC-AGGGGCTGGGCTTCTCCCAGCGGGTGCAGCCAC-AGGACT--------------------G-GGG-CAGGAGGCTGCCTGCTTTCCTTC--------TCTCCACAGCAGTCTGAGCACCTGCTGTATGCAGAGCTGGGCCCCAGCAGAGTGGGGGCGGGGAAAGGGCAGGAGCCCA---GCT--------CTGCAATGTCCCAC----AGAGACGGGGTCACTCTAAGTG--GGGT-------------GG-ACACGGGAAGGCCCCCTGCAAGGCACAGAGG-AGGGACAGAGGCC------CGGGGCTC------AGGCCCAGGGGCC--CGTGCGGTGGTGCCCTGCAGGGAGGC--------GGGA-A---CGGTCCCTC-----------------AG---CCCGGCTGCACATCCTCTGAGT-T--AGTCTGTGCAGTTGCTGTGCCCTGCTCCT----------GGGAGGG-GGCTGCACACCTGCAGGTGCCCCGTGTGTGTGT--GT---GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGCACTCACAGGCACACGCGTGCACCACTAAGCCCATGGGT----------------------------     
15 Cervus_elaphus-NC_057828.1-179047_179397             87.7%  41.5%    -------------------------GCAGCCCGAGATGGCAGAGCAGAGCCTGGCCGCTCACCCCTGCCCCCACTGACCCTCCTCACTGCCC--AGCTGGGTGAGACATCCGGGCCAGGCCCCCGCCAACC--AAAGGCTCCT-CTTTGTGCTGGAGGACCGAGCTGCCTGCCTGCGGGAGGGGCCCAGCGGGAGGAAAAGG----GCATAGCCTGGTGACAGTGTCT-----------------------------------------------------------------------CCCTCCCCGGCAGC----------------TGCCCCCGCCACCAGCCCTCAGCCCTACCCCAGGACTGTCGGGGGCCAGGCCCAGGCCTTGCTGACCTGGTGAAGTGGCCCTTCAACTCCACTG------CCTG--GT-GTGGACCCCTCGGGCCAGCCTGGGCTCTGTGCCCCCAGGCCTTGGGCA---------CAGCTTCCCCGAGGTCTCGCCTGGGAGGGTGGACTTGAAGGCGCCAGCTCACACTGCCTGGTAAAATAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCTCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACGCGCTGCTT--CTAG-ACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGAGTGGGCCCGTCCCTCCCTCCTGGAGGCGCC----GGCCA----------GGGGCTGAGGCCCCGTGGGCGCTGGAGCCCAGCG---------------------------CACTGGCCCT-GTCCTCCTTCCCCTTCTCCAGCCAAGCACTGTCTGAGCGCCCACTGCATGCTGAGCTGGGCCCTCCATGCAGTATGGGGAG------AGGGCGG------------------AGGGTTGAGGACC--------CAGTGGGAGCCTGCAGTGGGGGCAGGGCCAGAGCAGCCTTGGGCCCATGTGTCCCACTGTCGCTGACCACTC-TGAGCAGAGTGGATGCAGGAATGGCCTGTTCAAAGGTTCTTCAGGAAAGTGCAGAAGCCTCAGAGGAGGGAGGGGCTGGA-----------GGCAGGCGAGCAGGAGAGGAGATGCAGGTTTGCCCC-TGAAAGGCGAGTGGA--C--AAGGCAGATGCCCCGCGTG------------------------GAGAGCCCGGGCGCCGCAAGAGTCCGTGTGCATGCATGAGTG-TGTG------T--GTGTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGCTCACGCCAGGAAGAC--TGTGGGT----------------------------------------     
16 Otolemur_garnettii-NW_003852462.1-164304_164545      87.7%  38.0%    ------------------------------GCCATCTC-------CCACTGTCTTTGCCCACTAGGATGCACATCCCATGGTCCCCCACCCTC-----GATTTTTGTCCACAGGTCAGGGGAGTGGAGCTC--AAGTGGGAAGAAGTCCCACCAGCCCGCCCTCAGGACCCCCCGCCCCATCTCCCTTGCTGCTGAGCCATG----CAGTGCTGTGGGGTCTGGCCCTCTTACCCTCCGAACT--------CTCACCTCTCCTGCTGAGGGCTGGG------------------------GCTGCTAGAGGAA-----------------------------------------AAGAGCACATCCTGCCAGGG-GGATGTCAGCCCCTGATGCCCCCTGC-------CCAG-CCTTCTTTGA------CCCA--GCAAAGTAC--AGCAGGCTGGGCAGTTATCGCTGGCTCCATAGGCTTAGCTCCCGGACCCCAGCACAGCCACCTGGGGACCAGTCT-GGGGAGGGCTTCAGGGAGCGACTCACACTCCTGATAATATAAAAATA--GTTGGGAGGAGGCGCCCAGA-----CGTGCGG-GGGGTGAGTTGCTTCTCTCAGATGTTTAAATTATCTCTGCCATATGTGTGTGGGCCTGGGCTCCCTCCCGTGCGGTGCTGGGCCAGGGTC--------CGGGATGATCCCTGCAGTGGCCAGGCA-----------------------------------GGCGGCTGC-TTCCTCCTTCC--TCCACATCCCAGGCACTGTCTGGGTACTCTCTACACCCTGAGTAGCCTGAAGGCAGGGCTGTGGACCATGGGGCGTGC-GAGGGACAGGGCTTCTGGG-AGGTCTGAGGAGCC-------CTGGCCCAGGGT----------------------------GCCGTTGAGCAGCCAACTGCTGCTGGTCGTTC-TGAGCAGGGTGGGCATGGAGAGGGTCCCTCTGAAGTTTCTGAAGAAATGCAAAAAAATCTCAGAAGAAAAT---CTTCAGGGAGCCAGGCTAGACCTGCAGTGGGTGCT---ATGCCGTCCTTGTGCCC--AGGGTCAGTGGTAAATATGTGTAGTCCCTGTGCCCCAGCAGTGGGA---------------GGGGGCTGTGGCTCCTGAAGGCACTGCTGGACGTGTGTGCA--CAAGCCAGGA--GGCTGTGGGTGTGATCTGCGGGTTTCAGTGTTA-------------------------------------------------------     
17 Eumetopias_jubatus-NW_020998655.1-177052_177383      86.9%  35.0%    -------------------------------------------------GGTGTCCCCCCAGGACTCCCTCTGGCCCTCCTTGCTTCTGAGC------TGGGTGATGCCGTGGGGCTGGGC--------------------CCCC-TGCCCACA---AAA-------CTCTC---AGGCTC-----TTGCTGGAAGGCTGAG-CCGCCTGCCCCACGGGGAGGGTGTTGCGGGAGGAAGCAGAC---------------ACGTCCTGGCAGGTGGGGTGTCTAGC---ATGG---ACCTCCATCCTCTGCTTC-----------------TCCCCTGCCCCCAGCCCCTAGCCCTCCTCCAGGCTTGTCTGGGGCCCGCCCTGGGCCTCGCCAGCCTGGCTGAC---------CAGCCCCCAGGGGACCCTGCCCTCATGCACACCCTCGGGCTGGCACTGGCTCCA--TGCCCCTGGGCACTGGG--CACAGTCACCCTGGAGTCCTGCCTGGGGGT--GGGGGGGGCTTGAGGGAGCCGACTCACACTCCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGAGGAGGCGCCCAGACGCGCAGGGGGAGG-GGGGCACGAGCTGCTTCTCAGACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTCCGGCAG--CGCTGGCCAGGGGCC--------GGGCCGATACCCCGTGGGTGCGCGCGGGAGCCCGGTG-----------CAGCAG-C-TGGGGCTCGCTGA-CCTCTTC---CTCTTCTCCCGCCAAGCGCAGTCTGAGCACCTACTGCATGCGGAGCCCGCCCCAACAGAGAGCAGAGATGTAGCTTAGGGTGACAGACGGGGGC-------------------------------GGCTGAGGACCCCATGGAGGGCT-----GTG-----------------------GAGGCTCTGGTGGGGGTCCGGCCATATGTCCCGCTGTTGCTGCCCATTCTGAGTAATGTGGACACGAGAGGGGCTTGCTT----GAAGAGCCTTCAAAAAGGCAA----AGAAGTGCTGGAGAGGAGAGGGGCTGGCCGGGGGCTCAGG-GAGGTGGGA------GGCGTGCGCCCCACGCCCCG--GGCCCTG---------------TGTGCGTTTGCTCAGGGAGGGGGCAAGTGAGCAA-----GG--GCCGGGGTCT--GTGCCTGCACACCCTTGTGGGAGGGGGC-CTGCAGCACC----TCCGTAGTCTGC---------------------------------     
18 Microtus_oregoni-NW_024543064.1-162975_163212        84.4%  32.8%    -----------------------------------------------AGAGACTGTTTCTACCCTCTAGGCTGCTCATATCCTTGGCTGCCC----CAGGCATCAGAATGAGGTCTGGTGGCCTGTCTTAG-TCCTCCTCTGGCCCTGCCCACTGCTCGGTCAGG--CAGTG-----------------CGATGGGTCAGGCCC-----------ACCC-CT-CCCCG--CCCCTGACAGAAC--------TTGCCTCCTCCTGCTGGAAGCTGGAGCGGCATGC---CACGGGGAAGACACTGCTGGAAGAAAAGGGC-ACATCCACCCAGCAGAGCGG----GCCTGCTGTTCTATGCCCAGGG--------CA--GCCTCAGGCCTGGTCAGATGGCCCT--------G-GGCTGGGTGGTGGCTATTTTGTTTCTACTGCTACTGAGGGATTCCTCAGGCCCTG--CCTTGGCTCAGGTGC--------------------CTCCTGGGTCTGGCCGGGGAGGGCAGGAACAAGCCGGCTCACACTCCCTGATACAGTAAAAATAGTTGGGGAGAAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGTTGCGTTGCTGTTCTCAGACGTTTAAATAAGCTTGGCCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTCCTGAGTGGCA-CAGGGC------CAGGGGCCGGGCTCATCCCGGTGGGTACT---GT-GGGGCT--------------------G-GGGCAGGACGGCTTC---CTCCTCCCTCCACTCCACCCCAGGCACCATCTAAGTGTTGGCCGGGATGACCTGCAGGTTGGGAGGCGGCTGACAAGGCTCAAGGCTTCAGGGAAA---GGG--------CTGGGTCAGGAGCT----TTGCTCCCTCATGCCCC-ATGC--TGCTGACCTGTGGAGCCC---CACTCA-----CCA--GGGAACACAC------GCAAGTCCTGGCATGCTGGTGGGATG------AGGGCCACGGTAC--CCAGAGGTGCCCCCGT---GTATGT-------------------------ATGCATGATA---------TG---TTGGTTTATTGGGAGAGTAAAT-T--GATTTTCTAGCTTTCC-----CCA--GGG----------AGAGGCGAGTCTGTTGAACGGCTGCTGCTGTCTTGTTCGCA--GC---AGCCATCAA------GCTGTGTTGCCCACTGTGTTAGGACAAGATCGATCT-C------CCTCGCAGAAGTAAAATTGCAC---CAGTGGGCC-------     
19 Cavia_porcellus-NT_176233.1-169771_170027            87.4%  32.1%    ---------------------------------------------------------GCTGG--GGGGCAGAGGAAG--GCCCAGTGTTGGC----GGCTGCTGAGCAGAAGGCACACACACC---CTGCC--ATCGAGGCCCCTGGAAAGACAGCATGAGTGGGGGTCCTGTGTGGGCAGGAA-----GCTGGACCCCAGCGTGAGAAGGGGCTTCCC-CA--GAAT--AGGTGCTGGGCAG--------GGCACCGCCTGGCCTTAGAGAATGTCGTTTTGCT---CCTGCTGCCAGCCAAGTG------------------------------------------CACCGTCTGGTGACAGAGTTCCTGACGC--TGCTGGGTCCTGCGGACCA--GTCGCTGACCCTG-GGCTCAGCAGTGGCTTCTGTCTCACTGCCCTTGCTCTGACCCTA-AGGC---CCT--GGCTCTGGCGCCCTGG----------CGGCACCACCCCAGGGTCCTGAAGGGGGAGGGCTGGAGGGAGCCGACTCACGCTCCCTGATAAAGTAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACTCGTCGCTTCTCCCAGCCGTTTAAATAATCTCGGCCATATGTGTGTGGGCCCGTCCCTCCCTCCCTCCCTAAGGCGGC-GGTGGCC-AGGGGCCGGGCTCCTCCCAGTGGCCGCCGCTGC-TGCCTG--------------------C-CGT-AGGACTGGGGCCTGAGGCCCCATGCTGTCCACCCTATGCATGGACTGAGGGCTGGCTGTATGCAGAGCTGGATCCCAGCAGGCAGGGCCAGGGCGTGCCCGGA-----------------------------GCCCAG----CTCCCCCTTTCTGCTCTCAGAG--GAGC-------------GG-GCACTGGAAGGCCCTTGGGAAGGAGAGGAGG-AGGGCAGAGAGGCGGGTTGGGGGGAGC------CAGCCCCGGGGAC--CGCGCAGTGGTGGCCGGCTGAGGGGT--------GGGG-A---AGTCCCCAT-----------------GT---GGGCCGCACAGCCTCACTGTGT-T--GGTCTGTGCGCTTCCCCAACCGCGCCCCC----------AGGAGGAG----GCTGCACCCCTGTGAGTGTGTGTGCACCG--GC---AAGCCCAGGT--GTCAGTTTGTGAGTTTCGCTGGAGGATTACATTGATTT---CCCAGCTTTTCCTGGGGAGACACGCCGA---GCTGCCG---------     
20 Canis_lupus-NW_023365093.1-177196_177462             84.6%  34.1%    CTCCCGGGCTCCCTGGGGTCTGAGTGCACAGGCCTGGA---GAGGGTGGGCTAGGCCAGAAGCAGCCTGCAGGGGCAGAGTGAAGTCCCAGC------GGTCTGCCCCCCTGGTCCTCCTCC-----------------CTTCTGAGCTGGTCTACGAAG-------TTCTC---AGGCTC-----CTACTGGAAGGCTGAG-CCGTCTGCCCAATGGGGAGGGTG---CTGGGGGACAGAGGC---------------CTGTCCTGGCAGGTGGCACATCTACT---GTGG---ACTGCCATTCTCTGCTGT-----------------GCCCCAATCCCTAGCCCTGAGCCCTCCACCAGGCTTGTCTGGGGCCAGCCCTGGGCCTTCTCCACCTGGCCAACCAACCCCAGGGTC----------TTC----------------------------------CCCCCTCTTGCAGACCTCTGGG--CACAGTCACCCTGG--------------------AGTCCTGCCTGGAGAGCCGACTCATACTCCTTGATAAAATAAAAATAGTTGGGAGGAGGCGCCCAGACGCGCAGGGGGAGG-GGGGCACGAGCTGCTTCTCAGACGTTTAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTCCGGCGAGGCGCTGGCCAGGGGCC--------GGGCTGATCCCCCGTGGGTGCGCAGAGCCCGGTGTGG-----------CAGGGAGC-------CCACTGA-CCCCT---TCCTCTTCTCTCCCCAAGCTCAGTCTGAGCGCCTACTGCATGCTGAGCTGGCCCCAGGAGAGGGCAGGTGTAGCTCAGGGCCACCGAGGGGGAGTG-----G--GGGAGCGGGG--TG-GGG-GTGGGGCTGAGGACCCCATAGAGGTTG-----CTGGGCTCAA-GCT----GGGGGTCGGAGCTGGAGGAGTCTTGGGCTCCCTGTGTCCTGCTGTTGCTGC-CCCTTTGAGTAGAGTGGACAGAGGAAGAGCTTGCTT----AAAGATCCTTCAAGAAGGCAG----ACAATTGCTGGGGAGGGGAGAGCCTGGCCCGGGCTGTTTTGGGGGGT------------CTGCTC-CCCATGCCCC--AGCCCTG---------------TTTGCCTGTGCTCAGTGAAGGGACAAGTGAGGCAG-----G--GCCTGGGCCC--C-GCAC---ACCCCTTGTGGAAGTGGG-------------------------------------------------------------     
21 Urocitellus_parryii-NW_020540697.1-270030_270319     85.5%  32.1%    --------------------------------------------------CGCTGTCCCTGCCTGGCTCTGGGGTCT--GAGAGCTCTGGTG----G----GAGAAGGCAGGGTGGACAGAAG---CTGCC--CAAGTG---------GGCACAGCAAGA---CCTGGCCAGCCTGCCCTGCGGCTCTGTCCTAGCTGTGGAGCTGCACGCCATAGGGT-TGGGTCCT--CCCCTCCCCTCC-------------CCTCCTCTCCCTCCCCAAGAGAACCCTTAG---CTCC---------CTGCTGAAAGCCAGCAGCC---------------------------TGCCCTGYAGGAAGGGGGCTGCTGGGGGA--AATTGTGTCCTCTG----------AGCAAAGCAC-CTGTCCCTGATGTCTCTTCCCAAGCTTGTCTGGGGCTGACCCCATCAAATGACCC--TGGGCTGGCCACTGCCA-TCGTCTCCCAGCAAGCTGCCCGGG-GTCCCTCTGGGGAGGGCTGGAGGAGTCGACTCACACTCCC-TGATAAGTAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACGCGCTGCTGCTCTCAGACGTTTAAATTATCTCGGCCATATGTGTGTGGGCCCGTCCCTCCCTCCCTGCCTCCCGAGCGGCGCTGGGCAGGGGCCGGCCTCATCCCGGTGGGCGCCCTGCA-GGGCTG--------------------G-GCT-GGGGCTGCTTC---CTCCTACCTCCTTTCCTCCCCAGGCACCACCTGGGCACCCCCTGTGTGCTGAGCTGGGTTCGCAGATCGAGAGGCGGCACTGGGAGGGCCAGGGGA---GCC--------TCGGCTYGTGTCCC----ACGCTGCTGACCCTTCTGCTTA--GGCAGACATGGGAAGGGAC-CMGCTGAAGGGCCTTCAGGAAGGCAAAGAGG-ACAATGAAGAGGCCTGGTGGGGGGACA------G---CCAGGCCTT--GGTGGGCCAGGGCTGCTGTGGAAGTC--------------------CTGGGA-----------------GA---GGGCACCAGGAGGGCAGACGGT-G--CCCCTGTGCCCAGCCTGACTGCTC--ACT----------ATGAGTGCGTGTGCA--TCGG--------------GTGCCG--TT---CCTTGTAGT---TCCTGCTCCTGGCTCATGTAGGGGGCATCGTGGCACCTG-----AGGGTGGCCCGGGACGTGTGTGC------------ATGG-----     
22 Jaculus_jaculus-NC_059106.1-159485_159752            87.7%  34.9%    -------------------------------------------------------------------AGAATGGTCAGCACCCCCCACCCCC----AATAGGCCAAGCAAGGTTTGACTGGCCTGCCCTCA-GCCCTCTCTGGCCCTCCTCACTGCTGAGCCAGG--TGATG-----------------TGTGGGATCAGAC-----------------------CCC--TTCATCCATAGAA--------CTTATTGCCCCTGCTGGAAGCCGGAGCTGCCTGC---CATGGGGCAGGCTCTGCTGGAAGAAAAGGGC-ACATTCACCCAACAGAGCCC----GCCTGCTGTTCTGTCCCCAGGG--------CA--GCCCCACGCTTGCTGACCCAGTCAGATGGTCTCC-AGCTGGGCAGTGACCATCTTTTCCACGGCCCTCACAGAGACTGCTCGGGCCTCAG--CCCTGGTTCTGGTGCTT-CCAGAAGCAGGCACAGCCTCTGGGGTCTGGCTGAGGAGGGTGGGAAGGAGTCGGCTCTCACTCCCTGATACAGTAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGACGCGTTGCTTCTCTCAGACGTTTAAATAAGCTTGGCCATATGTGTGTGGGCCTATCCCTCCTGAGCAGCGGC-G-CCAGGC------TAGGGGCCGGGCTCATCCCGGTGGGCGCTGCTAC-CGGGCT--------------------G-GGGCAGGGCCGCTTC---CTCCTTCCTCCTCTCCATCCCAGGCACTGTCTAAGCAGCTGGCTCATGCTGTGGCTAGTGAGGCAGCCTGGGAAAATGCTGGGGAACT-----------TCA--------GTCTCTGATGTCCT----GTGTTGCTTGACCCTCC-TAAG--GGTGGGCATGGGAAGAGG---CCCTCT-----GAA--GGTCCTT---------GAAGGTAGAGGACTGGAGGAGACAAG------AGCCAGATGTGGA--GCAGGGAGCTAGTTATGCAGTCTGGGGCCAGGGCTGCCAC---GGGCCATGAGAAATGGTCCTCATGCCCG---GCCCCATATATGCTCATTAAAT-A--ACATGTACAGGTCATGCCCCCCAT--GTG----------AGGGGGGGGTCAATGTATGTGAAGGTG-----------CCC--CT---ACATGTGAA------TGTATGTGCTGTGAGGCCTGTGGGTGTGATTTGTAG-G------TTTTGTAGAGAG--------------AGT------------     
23 Ursus_arctos-NW_020656172.1-177014_177293            84.7%  33.7%    ------GGCAGAGCAACGTCTGAC------------------------GGGTCTGCCCCCAGGACTCCCTTGGGTCCTCCTTGCTTCTCAGC------TGGCTGATGTGTGG-GGCCAGGC--------------------CCCC-TGCCCACA---AAA-------CCCTC---AGGCTC-----CTGCTGGAAGGCTGGG-CCATCTGCCGCA--------------CGGGAGGAAGAAGGC---------------ATATCCTGGCAGGGTGGGTGTCTAGC---ATGG---ACCTCCATCCTCCGCTTC-----------------TCCCCTGCCCCCAGCCCCTAGCCCTCCTCCAGGCTTGTCTGGGGCCAGCCCTGGGCCTGGCCGACCCAGCCGAC---------CGTCCCCCAGGGTCCCCCGCCCTCACGGAGACCCTCAGGCCAGCACTGGCTCCG--TGCCCCTGGGCACTAGG--CACAGTCACCCTGGAGTCCTGCCTGGGCAG----GGGGGGCTTGAGGGAGCCGACGCACACTCCCTGATAAAATAAAAATAGTTGGGAGGAGGCGCCCAGACGCTCAGGGGGAGG-GGGGCACGAGCTGCTTCTCAGACGTTTAAATAATCTCCACCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTCCTGCAAGGCGCTGGCCAGGGGCC--------GGGCCGATCCCCCGTGGGTGCGCACGGGAGCCCGGCG-----------CAGCAG-C-TGGGGCCCGCTGA-CCTCTTC---CTCTTCTCCCTGCGATGGCAGTCTGAGCGCCTACTGCATGCGGAGCCGGCCCCAGCAGAGAGCAGAGGTGTCGCTCAGGGCGACAGACGGGGGG---------------------------------CTGAGGACCCCGTGGAGCACT-----GTG-----------------------GAGGCT----CAGGGGTCCGGCCATATGTCCTGCTGTTGCTGCCCATTCTGAGTAACATGGACACGGGAAGGGCTTGCTT----GAAGATCCTTCAAAAAGGCGA----AGAAGTGGAGAGGAGATGG--CCTGGCCAGGGGGCTCAGG-GAGGTGGGA------AGCGTGTGCCCCACGCCCTG--GCCCCTG---------------TGTACGTTTGCTCAAGGAGGGGGCTAGTGAGTAG-----GG--GCCTGGGCCC--GTGCCTGCACCCCCCTGTGGAAGGGGCC-CTACAGCGTG----TGCGTGTGCTCACGCA-----------------------------     
24 Peromyscus_leucopus-NC_051064.1-165024_165243        88.1%  35.2%    --------------------------------------------------------------------GGTTGCTCATCTCCTTGGCTGCCC----CAGGCATCTGAACATGGGGCAGAACAAGGTCTGGG---------TGGCTCTCCACACTGCTCAGCCAGG--CGATG-----------------CGATGGGTCAGGACCCCCCCCCCCCCGCCT-GC-CACAC--ACACATACAGAAC--------TTGTTTCCTCCTGCTAGAAGCTGGAGCTGCATAC---CGTGGGGCAGACACTGCTGGAGGAAAAGGGC-GCGTCCACCCAGCAGAGCGG----GCCTGCTGTTCCATCCCCAGAG--------CA--GCCTCAGACCTGGTCAGATAGCTCT--------G-GGCGGGGTAGTGGCTATTAT--TTCTACTGCTGTTGAGAGATTCCTCAAGCCCTG--CCTTGGCTCAAGCGCCT-CCTAAAGTGAGCACAACCCCTTGGGTCTGGCCAAGGAGGGCGGGAACAAGCCGGCTCACACTCCCTGATACAGTAAAAATAGTTGGGGAGGAGGCGCCCAGAC-----GTGCGGG-GGGTTGCATTGCTGTTCTCAGACGTTTAAATAAGCTTGGCCATATGTGTGTGGGCCTGTCCCTCCCTCCTGAGTGGCA-CAGGGC------CAGGGGCCGGGCTCATCCCGATGGGCGCT---GT-GAGGCT--------------------G-GGGCAGGACGGCTTC---CTCCTTCCTCCACTCCACCCCAGGCACCATCTAAGTGTTGGCTGGGGTGGCCTGCAGTTTGGGAGGCCCCTGAGGAGGCTCCAGGCTGCAGGGAAA---GGG--------CTGGGGG---AGCT----TTGTTCCTTCATGTCCC-ACGC--TGCTGACCTTTGGAGCCC---CACTCA-----CTA--GGTAACACAT------GCAAGTCCTGCCCTGCTGGTGAGACG------AGGGCCATTGTAC--CCAGAAATGCCCCTGT---GCATGTGTGCATGTTTGGCAA---GGCCTGTGTGTATGATT---------TG---TAGGCTTATTGGGAGAGTAAAT-T--GATTTTCCAGCTTTCC-----CTG--GGG----------AGAGGCAAGTCTGCTGAACGGATGCTGCTCTCTTGTTCACA--GC---AGCCATCAA------GCTGTGTTGCCCACTGGGGTAGGACAAGATCGATCT-C------CCTCACAGAAGT-----------------------------     
25 Equus_przewalskii-NW_007674960.1-175304_175667       87.3%  32.4%    -----------------------------------------------AGGCTCCTCTGGCCCTCCTTGCTGCTGAGCTGGG-----TGATGC------TGGGCGATGTTGTGGGGCCAGGC------------------------CCCCGCCCACGAAGC-------TCTCA---TTGCTC-----CTGCTGGAAGCCAGAG-CTGGCTGCCCGGTGGAGAGGGCCGCANNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------------NNTCCCCTGCCTGGTCCCCCGCCCTCCTCCAGGCCTGTCTGAGGGCAGCCCCAGGTCTTGCTGACCTGGCCAAACGACCCCCAGGCT---------CCACT-GCCCTTGCGTGATCCTCCAGCCAGCCCTGGCTCCCATGACCCCCGGGCACCGGG--CACAGCAACTCCGGGACCCTGGCTCGGGGG----GGGGGGCCTGAGGAAGCCGACTCACACTCCCTGATAACATAAAAATAGTTAGAAGACGC---------------CCAGACG-TGGGGACGAGCTGCTTCTCAGACGTTGAAATAATCTCCGCCATATGTGTGTGGGCCCGTCCCTCCCTCCTCTGGGGCGCTGGCCAGGGGCC--------GGGCTGGTCCCCCGTGGTTGCGCCGAG-CCTGGCGCG-----------GTGGCTGAGGTAGGGCAGCCTC-TTCCTCCTTCCTCTTCTCCGCCCGAGCACTGTCTGAGCACCTACCCTACGCTGGGCTCG--CCGCAGCAGAGCCAAGATGCAGCGTGGAGAGGAGGGACCCCGG-----G--GCTGCTGGGGAGGC-AGG-CAGGGGCTGAGGAG---GTAGAGGATA-----TAGGGGGCTG-TGG----CAGGGCCAGGGCCAGAGGAGCCTC-GGGGCGCCCTGTCCCACTGCTGCTGACTGTTCTAAGTAAAGTGGACACGGGAAGGGCCCCCTT----GAAGTTCCCCCAAAAAGGCAA----AGACGTGTTGGAGGAGGAGGAGGCTGGAGGCAGACGAGAAGGGTCAGGCT------GCAGGGAG----------TC-CGGGGCCG---------------GCAGCCCGCAGACAGGCGGGGGATGTGCGCCCAAGC--CCG--GCCCGCACCT--GTCTGC--------TCAT-GAAGGGGCA-CTGGTGAA---------------------------------------------------     
   clustal                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ..           .            .      .::. .********     .... .                               .           . . *** ***::* **  .*********:******* .  *   *                                   *        .                                                                                                                                                                                                                                                           *                        .